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Table 1 Staphylococcus aureus GAGE data

From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies

 

BESST

OPERA

SOPRA

SSPACE

Integrated scaffolder

Unscaffolded

 

CorrEsize

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

ABySS

263,4

1

316,7

12

103,4

2

126,3

5

35,3

1

31,4

Allpaths-LG

436,4

0

607,4

12

295,5

0

1030,0

1

1136,2

0

90,0

Bambus2

827,3

1

560,0

4

125,2

2

665,7

2

1119,5

0

19,6

MSR-CA

744,7

3

302,4

11

117,4

0

781,6

2

999,9

3

50,3

SGA

75,1

0

920,1

3

239,9

6

32,6

2

162,9

1

4,7

SOAPdenovo

346,9

0

333,1

7

227,2

0

286,7

5

229,3

0

68,0

Velvet

204,2

4

236,8

5

154,4

1

162,2

12

194,6

17

48,5

SUM

2898,1

9

3276,6

54

1263,0

11

3085,1

29

   
  1. The numbers in bold face style indicate the best corrected E-size and number of errors among the stand-alone scaffolders for each assembly.