Table 3 Scaffold graph parameters for select genomes and different cut-off thresholds: 0, 3, 6, and 10.

0

3

6

10

318984

252762

230333

215094

1 / 31 / 1.85

1 / 14 / 1.46

1 / 9 / 1.33

1 / 9 / 1.25

43593

8024

3247

1224

15703

5881

2814

1020

10610

792

74

51

18

9

8

8

4

3

2

2

0

3

6

10

8142

4043

3105

2695

2 / 46 / 9.40

2 / 23 / 4.67

2 / 18 / 3.59

2 / 16 / 3.11

6411

2312

1374

964

644

406

327

278

551

303

162

102

32

16

13

11

9

4

4

3

0

3

6

10

4765

1743

1017

790

1 / 128 / 15.83

1 / 58 / 5.79

1 / 22 / 3.37

1 / 16 / 2.62

4164

1152

464

279

167

113

78

65

124

57

25

14

52

25

14

11

28

11

5

4

0

3

6

10

1036

523

459

399

1 / 56 / 3.70

1 / 15 / 1.86

1 / 15 / 1.63

1 / 5 / 1.43

481

47

19

12

106

30

16

11

26

3

2

2

11

6

5

5

3

2

2

2

0

3

6

10

3465

2849

2651

2525

1 / 8 / 2.61

1 / 6 / 2.15

1 / 5 / 1.99

1 / 5 / 1.90

821

241

99

73

313

136

86

68

191

38

3

2

7

6

5

5

2

2

2

2