Skip to main content

Table 1 Comparison of average time cost and memory usage between SC and ms

From: A new method for modeling coalescent processes with recombination

Sample size Region (L) ρ(4N e Lr p ) SC ms
20 10 Mb 1000 45 s (14 MB) 13 s (63 MB)
  10 Mb 10,000 3 h 43 min 22 s (210 MB) 2 h 3 min 53 s (344 MB)
  100 Mb 1000 57 s (14 MB) N/A
  100 Mb 10,000 4 h 30 min 18 s (238 MB) N/A
100 10 Mb 1000 1 min 57 s (19 MB) 23 s (148 MB)
  10 Mb 10,000 7 h 11 min 34 s (281 MB) N/A
  100 Mb 1000 2 min 11 s (20 MB) N/A
  100 Mb 10,000 7 h 13 min 3 s (289 MB) N/A
1000 1 Mb 1000 3 min 13 s (26 MB) 12 s (215 MB)
  10 Mb   3 min 20 s (26 MB) N/A
  1. Memory usage (MB) is in parentheses. Mb: sequence length in million base pairs. N/A entries denote test cases that were terminated when we ran on a server with 4 CPUs of 2.40GHz and 24GB for total memory. ρ denotes the population recombination rate.