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Table 3 Hs14, GAGE data

From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies

  BESST OPERA SOPRA SSPACE Integrated scaffolder Unscaffolded
  CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp) err CorrEsize (kbp)
ABySS 21,6 13 15,8 200 - - 15,3 47 2,8 9 3,1
Allpaths-LG 513,6 32 311,0 104 194,9 17 559,0 22 4652,3 45 27,1
Bambus2 88,2 75 61,7 331 - - 99,0 109 157,6 143 6,3
CABOG 421,9 31 349,1 77 234,0 19 411,0 23 347,7 597 30,7
MSR-CA 51,3 95 - - - - 51,9 146 111,9 1068 5,9
SGA 57,2 58 3,5 39 22,2 2253 24,8 42 89,9 19 3,7
SOAPdenovo 94,1 211 - - - - 75,3 205 99,2 268 9,8
Velvet 35,7 52 - - 75,4 734 22,6 140 26,6 9156 3,0
SUM 1283,6 567 741,0 751 526,5 3023 1259,0 734    
  1. The numbers in bold face style indicate the best corrected E-size and number of errors among the stand-alone scaffolders for each assembly.