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Table 1 Staphylococcus aureus GAGE data

From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies

  BESST OPERA SOPRA SSPACE Integrated scaffolder Unscaffolded
  CorrEsize err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp)
ABySS 263,4 1 316,7 12 103,4 2 126,3 5 35,3 1 31,4
Allpaths-LG 436,4 0 607,4 12 295,5 0 1030,0 1 1136,2 0 90,0
Bambus2 827,3 1 560,0 4 125,2 2 665,7 2 1119,5 0 19,6
MSR-CA 744,7 3 302,4 11 117,4 0 781,6 2 999,9 3 50,3
SGA 75,1 0 920,1 3 239,9 6 32,6 2 162,9 1 4,7
SOAPdenovo 346,9 0 333,1 7 227,2 0 286,7 5 229,3 0 68,0
Velvet 204,2 4 236,8 5 154,4 1 162,2 12 194,6 17 48,5
SUM 2898,1 9 3276,6 54 1263,0 11 3085,1 29    
  1. The numbers in bold face style indicate the best corrected E-size and number of errors among the stand-alone scaffolders for each assembly.