Table 3 Hs14, GAGE data
From: BESST - Efficient scaffolding of large fragmented assemblies
BESST | OPERA | SOPRA | SSPACE | Integrated scaffolder | Unscaffolded | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | err | CorrEsize (kbp) | |
ABySS | 21,6 | 13 | 15,8 | 200 | - | - | 15,3 | 47 | 2,8 | 9 | 3,1 |
Allpaths-LG | 513,6 | 32 | 311,0 | 104 | 194,9 | 17 | 559,0 | 22 | 4652,3 | 45 | 27,1 |
Bambus2 | 88,2 | 75 | 61,7 | 331 | - | - | 99,0 | 109 | 157,6 | 143 | 6,3 |
CABOG | 421,9 | 31 | 349,1 | 77 | 234,0 | 19 | 411,0 | 23 | 347,7 | 597 | 30,7 |
MSR-CA | 51,3 | 95 | - | - | - | - | 51,9 | 146 | 111,9 | 1068 | 5,9 |
SGA | 57,2 | 58 | 3,5 | 39 | 22,2 | 2253 | 24,8 | 42 | 89,9 | 19 | 3,7 |
SOAPdenovo | 94,1 | 211 | - | - | - | - | 75,3 | 205 | 99,2 | 268 | 9,8 |
Velvet | 35,7 | 52 | - | - | 75,4 | 734 | 22,6 | 140 | 26,6 | 9156 | 3,0 |
SUM | 1283,6 | 567 | 741,0 | 751 | 526,5 | 3023 | 1259,0 | 734 | |||