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Table 1 Atoms of amino acids involved in H-bonding interactions with nucleic acids.

From: DBBP: database of binding pairs in protein-nucleic acid interactions

   RNA-protein complex DNA-protein complex
AA Atom Acceptor Donor #H-bonds Acceptor Donor #H-bonds
Ala N   1,069 1,653   674 808
  O 567    134   
  OXT 17      
Arg NH2   9,252 22,395   6,144 13,705
  NH1   7,278    4,665  
  NE   4,011    2,191  
  N   1,388    606  
  O 455    99   
  OXT 13      
Asn ND2   3,268 4,953   2349 3,119
  OD1 934    408   
  N   549    261  
  O 202    101   
Asp OD2 1,416   2,829 353   735
  OD1 1,183    290   
  O 178    31   
  N   52    61  
Cys SG 23 76 125 19 120 215
  O 24      
  N   2    76  
Gln NE2 168 2496 4,468 2 1,593 2,571
  OE1 1,108    363 521  
  N   480     
  O 216    92   
Glu OE2 1,691   3,507 275   737
  OE1 1,315    260   
  O 193    19   
  N   308    183  
Gly N   1,518 2,699   1749 1,902
  O 1,175    153   
  OXT 6      
His NE2 412 1,454 3,591 30 768 1,254
  ND1 536 1,014   15 327  
  N   106    90  
  O 69    24   
Ile N   258 309   433 466
  O 40    33   
  OXT 11      
Leu N   507 766   362 387
  O 259    25   
Lys NZ   9,864    5,145 6,351
  N   852 11,436 86 1,120  
  O 717      
  OXT 3      
Met SD 105   662 15   147
  O 276    13 119  
  N   278     
  OXT 3      
Phe O 333   539 42   247
  N   206    205  
Pro O 161   161 28   28
Ser OG 1,179 4,675 6,997 182 3,533 4,741
  N   683    958  
  O 460    68   
Thr OG1 1,058 4,406 7,267 158 3,017 4,252
  O 750    132   
  N   1,053    945  
Trp NE1   532 582   358 393
  OXT 16      
  O 14    10   
  N   20    25  
Tyr OH 597 1,935 2,682 133 1,800 2,511
  O 93    28   
  N   57    550  
Val O 174   326 36   386
  N   151    350  
  OXT 1      
   18,151 59,796 77,947 3,657 41,298 44,955
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BMC Bioinformatics

ISSN: 1471-2105

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