From: DBBP: database of binding pairs in protein-nucleic acid interactions
RNA-protein complex | DNA-protein complex | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
AA | Atom | Acceptor | Donor | #H-bonds | Acceptor | Donor | #H-bonds |
Ala | N | 1,069 | 1,653 | 674 | 808 | ||
O | 567 | 134 | |||||
OXT | 17 | ||||||
Arg | NH2 | 9,252 | 22,395 | 6,144 | 13,705 | ||
NH1 | 7,278 | 4,665 | |||||
NE | 4,011 | 2,191 | |||||
N | 1,388 | 606 | |||||
O | 455 | 99 | |||||
OXT | 13 | ||||||
Asn | ND2 | 3,268 | 4,953 | 2349 | 3,119 | ||
OD1 | 934 | 408 | |||||
N | 549 | 261 | |||||
O | 202 | 101 | |||||
Asp | OD2 | 1,416 | 2,829 | 353 | 735 | ||
OD1 | 1,183 | 290 | |||||
O | 178 | 31 | |||||
N | 52 | 61 | |||||
Cys | SG | 23 | 76 | 125 | 19 | 120 | 215 |
O | 24 | ||||||
N | 2 | 76 | |||||
Gln | NE2 | 168 | 2496 | 4,468 | 2 | 1,593 | 2,571 |
OE1 | 1,108 | 363 | 521 | ||||
N | 480 | ||||||
O | 216 | 92 | |||||
Glu | OE2 | 1,691 | 3,507 | 275 | 737 | ||
OE1 | 1,315 | 260 | |||||
O | 193 | 19 | |||||
N | 308 | 183 | |||||
Gly | N | 1,518 | 2,699 | 1749 | 1,902 | ||
O | 1,175 | 153 | |||||
OXT | 6 | ||||||
His | NE2 | 412 | 1,454 | 3,591 | 30 | 768 | 1,254 |
ND1 | 536 | 1,014 | 15 | 327 | |||
N | 106 | 90 | |||||
O | 69 | 24 | |||||
Ile | N | 258 | 309 | 433 | 466 | ||
O | 40 | 33 | |||||
OXT | 11 | ||||||
Leu | N | 507 | 766 | 362 | 387 | ||
O | 259 | 25 | |||||
Lys | NZ | 9,864 | 5,145 | 6,351 | |||
N | 852 | 11,436 | 86 | 1,120 | |||
O | 717 | ||||||
OXT | 3 | ||||||
Met | SD | 105 | 662 | 15 | 147 | ||
O | 276 | 13 | 119 | ||||
N | 278 | ||||||
OXT | 3 | ||||||
Phe | O | 333 | 539 | 42 | 247 | ||
N | 206 | 205 | |||||
Pro | O | 161 | 161 | 28 | 28 | ||
Ser | OG | 1,179 | 4,675 | 6,997 | 182 | 3,533 | 4,741 |
N | 683 | 958 | |||||
O | 460 | 68 | |||||
Thr | OG1 | 1,058 | 4,406 | 7,267 | 158 | 3,017 | 4,252 |
O | 750 | 132 | |||||
N | 1,053 | 945 | |||||
Trp | NE1 | 532 | 582 | 358 | 393 | ||
OXT | 16 | ||||||
O | 14 | 10 | |||||
N | 20 | 25 | |||||
Tyr | OH | 597 | 1,935 | 2,682 | 133 | 1,800 | 2,511 |
O | 93 | 28 | |||||
N | 57 | 550 | |||||
Val | O | 174 | 326 | 36 | 386 | ||
N | 151 | 350 | |||||
OXT | 1 | ||||||
18,151 | 59,796 | 77,947 | 3,657 | 41,298 | 44,955 |