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Table 2 Rhodobacter sphaeroides , GAGE data

From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies

 

BESST

OPERA

SOPRA

SSPACE

Integrated scaffolder

Unscaffolded

 

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

err

CorrEsize (kbp)

ABySS

70,2

13

65,8

20

44,9

17

34,7

4

73,4

3

6,9

Allpaths-LG

2005,7

0

852,1

4

425,4

2

1271,9

1

2401,7

0

35,9

Bambus2

1426,0

4

1446,0

8

1469,0

3

789,9

1

1348,4

2

16,2

CABOG

474,0

2

362,6

7

293,4

2

419,1

4

211,3

5

21,5

MSR-CA

1757,5

3

573,5

8

138,2

1

1579,8

2

2001,1

5

21,6

SGA

100,5

6

148,3

5

105,7

41

44,9

9

48,0

1

3,2

SOAPdenovo

1551,2

0

841,5

7

1477,1

3

1500,6

3

687,6

0

18,6

Velvet

332,9

2

336,1

10

175,6

11

329,6

6

348,1

19

16,7

SUM

7718,1

30

4626,0

69

4129,2

80

5970,5

30

   
  1. The numbers in bold face style indicate the best corrected E-size and number of errors among the stand-alone scaffolders for each assembly.