Skip to main content

Table 4 Free energy of binding for protease-PI complexes obtained in silico

From: Natural polymorphisms and unusual mutations in HIV-1 protease with potential antiretroviral resistance: a bioinformatic analysis

Inhibitor

1GNO-Ligand kcal/mol

Mutant protease with major drug resistance mutation kcal/mol

Multiple mutant kcal/mol

Mutant protease with emergent mutations L5F/D29V/L63G/L63H/L63R/L63S/P79L/T91Vkcal/mol

Amprenavir

-8,5(-8,4)

-8,4(-7,9)/I50V -8,2(-8,12)/I84V

-8,0(-7,66)

-8,8(-8,38)/-8,7(-8,28) /-8,8(-8,44)/ -8,8(-8,3)/ -8,8(-8,48)/ -8,7(-8,28)/ -8,8(-8,32)/-8,8(-8,48)

Atazanavir

-8,3(-8,1)

-7,3(-6,94)/I50L -8,5(-8,14)/ I84V -8,2(-7,98)/N88S

-7,1(-6,86)

-7,9(-7,82)/ -8,2(-8,14)/ -8(-7,62)/-8,1(-7,96)/ -8,2(-8,04)/-8,2(-8,06)/-9(-8,8)/-8,2(-8)

Darunavir

-9,3(-8,96)

-9(-8,54)/I47V -9,3(-8,86)/I50V -9,4(-8,84)/ I54M -9,1(-8,86)/ I84V

-8,1(-7,9)

-9,4(-9)/ -8,8(-8,56)/-9,4(-8,9)/-9,4(-8,92)/ -9,4(-8,92)/-9,4(-8,88) /-9,4(-8,86)/-9,4(-8,88)

Indinavir

-10,4(-10,02)

-10,8(-10,5)/ M46I -10,8(10,4)/V82A -10,5(-10,28)/ I84V

-10,7 (-10,26)

-10,4(-10,18)/-10,1(-9,92)/-10,8(-10,48)/-10,4(-10)/ -10,4(-10,18)/-10,4(-9,8)/-10,4(-10,02)/-10,7(-10,46)

Lopinavir

-10,3(-9,84)

-9,9(-9,56)/V32I -9,4(-8,92)/I47V -9,5(-8,62)/L76V -9,7(-9,24)/V82A

-9,7(-9,14)

-9,9(-9,56) /-9,7(-9,18) /-9,6(-9,24)/-9,3(-8,86)/ -9(-8,32)/-9,6(-9)/-9,5(-9,2)/-9,6(-9,42)

Nelfinavir

-10,3(-9,46)

-10(-9,44)/D30N -10,1(-9,8)/L90M

-9,9(-9,46)

-10,1(-9,62) /-10,4(-9,8)/-10,1(-9,74)/-10(-9,84)/ -10,1(-9,72)/-10,1(-9,74) /-10(-9,78)/-10,1(-9,7)

Saquinavir

-10,9(-10,46)

-10,9(-10,6)/G48V -10,4(-10,2)/L90M

-10,9 (-10,54)

-9,9(-9,64)/-10,3(-9,62) /-10,4(-10,06)/-10,6(-10,44)/ -10,6(-10,42)/-10,6(-10,42)/ -10,6(-10,5)/-10,5(-10,2)

Tipranavir

-10,6(-10,1)

-10,4(-9,8)/I47V -10,3(-10,04)/Q58E -10,2(-10,0)/T74P -10,4(-9,9)/V82L -10,2(-9,6)/N83D -10,6(-10,12)/I84V

-9,9(-9,64)

-10,2(-9,62) /-10,1(-9,92) /-10,3(-9,98)/-10,2(-9,88)/ -10,2(-9,72)/-10,3(-9,72)/-10,3(-9,72)/-10,2(-9,78)

Ritonavir

-8,0(-7,85)

-7,82(-7,44)/I47V -7,8(-7,56)/I50V -7,4(-6,94)/V82L -7,87(-7,58)/I84V -7.9(-7,72)/L90M

-7,26(-6,69)

-8,3(-7,93)/-7,85(-7,54)/ -7,75(-7,52)/-7,9(-7,76)/ -8,3(-8,14)/-8,2(-8,09)/-8,4(-8,8)/-7,79(-7,52)

  1. The average value of the five conformations with less free energy of binding of the protease-PI complex is presented in parentheses. Values that do not correspond to decreasing order of free energy of binding are presented in boldface type.
Back to article page

BMC Bioinformatics

ISSN: 1471-2105

Contact us