Reconstruction of gene co-expression network from microarray data using local expression patterns

BMC Bioinformatics

Table 2 Performance scores of different algorithms

Dataset	AUPR				AUROC				F Score
	GeCON	ARACNE	CLR	MRNET	GeCON	ARACNE	CLR	MRNET	GeCON	ARACNE	CLR	MRNET
D1	0.7	0.177	0.23	0.218	0.63	0.416	0.59	0.517	0.62	0.271	0.37	0.35
D2	0.74	0.229	0.27	0.22	0.68	0.35	0.49	0.35	0.71	0.35	0.39	0.35
D3	0.55	0.04	0.03	0.04	0.52	0.45	0.43	0.42	0.21	0.063	0.06	0.06
D4	0.53	0.06	0.06	0.06	0.53	0.47	0.48	0.49	0.26	0.09	0.1	0.08
D5	0.5	0.14	0.17	0.14	0.56	0.36	0.46	0.32	0.41	0.24	0.26	0.24
D6	0.84	0.43	0.45	0.43	0.78	0.43	0.47	0.43	0.86	0.56	0.6	0.56
D7	0.56	0.05	0.06	0.06	0.53	0.46	0.49	0.5	0.25	0.08	0.08	0.1
D8	0.58	0.11	0.11	0.11	0.56	0.48	0.48	0.49	0.41	0.16	0.15	0.17
D9	0.74	0.31	0.34	0.38	0.67	0.51	0.64	0.62	0.71	0.45	0.45	0.51
D10	0.75	0.32	0.29	0.33	0.68	0.6	0.63	0.65	0.73	0.52	0.39	0.44
D11	0.74	0.3	0.32	0.3	0.67	0.5	0.56	0.5	0.71	0.4	0.42	0.4
D12	0.48	0.02	0.03	0.02	0.51	0.45	0.46	0.41	0.15	0.042	0.044	0.041
D13	0.52	0.04	0.04	0.05	0.52	0.46	0.51	0.55	0.2	0.069	0.066	0.09
Average	0.633	0.171	0.184	0.181	0.603	0.456	0.514	0.480	0.479	0.253	0.26	0.260
Performance improvement of GeCON (%)over		269.72	242.91	249.024		32.07	17.18	25.50		89.07	84.31	83.72

The performance scores of four algorithms and the performance improvement of GeCON compare to other algorithms in terms of three measures namely, AUPR, AUROC and F-score.

ISSN: 1471-2105