From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies
BESST | OPERA | SOPRA | SSPACE | Integrated scaffolder | Unscaffolded | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CorrEsize | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | |
ABySS | 263,4 | 1 | 316,7 | 12 | 103,4 | 2 | 126,3 | 5 | 35,3 | 1 | 31,4 |
Allpaths-LG | 436,4 | 0 | 607,4 | 12 | 295,5 | 0 | 1030,0 | 1 | 1136,2 | 0 | 90,0 |
Bambus2 | 827,3 | 1 | 560,0 | 4 | 125,2 | 2 | 665,7 | 2 | 1119,5 | 0 | 19,6 |
MSR-CA | 744,7 | 3 | 302,4 | 11 | 117,4 | 0 | 781,6 | 2 | 999,9 | 3 | 50,3 |
SGA | 75,1 | 0 | 920,1 | 3 | 239,9 | 6 | 32,6 | 2 | 162,9 | 1 | 4,7 |
SOAPdenovo | 346,9 | 0 | 333,1 | 7 | 227,2 | 0 | 286,7 | 5 | 229,3 | 0 | 68,0 |
Velvet | 204,2 | 4 | 236,8 | 5 | 154,4 | 1 | 162,2 | 12 | 194,6 | 17 | 48,5 |
SUM | 2898,1 | 9 | 3276,6 | 54 | 1263,0 | 11 | 3085,1 | 29 |