TY - JOUR AU - Hiekkalinna, T. AU - Schäffer, A. A. AU - Lambert, B. AU - Norrgrann, P. AU - Göring, H. H. H. AU - Terwilliger, J. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - PSEUDOMARKER: a powerful program for joint linkage and/or linkage disequilibrium analysis on mixtures of singletons and related individuals JO - Hum Hered VL - 71 UR - https://doi.org/10.1159/000329467 DO - 10.1159/000329467 ID - Hiekkalinna2011 ER - TY - JOUR AU - Dennis Jr, J. E. AU - Torczon, V. PY - 1991 DA - 1991// TI - Direct search methods on parallel machines JO - SIAM J Optim VL - 1 UR - https://doi.org/10.1137/0801027 DO - 10.1137/0801027 ID - Dennis Jr1991 ER - TY - JOUR AU - Cottingham, R. W. AU - Idury, R. M. AU - Schäffer, A. A. PY - 1993 DA - 1993// TI - Faster sequential genetic linkage computations JO - Am J Hum Genet VL - 53 ID - Cottingham1993 ER - TY - JOUR AU - Hiekkalinna, T. AU - Göring, H. H. H. AU - Lambert, B. AU - Weiss, K. M. AU - Norrgrann, P. AU - Schäffer, A. A. AU - Terwilliger, J. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - On the statistical properties of family-based association tests in datasets containing both pedigrees and unrelated case-control samples JO - Eur J Hum Genet VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/ejhg.2011.173 DO - 10.1038/ejhg.2011.173 ID - Hiekkalinna2012 ER - TY - JOUR AU - Elston, R. C. AU - Stewart, J. PY - 1971 DA - 1971// TI - A general model for the genetic analysis of pedigree data JO - Hum Hered VL - 21 UR - https://doi.org/10.1159/000152448 DO - 10.1159/000152448 ID - Elston1971 ER - TY - JOUR AU - Audet, C. AU - Dennis Jr, J. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mesh adaptive direct search algorithms for constrained optimization JO - SIAM J Optim VL - 17 UR - https://doi.org/10.1137/040603371 DO - 10.1137/040603371 ID - Audet2006 ER - TY - JOUR AU - Le Digabel, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Algorithm 909: NOMAD: Nonlinear optimization with the MADS algorithm JO - ACM Trans Math Softw VL - 37 UR - https://doi.org/10.1145/1916461.1916468 DO - 10.1145/1916461.1916468 ID - Le Digabel2011 ER - TY - JOUR AU - Stracquadanio, G. AU - Romano, V. AU - Nicosia, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Semiconductor device design using the BiMADS algorithm JO - J Comput Phys VL - 242 UR - https://doi.org/10.1016/j.jcp.2013.01.025 DO - 10.1016/j.jcp.2013.01.025 ID - Stracquadanio2013 ER - TY - JOUR AU - Torres, R. AU - Bès, C. AU - Chaptal, J. AU - Hiriart-Urruty, J. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Optimal, environmentally-friendly departure procedures for civil aircraft JO - J Aircraft VL - 48 UR - https://doi.org/10.2514/1.C031012 DO - 10.2514/1.C031012 ID - Torres2011 ER - TY - JOUR AU - Aasi, J. AU - Abadie, J. AU - Abbott, B. P. AU - Abbott, R. AU - Abbott, T. D. AU - Abernathy, M. AU - Accadia, T. AU - Acernese, F. AU - Adams, C. AU - Adams, T. AU - Addesso, P. AU - Adhikari, R. AU - Affeldt, C. AU - Agathos, M. AU - Agatsuma, K. AU - Ajith, P. AU - Allen, B. AU - Allocca, A. AU - Amador Ceron, E. AU - Amariutei, D. AU - Anderson, S. B. AU - Anderson, W. G. AU - Arai, K. AU - Araya, M. C. AU - Ast, S. AU - Aston, S. M. AU - Astone, P. AU - Atkinson, D. AU - Aufmuth, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Einstein@Home all-sky search for periodic gravitational waves in LIGO S5 data JO - Phys Rev D VL - 87 UR - https://doi.org/10.1103/PhysRevD.87.042001 DO - 10.1103/PhysRevD.87.042001 ID - Aasi2013 ER - TY - JOUR AU - Alarie, S. AU - Audet, C. AU - Garnier, V. AU - Le Digabel, S. AU - Leclaire, L. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Snow water equivalent estimation using blackbox optimization JO - Pac J Optim VL - 9 ID - Alarie2013 ER - TY - JOUR AU - Conn, A. R. AU - Le Digabel, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Use of quadratic models with mesh adaptive direct search for constrained black box optimization JO - Optim Methods Softw VL - 28 UR - https://doi.org/10.1080/10556788.2011.623162 DO - 10.1080/10556788.2011.623162 ID - Conn2013 ER - TY - STD TI - Audet C, Le Digabel S, Tribes C: NOMAD user guide. Tech. Rep. G-2009-37, Les cahiers du GERAD 2009. [http://www.gerad.ca/NOMAD/Downloads/user_guide.pdf], UR - http://www.gerad.ca/NOMAD/Downloads/user_guide.pdf ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Göring, H. H. H. AU - Terwilliger, J. D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Linkage analysis in the presence of errors IV: joint pseudomarker analysis of linkage and/or linkage disequilibrium on a mixture of pedigrees and singletons when the mode of inheritance cannot be accurately specified JO - Am J Hum Genet VL - 66 UR - https://doi.org/10.1086/302845 DO - 10.1086/302845 ID - Göring2000 ER - TY - BOOK AU - Terwilliger, J. D. AU - Ott, J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Handbook of Human Genetic Linkage PB - JHU Press CY - Baltimore ID - Terwilliger1994 ER - TY - JOUR AU - Purcell, S. AU - Neale, B. AU - Todd-Brown, K. AU - Thomas, L. AU - Ferreira, M. A. AU - Bender, D. AU - Maller, J. AU - Sklar, P. AU - de Bakker, P. I. AU - Daly, M. J. AU - Sham, P. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses JO - Am J Hum Genet VL - 81 UR - https://doi.org/10.1086/519795 DO - 10.1086/519795 ID - Purcell2007 ER - TY - JOUR AU - Kyöstilä, K. AU - Cizinauskas, S. AU - Seppala, E. H. AU - Suhonen, E. AU - Jeserevics, J. AU - Sukura, A. AU - Syrja, P. AU - Lohi, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - ASEL1Lmutation links a canine progressive early-onset cerebellar ataxia to the endoplasmic reticulum-associated protein degradation (ERAD) machinery JO - PLoS Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002759 DO - 10.1371/journal.pgen.1002759 ID - Kyöstilä2012 ER - TY - JOUR AU - Deo, A. J. AU - Huang, Y. Y. AU - Hodgkinson, C. A. AU - Xin, Y. AU - Oquendo, M. A. AU - Dwork, A. J. AU - Arango, V. AU - Brent, D. A. AU - Goldman, D. AU - Mann, J. J. AU - Haghighi, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - A large-scale candidate gene analysis of mood disorders: evidence of neurotrophic tyrosine kinase receptor and opioid receptor signaling dysfunction JO - Psychiatr Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1097/YPG.0b013e32835d7028 DO - 10.1097/YPG.0b013e32835d7028 ID - Deo2013 ER - TY - JOUR AU - Terwilliger, J. D. AU - Ott, J. PY - 1992 DA - 1992// TI - A haplotype-based ’haplotype relative risk’ approach to detecting allelic associations JO - Hum Hered VL - 42 UR - https://doi.org/10.1159/000154096 DO - 10.1159/000154096 ID - Terwilliger1992 ER - TY - JOUR AU - Abramson, M. AU - Audet, C. AU - Dennis Jr, J. E. AU - Le Digabel, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - OrthoMADS: A deterministic MADS instance with orthogonal directions JO - SIAM J Optim VL - 20 UR - https://doi.org/10.1137/080716980 DO - 10.1137/080716980 ID - Abramson2009 ER - TY - JOUR AU - Audet, C. AU - Béchard, V. AU - Le Digabel, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Nonsmooth optimization through mesh adaptive direct search and variable neighborhood search JO - J Global Optim VL - 41 UR - https://doi.org/10.1007/s10898-007-9234-1 DO - 10.1007/s10898-007-9234-1 ID - Audet2008 ER - TY - JOUR AU - Wigginton, J. E. AU - Abecasis, G. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - PEDSTATS: descriptive statistics, graphics and quality assessment for gene mapping data JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti529 DO - 10.1093/bioinformatics/bti529 ID - Wigginton2005 ER - TY - JOUR AU - Pajukanta, P. AU - Terwilliger, J. D. AU - Perola, M. AU - Hiekkalinna, T. AU - Nuotio, I. AU - Ellonen, P. AU - Parkkonen, M. AU - Hartiala, J. AU - Ylitalo, K. AU - Pihlajamäki, J. AU - Porkka, K. AU - Laakso, M. AU - Viikari, J. AU - Ehnholm, C. AU - Taskinen, M. R. AU - Peltonen, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genomewide scan for familial combined hyperlipidemia genes in finnish families, suggesting multiple susceptibility loci influencing triglyceride, cholesterol, and apolipoprotein B levels JO - Am J Hum Genet VL - 64 UR - https://doi.org/10.1086/302365 DO - 10.1086/302365 ID - Pajukanta1999 ER - TY - JOUR AU - Wessman, M. AU - Kallela, M. AU - Kaunisto, M. A. AU - Marttila, P. AU - Sobel, E. AU - Hartiala, J. AU - Oswell, G. AU - Leal, S. M. AU - Papp, J. C. AU - Hämäläinen, E. AU - Broas, P. AU - Joslyn, G. AU - Hovatta, I. AU - Hiekkalinna, T. AU - Kaprio, J. AU - Ott, J. AU - Cantor, R. M. AU - Zwart, J. A. AU - Ilmavirta, M. AU - Havanka, H. AU - Färkkilä, M. AU - Peltonen, L. AU - Palotie, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - A susceptibility locus for migraine with aura, on chromosome 4q24 JO - Am J Hum Genet VL - 70 UR - https://doi.org/10.1086/339078 DO - 10.1086/339078 ID - Wessman2002 ER - TY - JOUR AU - Kaunisto, M. A. AU - Tikka, P. J. AU - Kallela, M. AU - Leal, S. M. AU - Papp, J. C. AU - Korhonen, A. AU - Hämäläinen, E. AU - Harno, H. AU - Havanka, H. AU - Nissilä, M. AU - Säkö, E. AU - Ilmavirta, M. AU - Kaprio, J. AU - Färkkilä, M. AU - Ophoff, R. A. AU - Palotie, A. AU - Wessman, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Chromosome 19p13 loci in Finnish migraine with aura families JO - Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet VL - 132B UR - https://doi.org/10.1002/ajmg.b.30082 DO - 10.1002/ajmg.b.30082 ID - Kaunisto2005 ER - TY - JOUR AU - Tikka-Kleemola, P. AU - Artto, V. AU - Vepsäläinen, S. AU - Sobel, E. M. AU - Räty, S. AU - Kaunisto, M. A. AU - Anttila, V. AU - Hämäläinen, E. AU - Sumelahti, M. L. AU - Ilmavirta, M. AU - Färkkilä, M. AU - Kallela, M. AU - Palotie, A. AU - Wessman, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - A visual migraine aura locus maps to 9q21-q22 JO - Neurology VL - 74 UR - https://doi.org/10.1212/WNL.0b013e3181d8ffcb DO - 10.1212/WNL.0b013e3181d8ffcb ID - Tikka-Kleemola2010 ER - TY - JOUR AU - Ekelund, J. AU - Hovatta, I. AU - Parker, A. AU - Paunio, T. AU - Varilo, T. AU - Martin, R. AU - Suhonen, J. AU - Ellonen, P. AU - Chan, G. AU - Sinsheimer, J. S. AU - Sobel, E. AU - Juvonen, H. AU - Arajärvi, R. AU - Partonen, T. AU - Suvisaari, J. AU - Lönnqvist, J. AU - Meyer, J. AU - Peltonen, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Chromosome 1 loci in Finnish schizophrenia families JO - Hum Mol Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/10.15.1611 DO - 10.1093/hmg/10.15.1611 ID - Ekelund2001 ER - TY - JOUR AU - Karjalainen, M. K. AU - Huusko, J. M. AU - Ulvila, J. AU - Sotkasiira, J. AU - Luukkonen, A. AU - Teramo, K. AU - Plunkett, J. AU - Anttila, V. AU - Palotie, A. AU - Haataja, R. AU - Muglia, L. J. AU - Hallman, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - A potential novel spontaneous preterm birth gene, AR, identified by linkage and association analysis of X chromosomal markers JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0051378 DO - 10.1371/journal.pone.0051378 ID - Karjalainen2012 ER - TY - STD TI - Hiekkalinna T: On the superior power of likelihood-based linkage disequilibrium mapping in large multiplex families compared to population based case-control designs. PhD thesis,. University of Helsinki, Helsinki, Finland; 2012, ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Larson, M. G. AU - Atwood, L. D. AU - Benjamin, E. J. AU - Cupples, L. A. AU - D’Agostino, R. B. AU - Fox, C. S. AU - Govindaraju, D. R. AU - Guo, C. Y. AU - Heard-Costa, N. L. AU - Hwang, S. J. AU - Murabito, J. M. AU - Newton-Cheh, C. AU - O’Donnell, C. J. AU - Seshadri, S. AU - Vasan, R. S. AU - Wang, T. J. AU - Wolf, P. A. AU - Levy, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Framingham Heart Study 100K project: genome-wide associations for cardiovascular disease outcomes JO - BMC Med Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2350-8-S1-S5 DO - 10.1186/1471-2350-8-S1-S5 ID - Larson2007 ER - TY - JOUR AU - Kaprio, J. AU - Pulkkinen, L. AU - Rose, R. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genetic and environmental factors in health-related behaviors: studies on Finnish twins and twin families JO - Twin Res VL - 5 UR - https://doi.org/10.1375/136905202320906101 DO - 10.1375/136905202320906101 ID - Kaprio2002 ER - TY - JOUR AU - Kaprio, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Twin studies in Finland 2006 JO - Twin Res Hum Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1375/twin.9.6.772 DO - 10.1375/twin.9.6.772 ID - Kaprio2006 ER - TY - JOUR AU - Törnwall, O. AU - Silventoinen, K. AU - Hiekkalinna, T. AU - Perola, M. AU - Tuorila, H. AU - Kaprio, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Identifying flavor preference subgroups. Genetic basis and related eating behavior traits JO - Appetite VL - 75C UR - https://doi.org/10.1016/j.appet.2013.11.020 DO - 10.1016/j.appet.2013.11.020 ID - Törnwall2014 ER - TY - JOUR AU - Weeks, D. E. AU - Ott, J. AU - Lathrop, G. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - SLINK: a general simulation program for linkage analysis JO - Am J Hum Genet VL - 47 ID - Weeks1990 ER - TY - JOUR AU - Schäffer, A. A. AU - Lemire, M. AU - Ott, J. AU - Lathrop, G. M. AU - Weeks, D. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Coordinated conditional simulation with SLINK and SUP of many markers linked or associated to a trait in large pedigrees JO - Hum Hered VL - 71 UR - https://doi.org/10.1159/000324177 DO - 10.1159/000324177 ID - Schäffer2011 ER - TY - JOUR AU - O’Connell, J. R. AU - Weeks, D. E. PY - 1998 DA - 1998// TI - PedCheck: a program for identification of genotype incompatibilities in linkage analysis JO - Am J Hum Genet VL - 63 UR - https://doi.org/10.1086/301904 DO - 10.1086/301904 ID - O’Connell1998 ER - TY - JOUR AU - Jones, B. L. AU - Nagin, D. S. AU - Roeder, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - A SAS procedure based on mixture models for estimating developmental trajectories JO - Sociol Method Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1177/0049124101029003005 DO - 10.1177/0049124101029003005 ID - Jones2001 ER - TY - JOUR AU - Elston, R. C. AU - Lange, E. AU - Namboodiri, K. K. PY - 1976 DA - 1976// TI - Age trends in human chiasma frequencies and recombination fractions. II. Method for analyzing recombination fractions and applications to the ABO:nail-patella linkage JO - Am J Hum Genet VL - 28 ID - Elston1976 ER - TY - JOUR AU - Ott, J. PY - 1977 DA - 1977// TI - Counting methods (EM algorithm) in human pedigree analysis: linkage and segregation analysis JO - Ann Hum Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-1809.1977.tb02031.x DO - 10.1111/j.1469-1809.1977.tb02031.x ID - Ott1977 ER - TY - JOUR AU - Weeks, D. E. AU - Lange, K. PY - 1989 DA - 1989// TI - Trials, tribulations, and triumphs of the EM algorithm in pedigree analysis JO - IMA J Math Appl Med Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/imammb/6.4.209 DO - 10.1093/imammb/6.4.209 ID - Weeks1989 ER -