Skip to main content

Table 2 Rhodobacter sphaeroides , GAGE data

From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies

  BESST OPERA SOPRA SSPACE Integrated scaffolder Unscaffolded
  CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp)
ABySS 70,2 13 65,8 20 44,9 17 34,7 4 73,4 3 6,9
Allpaths-LG 2005,7 0 852,1 4 425,4 2 1271,9 1 2401,7 0 35,9
Bambus2 1426,0 4 1446,0 8 1469,0 3 789,9 1 1348,4 2 16,2
CABOG 474,0 2 362,6 7 293,4 2 419,1 4 211,3 5 21,5
MSR-CA 1757,5 3 573,5 8 138,2 1 1579,8 2 2001,1 5 21,6
SGA 100,5 6 148,3 5 105,7 41 44,9 9 48,0 1 3,2
SOAPdenovo 1551,2 0 841,5 7 1477,1 3 1500,6 3 687,6 0 18,6
Velvet 332,9 2 336,1 10 175,6 11 329,6 6 348,1 19 16,7
SUM 7718,1 30 4626,0 69 4129,2 80 5970,5 30    
  1. The numbers in bold face style indicate the best corrected E-size and number of errors among the stand-alone scaffolders for each assembly.