TY - JOUR AU - Liu, M. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - DNA vaccines: a review JO - Journal of internal medicine VL - 253 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2796.2003.01140.x DO - 10.1046/j.1365-2796.2003.01140.x ID - Liu2003 ER - TY - JOUR AU - Wolff, J. A. AU - Malone, R. W. AU - Williams, P. AU - Chong, W. AU - Acsadi, G. AU - Jani, A. AU - Felgner, P. L. PY - 1990 DA - 1990// TI - Direct gene transfer into mouse muscle in vivo JO - Science VL - 247 UR - https://doi.org/10.1126/science.1690918 DO - 10.1126/science.1690918 ID - Wolff1990 ER - TY - JOUR AU - Bergman, P. J. AU - Camps-Palau, M. A. AU - McKnight, J. A. AU - Leibman, N. F. AU - Craft, D. M. AU - Leung, C. AU - Liao, J. AU - Riviere, I. AU - Sadelain, M. AU - Hohenhaus, A. E. AU - Gregor, P. AU - Houghton, A. N. AU - Perales, M. A. AU - Wolchok, J. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Development of a xenogeneic DNA vaccine program for canine malignant melanoma at the Animal Medical Center JO - Vaccine VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2005.08.027 DO - 10.1016/j.vaccine.2005.08.027 ID - Bergman2006 ER - TY - JOUR AU - Xiang, Z. AU - Todd, T. AU - Ku, K. P. AU - Kovacic, B. L. AU - Larson, C. B. AU - Chen, F. AU - Hodges, A. P. AU - Tian, Y. AU - Olenzek, E. A. AU - Zhao, B. AU - Colby, L. A. AU - Rush, H. G. AU - Gilsdorf, J. R. AU - Jourdian, G. W. AU - He, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - VIOLIN: vaccine investigation and online information network JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm1039 DO - 10.1093/nar/gkm1039 ID - Xiang2008 ER - TY - JOUR AU - He, Y. AU - Racz, R. AU - Sayers, S. AU - Lin, Y. AU - Todd, T. E. AU - Hur, J. AU - Li, X. AU - Patel, M. AU - Zhao, B. AU - Chung, M. AU - Ostrow, J. AU - Sylora, A. AU - Dungarani, P. AU - Ulysse, G. AU - Kochhar, K. AU - Bidri, B. AU - Strait, K. AU - Jourdian, G. W. AU - Xiang, Z. PY - 2014 DA - 2014// TI - Updates on the Web-based VIOLIN Vaccine Database and Analysis System JO - Nucl Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1133 DO - 10.1093/nar/gkt1133 ID - He2014 ER - TY - CHAP AU - He, Y. AU - Cowell, L. AU - Diehl, A. D. AU - Mobley, H. L. AU - Peters, B. AU - Ruttenberg, A. AU - Scheuermann, R. H. AU - Brinkman, R. R. AU - Courtot, M. AU - Mungall, C. AU - Xiang, Z. AU - Chen, F. AU - Todd, T. AU - Colby, L. A. AU - Rush, H. AU - Whetzel, T. AU - Musen, M. A. AU - Athey, B. D. AU - Omenn, G. S. AU - Smith, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - VO: Vaccine Ontology BT - The 1st International Conference on Biomedical Ontology (ICBO-2009) PB - Buffalo CY - NY, USA ID - He2009 ER - TY - JOUR AU - Lin, Y. AU - He, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ontology representation and analysis of vaccine formulation and administration and their effects on vaccine immune responses JO - J Biomed Semantics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-3-17 DO - 10.1186/2041-1480-3-17 ID - Lin2012 ER - TY - STD TI - The US National Library of Medicine. The PubMed database: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/, accessed on September 5, 2013 UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Xiang, Z. AU - Zheng, W. AU - He, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - BBP: Brucella genome annotation with literature mining and curation JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-347 DO - 10.1186/1471-2105-7-347 ID - Xiang2006 ER - TY - JOUR AU - Yang, B. AU - Sayers, S. AU - Xiang, Z. AU - He, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Protegen: a web-based protective antigen database and analysis system JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq944 DO - 10.1093/nar/gkq944 ID - Yang2011 ER - TY - JOUR AU - Maglott, D. AU - Ostell, J. AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Entrez Gene: gene-centered information at NCBI JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1237 DO - 10.1093/nar/gkq1237 ID - Maglott2011 ER - TY - JOUR AU - Xiang, Z. AU - He, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome-wide prediction of vaccine targets for human herpes simplex viruses using Vaxign reverse vaccinology JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-S4-S2 DO - 10.1186/1471-2105-14-S4-S2 ID - Xiang2013 ER - TY - JOUR AU - He, Y. AU - Xiang, Z. AU - Mobley, H. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Vaxign: the first web-based vaccine design program for reverse vaccinology and applications for vaccine development JO - J Biomed Biotechnol VL - 2010 ID - He2010 ER - TY - JOUR AU - Xiang, Z. AU - Courtot, M. AU - Brinkman, R. R. AU - Ruttenberg, A. AU - He, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - OntoFox: web-based support for ontology reuse JO - BMC Res Notes VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-3-175 DO - 10.1186/1756-0500-3-175 ID - Xiang2010 ER - TY - JOUR AU - Williams, J. A. AU - Carnes, A. E. AU - Hodgson, C. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Plasmid DNA vaccine vector design: impact on efficacy, safety and upstream production JO - Biotechnology advances VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2009.02.003 DO - 10.1016/j.biotechadv.2009.02.003 ID - Williams2009 ER - TY - JOUR AU - He, Y. AU - Xiang, Z. PY - 2012 DA - 2012// TI - Bioinformatics analysis of bacterial protective antigens in manually curated Protegen database JO - Procedia in Vaccinology VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/j.provac.2012.04.002 DO - 10.1016/j.provac.2012.04.002 ID - He2012 ER - TY - JOUR AU - Checkley, M. A. AU - Luttge, B. G. AU - Freed, E. O. PY - 2011 DA - 2011// TI - HIV-1 envelope glycoprotein biosynthesis, trafficking, and incorporation JO - J Mol Biol VL - 410 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2011.04.042 DO - 10.1016/j.jmb.2011.04.042 ID - Checkley2011 ER - TY - JOUR AU - Freed, E. O. PY - 1998 DA - 1998// TI - HIV-1 gag proteins: diverse functions in the virus life cycle JO - Virology VL - 251 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1998.9398 DO - 10.1006/viro.1998.9398 ID - Freed1998 ER - TY - JOUR AU - Du, J. AU - Wu, X. AU - Long, F. AU - Wen, J. AU - Hao, W. AU - Chen, R. AU - Kong, X. AU - Qian, M. AU - Jiang, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Improvement in efficacy of DNA vaccine encoding HIV-1 Vif by LIGHT gene adjuvant JO - Viral immunology VL - 26 UR - https://doi.org/10.1089/vim.2012.0073 DO - 10.1089/vim.2012.0073 ID - Du2013 ER - TY - JOUR AU - Zhang, M. AU - Obata, C. AU - Hisaeda, H. AU - Ishii, K. AU - Murata, S. AU - Chiba, T. AU - Tanaka, K. AU - Li, Y. AU - Furue, M. AU - Chou, B. AU - Imai, T. AU - Duan, X. AU - Himeno, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - A novel DNA vaccine based on ubiquitin-proteasome pathway targeting 'self'-antigens expressed in melanoma/melanocyte JO - Gene therapy VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/sj.gt.3302490 DO - 10.1038/sj.gt.3302490 ID - Zhang2005 ER - TY - JOUR AU - Ozgur, A. AU - Xiang, Z. AU - Radev, D. R. AU - He, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mining of vaccine-associated IFN-gamma gene interaction networks using the Vaccine Ontology JO - J Biomed Semantics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2041-1480-2-S2-S8 DO - 10.1186/2041-1480-2-S2-S8 ID - Ozgur2011 ER - TY - CHAP PY - 2012 DA - 2012// BT - OWL 2 Web Ontology Language Quick Reference Guide (Second Edition), W3C Recommendation 11 December 2012 ID - ref22 ER - TY - STD TI - SPARQL query language for RDF. [http://www.w3.org/TR/rdf-sparql-query/] UR - http://www.w3.org/TR/rdf-sparql-query/ ID - ref23 ER - TY - CHAP AU - Beckett, D. PY - 2004 DA - 2004// BT - The W3C Consortium. RDF/XML syntax specification ID - Beckett2004 ER - TY - JOUR AU - Racz, R. AU - Chung, M. AU - Xiang, Z. AU - He, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Systematic annotation and analysis of "virmugens" - virulence factors whose mutants can be used as live attenuated vaccines JO - Vaccine VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2012.11.066 DO - 10.1016/j.vaccine.2012.11.066 ID - Racz2013 ER - TY - JOUR AU - He, Y. AU - Rappuoli, R. AU - De Groot, A. S. AU - Chen, R. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Emerging vaccine informatics JO - J Biomed Biotechnol VL - 2010 ID - He2010 ER - TY - JOUR AU - Awasthi, S. AU - Lubinski, J. M. AU - Eisenberg, R. J. AU - Cohen, G. H. AU - Friedman, H. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - An HSV-1 gD mutant virus as an entry-impaired live virus vaccine JO - Vaccine VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2007.12.032 DO - 10.1016/j.vaccine.2007.12.032 ID - Awasthi2008 ER - TY - JOUR AU - Hu, K. AU - Dou, J. AU - Yu, F. AU - He, X. AU - Yuan, X. AU - Wang, Y. AU - Liu, C. AU - Gu, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - An ocular mucosal administration of nanoparticles containing DNA vaccine pRSC-gD-IL-21 confers protection against mucosal challenge with herpes simplex virus type 1 in mice JO - Vaccine VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2010.12.031 DO - 10.1016/j.vaccine.2010.12.031 ID - Hu2011 ER - TY - JOUR AU - Edmonds, M. D. AU - Cloeckaert, A. AU - Elzer, P. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Brucella species lacking the major outer membrane protein Omp25 are attenuated in mice and protect against Brucella melitensis and Brucella ovis JO - Vet Microbiol VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1135(02)00110-4 DO - 10.1016/S0378-1135(02)00110-4 ID - Edmonds2002 ER - TY - JOUR AU - Commander, N. J. AU - Spencer, S. A. AU - Wren, B. W. AU - MacMillan, A. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - The identification of two protective DNA vaccines from a panel of five plasmid constructs encoding Brucella melitensis 16M genes JO - Vaccine VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2006.07.046 DO - 10.1016/j.vaccine.2006.07.046 ID - Commander2007 ER - TY - JOUR AU - Watanabe, S. AU - Watanabe, T. AU - Kawaoka, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Influenza A virus lacking M2 protein as a live attenuated vaccine JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00450-09 DO - 10.1128/JVI.00450-09 ID - Watanabe2009 ER - TY - JOUR AU - Tompkins, S. M. AU - Zhao, Z. S. AU - Lo, C. Y. AU - Misplon, J. A. AU - Liu, T. AU - Ye, Z. AU - Hogan, R. J. AU - Wu, Z. AU - Benton, K. A. AU - Tumpey, T. M. AU - Epstein, S. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Matrix protein 2 vaccination and protection against influenza viruses, including subtype H5N1 JO - Emerg Infect Dis VL - 13 UR - https://doi.org/10.3201/eid1303.061125 DO - 10.3201/eid1303.061125 ID - Tompkins2007 ER - TY - JOUR AU - Stemke-Hale, K. AU - Kaltenboeck, B. AU - DeGraves, F. J. AU - Sykes, K. F. AU - Huang, J. AU - Bu, C. H. AU - Johnston, S. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Screening the whole genome of a pathogen in vivo for individual protective antigens JO - Vaccine VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2004.12.013 DO - 10.1016/j.vaccine.2004.12.013 ID - Stemke-Hale2005 ER - TY - JOUR AU - Hutnick, N. A. AU - Myles, D. J. AU - Bian, C. B. AU - Muthumani, K. AU - Weiner, D. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Selected approaches for increasing HIV DNA vaccine immunogenicity in vivo JO - Curr Opin Virol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.coviro.2011.08.003 DO - 10.1016/j.coviro.2011.08.003 ID - Hutnick2011 ER - TY - JOUR AU - Lu, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Immunogenicity of DNA vaccines in humans: it takes two to tango JO - Human vaccines VL - 4 UR - https://doi.org/10.4161/hv.4.6.6179 DO - 10.4161/hv.4.6.6179 ID - Lu2008 ER - TY - JOUR AU - Hill, A. V. AU - Reyes-Sandoval, A. AU - O'Hara, G. AU - Ewer, K. AU - Lawrie, A. AU - Goodman, A. AU - Nicosia, A. AU - Folgori, A. AU - Colloca, S. AU - Cortese, R. AU - Gilbert, S. C. AU - Draper, S. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Prime-boost vectored malaria vaccines: progress and prospects JO - Human vaccines VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/hv.6.1.10116 DO - 10.4161/hv.6.1.10116 ID - Hill2010 ER - TY - JOUR AU - Robert-Guroff, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Replicating and non-replicating viral vectors for vaccine development JO - Current opinion in biotechnology VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2007.10.010 DO - 10.1016/j.copbio.2007.10.010 ID - Robert-Guroff2007 ER - TY - JOUR AU - McShane, H. AU - Hill, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Prime-boost immunisation strategies for tuberculosis JO - Microbes Infect VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.micinf.2005.03.009 DO - 10.1016/j.micinf.2005.03.009 ID - McShane2005 ER - TY - JOUR AU - Prud'homme, G. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - DNA vaccination against tumors JO - The journal of gene medicine VL - 7 UR - https://doi.org/10.1002/jgm.669 DO - 10.1002/jgm.669 ID - Prud'homme2005 ER - TY - CHAP AU - Xiang, Z. AU - Mungall, C. AU - Ruttenberg, A. AU - He, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Ontobee: A linked data server and browser for ontology terms BT - The 2nd International Conference on Biomedical Ontologies (ICBO): 2011 ID - Xiang2013 ER -