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Table 2 Atoms of nucleotides involved in H-bonding interactions with amino acids.

From: DBBP: database of binding pairs in protein-nucleic acid interactions

   RNA-protein complex DNA-protein complex
Nucleotide Atom Acceptor Donor #H-bonds Acceptor Donor #H-bonds
A N1 402 140 22,103 58 23 10,254
  N3 1,071 79   748 26  
  N6   1,472    621  
  N7 505    580   
  O2' 4,240 4,269     
  O3' 1,711 86   361 100  
  O4' 252    276   
  O5' 110    188   
  OP1 1,754    4,039   
  OP2 6,012    3,234   
C N3 335 49 16,189 127 3 9,502
  N4   785    1,272  
  O2 2,556    959   
  O2' 2,101 2,209   1 1  
  O3' 1,150 56   257 139  
  O4' 663    209   
  O5' 117    118   
  OP1 5,176    3,858   
  OP2 992    2,558   
G N1 547 759 30,350 2 204 14,864
  N2   3,907    761  
  N3 655 53   399 2  
  N7 1,660    2,238   
  O2' 2,047    2,383   
  O3' 1,031 24   438 157  
  O4' 450    420   
  O5' 585    197   
  O6 2,396    2,272   
  OP1 10,523    4,359   
  OP2 3,330    3,415   
U/T N3 173 386 9,305 29 234 10,335
  O2 1,561    1,165   
  O2' 1,310 1,445     
  O3' 1,067 49   351 114  
  O4 1,199    796   
  O4' 166    257   
  O5' 45    216   
  OP1 1,108    3,548   
  OP2 796    3,625   
59,796 18,151 77,947 41,298 3,657 44,955
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BMC Bioinformatics

ISSN: 1471-2105

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