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Table 2 Atoms of nucleotides involved in H-bonding interactions with amino acids.

From: DBBP: database of binding pairs in protein-nucleic acid interactions

  

RNA-protein complex

DNA-protein complex

Nucleotide

Atom

Acceptor

Donor

#H-bonds

Acceptor

Donor

#H-bonds

A

N1

402

140

22,103

58

23

10,254

 

N3

1,071

79

 

748

26

 
 

N6

 

1,472

  

621

 
 

N7

505

  

580

  
 

O2'

4,240

4,269

    
 

O3'

1,711

86

 

361

100

 
 

O4'

252

  

276

  
 

O5'

110

  

188

  
 

OP1

1,754

  

4,039

  
 

OP2

6,012

  

3,234

  

C

N3

335

49

16,189

127

3

9,502

 

N4

 

785

  

1,272

 
 

O2

2,556

  

959

  
 

O2'

2,101

2,209

 

1

1

 
 

O3'

1,150

56

 

257

139

 
 

O4'

663

  

209

  
 

O5'

117

  

118

  
 

OP1

5,176

  

3,858

  
 

OP2

992

  

2,558

  

G

N1

547

759

30,350

2

204

14,864

 

N2

 

3,907

  

761

 
 

N3

655

53

 

399

2

 
 

N7

1,660

  

2,238

  
 

O2'

2,047

  

2,383

  
 

O3'

1,031

24

 

438

157

 
 

O4'

450

  

420

  
 

O5'

585

  

197

  
 

O6

2,396

  

2,272

  
 

OP1

10,523

  

4,359

  
 

OP2

3,330

  

3,415

  

U/T

N3

173

386

9,305

29

234

10,335

 

O2

1,561

  

1,165

  
 

O2'

1,310

1,445

    
 

O3'

1,067

49

 

351

114

 
 

O4

1,199

  

796

  
 

O4'

166

  

257

  
 

O5'

45

  

216

  
 

OP1

1,108

  

3,548

  
 

OP2

796

  

3,625

  

59,796

18,151

77,947

41,298

3,657

44,955

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BMC Bioinformatics

ISSN: 1471-2105

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