TY - JOUR AU - Hart, G. W. AU - Housley, M. P. AU - Slawson, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cycling of O-linked beta-N-acetylglucosamine on nucleocytoplasmic proteins JO - Nature VL - 446 UR - https://doi.org/10.1038/nature05815 DO - 10.1038/nature05815 ID - Hart2007 ER - TY - JOUR AU - Comer, F. I. AU - Hart, G. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - O-GlcNAc and the control of gene expression JO - Biochim Biophys Acta VL - 1473 UR - https://doi.org/10.1016/S0304-4165(99)00176-2 DO - 10.1016/S0304-4165(99)00176-2 ID - Comer1999 ER - TY - JOUR AU - Ogawa, M. AU - Furukawa, K. AU - Okajima, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Extracellular O-linked beta-N-acetylglucosamine: Its biology and relationship to human disease JO - World J Biol Chem VL - 5 ID - Ogawa2014 ER - TY - JOUR AU - Sakaidani, Y. AU - Nomura, T. AU - Matsuura, A. AU - Ito, M. AU - Suzuki, E. AU - Murakami, K. AU - Nadano, D. AU - Matsuda, T. AU - Furukawa, K. AU - Okajima, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - O-linked-N-acetylglucosamine on extracellular protein domains mediates epithelial cell-matrix interactions JO - Nat Commun VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms1591 DO - 10.1038/ncomms1591 ID - Sakaidani2011 ER - TY - JOUR AU - Delporte, A. AU - De Zaeytijd, J. AU - De Storme, N. AU - Azmi, A. AU - Geelen, D. AU - Smagghe, G. AU - Guisez, Y. AU - Van Damme, E. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cell cycle-dependent O-GlcNAc modification of tobacco histones and their interaction with the tobacco lectin JO - Plant Physiol Biochem VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2014.07.021 DO - 10.1016/j.plaphy.2014.07.021 ID - Delporte2014 ER - TY - JOUR AU - Ferrer, C. M. AU - Reginato, M. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cancer metabolism: cross talk between signaling and O-GlcNAcylation JO - Methods Mol Biol VL - 1176 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4939-0992-6_7 DO - 10.1007/978-1-4939-0992-6_7 ID - Ferrer2014 ER - TY - JOUR AU - Jozwiak, P. AU - Forma, E. AU - Brys, M. AU - Krzeslak, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - O-GlcNAcylation and Metabolic Reprograming in Cancer JO - Front Endocrinol (Lausanne) VL - 5 ID - Jozwiak2014 ER - TY - JOUR AU - McClain, D. A. AU - Crook, E. D. PY - 1996 DA - 1996// TI - Hexosamines and insulin resistance JO - Diabetes VL - 45 UR - https://doi.org/10.2337/diab.45.8.1003 DO - 10.2337/diab.45.8.1003 ID - McClain1996 ER - TY - JOUR AU - Liu, F. AU - Iqbal, K. AU - Grundke-Iqbal, I. AU - Hart, G. W. AU - Gong, C. X. PY - 2004 DA - 2004// TI - O-GlcNAcylation regulates phosphorylation of tau: a mechanism involved in Alzheimer's disease JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0400348101 DO - 10.1073/pnas.0400348101 ID - Liu2004 ER - TY - JOUR AU - Mi, W. AU - Gu, Y. AU - Han, C. AU - Liu, H. AU - Fan, Q. AU - Zhang, X. AU - Cong, Q. AU - Yu, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - O-GlcNAcylation is a novel regulator of lung and colon cancer malignancy JO - Biochim Biophys Acta VL - 1812 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbadis.2011.01.009 DO - 10.1016/j.bbadis.2011.01.009 ID - Mi2011 ER - TY - JOUR AU - Fardini, Y. AU - Dehennaut, V. AU - Lefebvre, T. AU - Issad, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - O-GlcNAcylation: A New Cancer Hallmark? JO - Front Endocrinol (Lausanne) VL - 4 ID - Fardini2013 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Pan, Q. AU - Sun, D. AU - Chen, W. AU - Shen, A. AU - Huang, M. AU - Ding, J. AU - Geng, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - O-GlcNAcylation of cofilin promotes breast cancer cell invasion JO - J Biol Chem VL - 288 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M113.495713 DO - 10.1074/jbc.M113.495713 ID - Huang2013 ER - TY - JOUR AU - Vosseller, K. AU - Trinidad, J. C. AU - Chalkley, R. J. AU - Specht, C. G. AU - Thalhammer, A. AU - Lynn, A. J. AU - Snedecor, J. O. AU - Guan, S. AU - Medzihradszky, K. F. AU - Maltby, D. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - O-linked N-acetylglucosamine proteomics of postsynaptic density preparations using lectin weak affinity chromatography and mass spectrometry JO - Mol Cell Proteomics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.T500040-MCP200 DO - 10.1074/mcp.T500040-MCP200 ID - Vosseller2006 ER - TY - JOUR AU - Trinidad, J. C. AU - Barkan, D. T. AU - Gulledge, B. F. AU - Thalhammer, A. AU - Sali, A. AU - Schoepfer, R. AU - Burlingame, A. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Global identification and characterization of both O-GlcNAcylation and phosphorylation at the murine synapse JO - Mol Cell Proteomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.O112.018366 DO - 10.1074/mcp.O112.018366 ID - Trinidad2012 ER - TY - JOUR AU - Alfaro, J. F. AU - Gong, C. X. AU - Monroe, M. E. AU - Aldrich, J. T. AU - Clauss, T. R. AU - Purvine, S. O. AU - Wang, Z. AU - Camp, D. G. AU - Shabanowitz, J. AU - Stanley, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Tandem mass spectrometry identifies many mouse brain O-GlcNAcylated proteins including EGF domain-specific O-GlcNAc transferase targets JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1200425109 DO - 10.1073/pnas.1200425109 ID - Alfaro2012 ER - TY - JOUR AU - Khidekel, N. AU - Ficarro, S. B. AU - Clark, P. M. AU - Bryan, M. C. AU - Swaney, D. L. AU - Rexach, J. E. AU - Sun, Y. E. AU - Coon, J. J. AU - Peters, E. C. AU - Hsieh-Wilson, L. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Probing the dynamics of O-GlcNAc glycosylation in the brain using quantitative proteomics JO - Nat Chem Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nchembio881 DO - 10.1038/nchembio881 ID - Khidekel2007 ER - TY - JOUR AU - Myers, S. A. AU - Panning, B. AU - Burlingame, A. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Polycomb repressive complex 2 is necessary for the normal site-specific O-GlcNAc distribution in mouse embryonic stem cells JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1019289108 DO - 10.1073/pnas.1019289108 ID - Myers2011 ER - TY - JOUR AU - Nandi, A. AU - Sprung, R. AU - Barma, D. K. AU - Zhao, Y. AU - Kim, S. C. AU - Falck, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Global identification of O-GlcNAc-modified proteins JO - Anal Chem VL - 78 UR - https://doi.org/10.1021/ac051207j DO - 10.1021/ac051207j ID - Nandi2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Udeshi, N. D. AU - O'Malley, M. AU - Shabanowitz, J. AU - Hunt, D. F. AU - Hart, G. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Enrichment and site mapping of O-linked N-acetylglucosamine by a combination of chemical/enzymatic tagging, photochemical cleavage, and electron transfer dissociation mass spectrometry JO - Mol Cell Proteomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M900268-MCP200 DO - 10.1074/mcp.M900268-MCP200 ID - Wang2010 ER - TY - CHAP AU - Gupta, R. AU - Brunak, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Prediction of glycosylation across the human proteome and the correlation to protein function BT - Pac Symp Biocomput ID - Gupta2002 ER - TY - JOUR AU - Chen, S. A. AU - Lee, T. Y. AU - Ou, Y. Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Incorporating significant amino acid pairs to identify O-linked glycosylation sites on transmembrane proteins and non-transmembrane proteins JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-536 DO - 10.1186/1471-2105-11-536 ID - Chen2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Torii, M. AU - Liu, H. AU - Hart, G. W. AU - Hu, Z. Z. PY - 2011 DA - 2011// TI - dbOGAP - an integrated bioinformatics resource for protein O-GlcNAcylation JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-91 DO - 10.1186/1471-2105-12-91 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Jia, C. Z. AU - Liu, T. AU - Wang, Z. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - O-GlcNAcPRED: a sensitive predictor to capture protein O-GlcNAcylation sites JO - Mol Biosyst VL - 9 UR - https://doi.org/10.1039/c3mb70326f DO - 10.1039/c3mb70326f ID - Jia2013 ER - TY - JOUR AU - Caragea, C. AU - Sinapov, J. AU - Silvescu, A. AU - Dobbs, D. AU - Honavar, V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Glycosylation site prediction using ensembles of Support Vector Machine classifiers JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-438 DO - 10.1186/1471-2105-8-438 ID - Caragea2007 ER - TY - JOUR AU - Vocadlo, D. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - O-GlcNAc processing enzymes: catalytic mechanisms, substrate specificity, and enzyme regulation JO - Curr Opin Chem Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2012.10.021 DO - 10.1016/j.cbpa.2012.10.021 ID - Vocadlo2012 ER - TY - JOUR AU - Wu, H. Y. AU - Lu, C. T. AU - Kao, H. J. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Y. J. AU - Lee, T. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Characterization and identification of protein O-GlcNAcylation sites with substrate specificity JO - BMC bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S16-S1 DO - 10.1186/1471-2105-15-S16-S1 ID - Wu2014 ER - TY - JOUR AU - Wuhrer, M. AU - Catalina, M. I. AU - Deelder, A. M. AU - Hokke, C. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Glycoproteomics based on tandem mass spectrometry of glycopeptides JO - J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci VL - 849 UR - https://doi.org/10.1016/j.jchromb.2006.09.041 DO - 10.1016/j.jchromb.2006.09.041 ID - Wuhrer2007 ER - TY - JOUR AU - Lee, T. Y. AU - Huang, H. D. AU - Hung, J. H. AU - Huang, H. Y. AU - Yang, Y. S. AU - Wang, T. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - dbPTM: an information repository of protein post-translational modification JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj083 DO - 10.1093/nar/gkj083 ID - Lee2006 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. T. AU - Huang, K. Y. AU - Su, M. G. AU - Lee, T. Y. AU - Bretana, N. A. AU - Chang, W. C. AU - Chen, Y. J. AU - Huang, H. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - DbPTM 3.0: an informative resource for investigating substrate site specificity and functional association of protein post-translational modifications JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1229 DO - 10.1093/nar/gks1229 ID - Lu2013 ER - TY - JOUR AU - Su, M. G. AU - Huang, K. Y. AU - Lu, C. T. AU - Kao, H. J. AU - Chang, Y. H. AU - Lee, T. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - topPTM: a new module of dbPTM for identifying functional post-translational modifications in transmembrane proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1221 DO - 10.1093/nar/gkt1221 ID - Su2014 ER - TY - JOUR AU - Gupta, R. AU - Birch, H. AU - Rapacki, K. AU - Brunak, S. AU - Hansen, J. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - O-GLYCBASE version 4.0: a revised database of O-glycosylated proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.370 DO - 10.1093/nar/27.1.370 ID - Gupta1999 ER - TY - JOUR AU - Apweiler, R. AU - Bairoch, A. AU - Wu, C. H. AU - Barker, W. C. AU - Boeckmann, B. AU - Ferro, S. AU - Gasteiger, E. AU - Huang, H. AU - Lopez, R. AU - Magrane, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - UniProt: the Universal Protein knowledgebase JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh131 DO - 10.1093/nar/gkh131 ID - Apweiler2004 ER - TY - JOUR AU - Huang, H. D. AU - Lee, T. Y. AU - Tzeng, S. W. AU - Wu, L. C. AU - Horng, J. T. AU - Tsou, A. P. AU - Huang, K. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Incorporating hidden Markov models for identifying protein kinase-specific phosphorylation sites JO - J Comput Chem VL - 26 UR - https://doi.org/10.1002/jcc.20235 DO - 10.1002/jcc.20235 ID - Huang2005 ER - TY - JOUR AU - Huang, H. D. AU - Lee, T. Y. AU - Tzeng, S. W. AU - Horng, J. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - KinasePhos: a web tool for identifying protein kinase-specific phosphorylation sites JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki471 DO - 10.1093/nar/gki471 ID - Huang2005 ER - TY - JOUR AU - Ma, X. AU - Liu, P. AU - Yan, H. AU - Sun, H. AU - Liu, X. AU - Zhou, F. AU - Li, L. AU - Chen, Y. AU - Muthana, M. M. AU - Chen, ×. PY - 2013 DA - 2013// TI - Substrate specificity provides insights into the sugar donor recognition mechanism of O-GlcNAc transferase (OGT) JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0063452 DO - 10.1371/journal.pone.0063452 ID - Ma2013 ER - TY - JOUR AU - Lee, T. Y. AU - Lin, Z. Q. AU - Hsieh, S. J. AU - Bretana, N. A. AU - Lu, C. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Exploiting maximal dependence decomposition to identify conserved motifs from a group of aligned signal sequences JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr291 DO - 10.1093/bioinformatics/btr291 ID - Lee2011 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, V. N. AU - Huang, K. Y. AU - Huang, C. H. AU - Chang, T. H. AU - Bretana, N. AU - Lai, K. AU - Weng, J. AU - Lee, T. Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Characterization and identification of ubiquitin conjugation sites with E3 ligase recognition specificities JO - BMC bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-16-S1-S1 DO - 10.1186/1471-2105-16-S1-S1 ID - Nguyen2015 ER - TY - JOUR AU - Burge, C. AU - Karlin, S. PY - 1997 DA - 1997// TI - Prediction of complete gene structures in human genomic DNA JO - J Mol Biol VL - 268 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1997.0951 DO - 10.1006/jmbi.1997.0951 ID - Burge1997 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Profile hidden Markov models JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.755 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ID - Eddy1998 ER - TY - JOUR AU - Chang, C. C. AU - Lin, C. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - LIBSVM : a library for support vector machines JO - ACM Transactions on Intelligent Systems and Technology VL - 2 UR - https://doi.org/10.1145/1961189.1961199 DO - 10.1145/1961189.1961199 ID - Chang2011 ER - TY - JOUR AU - Shien, D. M. AU - Lee, T. Y. AU - Chang, W. C. AU - Hsu, J. B. AU - Horng, J. T. AU - Hsu, P. C. AU - Wang, T. Y. AU - Huang, H. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Incorporating structural characteristics for identification of protein methylation sites JO - J Comput Chem VL - 30 UR - https://doi.org/10.1002/jcc.21232 DO - 10.1002/jcc.21232 ID - Shien2009 ER - TY - JOUR AU - Lee, T. Y. AU - Bretana, N. A. AU - Lu, C. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - PlantPhos: using maximal dependence decomposition to identify plant phosphorylation sites with substrate site specificity JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-261 DO - 10.1186/1471-2105-12-261 ID - Lee2011 ER - TY - JOUR AU - Lee, T. Y. AU - Bo-Kai Hsu, J. AU - Chang, W. C. AU - Huang, H. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - RegPhos: a system to explore the protein kinase-substrate phosphorylation network in humans JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq970 DO - 10.1093/nar/gkq970 ID - Lee2011 ER - TY - JOUR AU - Xue, Y. AU - Ren, J. AU - Gao, X. AU - Jin, C. AU - Wen, L. AU - Yao, X. PY - 2008 DA - 2008// TI - GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy JO - Mol Cell Proteomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M700574-MCP200 DO - 10.1074/mcp.M700574-MCP200 ID - Xue2008 ER - TY - JOUR AU - Wong, Y. H. AU - Lee, T. Y. AU - Liang, H. K. AU - Huang, C. M. AU - Wang, T. Y. AU - Yang, Y. H. AU - Chu, C. H. AU - Huang, H. D. AU - Ko, M. T. AU - Hwang, J. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - KinasePhos 2.0: a web server for identifying protein kinase-specific phosphorylation sites based on sequences and coupling patterns JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm322 DO - 10.1093/nar/gkm322 ID - Wong2007 ER - TY - JOUR AU - Xue, Y. AU - Li, A. AU - Wang, L. AU - Feng, H. AU - Yao, X. PY - 2006 DA - 2006// TI - PPSP: prediction of PK-specific phosphorylation site with Bayesian decision theory JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-163 DO - 10.1186/1471-2105-7-163 ID - Xue2006 ER - TY - JOUR AU - Huang, K. Y. AU - Wu, H. Y. AU - Chen, Y. J. AU - Lu, C. T. AU - Su, M. G. AU - Hsieh, Y. C. AU - Tsai, C. M. AU - Lin, K. I. AU - Huang, H. D. AU - Lee, T. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - RegPhos 2.0: an updated resource to explore protein kinase-substrate phosphorylation networks in mammals JO - Database : the journal of biological databases and curation VL - 2014 UR - https://doi.org/10.1093/database/bau034 DO - 10.1093/database/bau034 ID - Huang2014 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. T. AU - Chen, S. A. AU - Bretana, N. A. AU - Cheng, T. H. AU - Lee, T. Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Carboxylator: incorporating solvent-accessible surface area for identifying protein carboxylation sites JO - J Comput Aided Mol Des VL - 25 UR - https://doi.org/10.1007/s10822-011-9477-2 DO - 10.1007/s10822-011-9477-2 ID - Lu2011 ER - TY - JOUR AU - Hornbeck, P. V. AU - Kornhauser, J. M. AU - Tkachev, S. AU - Zhang, B. AU - Skrzypek, E. AU - Murray, B. AU - Latham, V. AU - Sullivan, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - PhosphoSitePlus: a comprehensive resource for investigating the structure and function of experimentally determined post-translational modifications in man and mouse JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1122 DO - 10.1093/nar/gkr1122 ID - Hornbeck2012 ER - TY - JOUR AU - Vacic, V. AU - Iakoucheva, L. M. AU - Radivojac, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Two Sample Logo: a graphical representation of the differences between two sets of sequence alignments JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl151 DO - 10.1093/bioinformatics/btl151 ID - Vacic2006 ER - TY - JOUR AU - Kumar, M. AU - Gromiha, M. M. AU - Raghava, G. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Prediction of RNA binding sites in a protein using SVM and PSSM profile JO - Proteins VL - 71 UR - https://doi.org/10.1002/prot.21677 DO - 10.1002/prot.21677 ID - Kumar2008 ER - TY - JOUR AU - Huang, K. Y. AU - Lu, C. T. AU - Bretana, N. AU - Lee, T. Y. AU - Chang, T. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - ViralPhos: incorporating a recursively statistical method to predict phosphorylation sites on virus proteins JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-S16-S10 DO - 10.1186/1471-2105-14-S16-S10 ID - Huang2013 ER - TY - JOUR AU - Dias, W. B. AU - Cheung, W. D. AU - Wang, Z. AU - Hart, G. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Regulation of calcium/calmodulin-dependent kinase IV by O-GlcNAc modification JO - J Biol Chem VL - 284 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.007310 DO - 10.1074/jbc.M109.007310 ID - Dias2009 ER - TY - JOUR AU - Su, M. G. AU - Lee, T. Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Incorporating substrate sequence motifs and spatial amino acid composition to identify kinase-specific phosphorylation sites on protein three-dimensional structures JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-S16-S2 DO - 10.1186/1471-2105-14-S16-S2 ID - Su2013 ER -