From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies
BESST | OPERA | SOPRA | SSPACE | Integrated scaffolder | Unscaffolded | ||||||
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CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | |
ABySS | 70,2 | 13 | 65,8 | 20 | 44,9 | 17 | 34,7 | 4 | 73,4 | 3 | 6,9 |
Allpaths-LG | 2005,7 | 0 | 852,1 | 4 | 425,4 | 2 | 1271,9 | 1 | 2401,7 | 0 | 35,9 |
Bambus2 | 1426,0 | 4 | 1446,0 | 8 | 1469,0 | 3 | 789,9 | 1 | 1348,4 | 2 | 16,2 |
CABOG | 474,0 | 2 | 362,6 | 7 | 293,4 | 2 | 419,1 | 4 | 211,3 | 5 | 21,5 |
MSR-CA | 1757,5 | 3 | 573,5 | 8 | 138,2 | 1 | 1579,8 | 2 | 2001,1 | 5 | 21,6 |
SGA | 100,5 | 6 | 148,3 | 5 | 105,7 | 41 | 44,9 | 9 | 48,0 | 1 | 3,2 |
SOAPdenovo | 1551,2 | 0 | 841,5 | 7 | 1477,1 | 3 | 1500,6 | 3 | 687,6 | 0 | 18,6 |
Velvet | 332,9 | 2 | 336,1 | 10 | 175,6 | 11 | 329,6 | 6 | 348,1 | 19 | 16,7 |
SUM | 7718,1 | 30 | 4626,0 | 69 | 4129,2 | 80 | 5970,5 | 30 |