Skip to main content

Table 1 Quality of biclusters obtained by different combination strategies.

From: ComiRNet: a web-based system for the analysis of miRNA-gene regulatory networks

α

β

N

  

best level

  
  

(mRNA/miRNA)

lev

#cc

p MF

p BP

µ q

SA-3B + METIS

-

-

 

1

700

1.000

1.000

0.36

-

-

13714/703

1

619

1.000

1.000

0.49

-

-

 

1

599

1.000

1.000

0.35

SA-3B + ROCC

-

-

101/9

1

122

1.000

1.000

0.01

SA-3B + HOCCLUS2

0.1

0.3

 

9

350

0.000

0.000

0.41

0.2

0.3

5698/612

7

210

0.000

0.000

0.31

0.3

0.3

 

5

700

1.000

1.000

0.49

0.1

0.4

 

8

155

0.004

0.009

0.32

0.2

0.4

4735/607

7

144

0.006

0.001

0.24

0.3

0.4

 

6

619

1.000

1.000

0.52

0.1

0.5

 

8

77

0.345

0.167

0.27

0.2

0.5

3337/572

7

108

0.257

0.112

0.26

0.3

0.5

 

6

205

1.000

0.206

0.35

WSA-3B + METIS

-

-

13714/703

1

758

1.000

1.000

0.29

-

-

 

1

667

1.000

1.000

0.39

-

-

 

1

622

1.000

1.000

0.35

WSA-3B + ROCC

-

-

101/9

1

122

1.000

1.000

0.01

WSA-3B + HOCCLUS2

0.1

0.3

 

9

379

0.000

0.000

0.41

0.2

0.3

6209/618

7

221

0.001

0.000

0.31

0.3

0.3

 

6

758

1.000

1.000

0.50

0.1

0.4

 

7

58

0.094

0.016

0.21

0.2

0.4

5122/601

6

148

0.053

0.004

0.25

0.3

0.4

 

5

667

1.000

1.000

0.54

0.1

0.5

 

8

156

0.151

0.263

0.37

0.2

0.5

3653/570

7

168

0.123

0.298

0.38

0.3

0.5

 

6

314

0.256

1.000

0.50

SA + HOCCLUS2

0.2

0.3

8723/599

7

294

0.140

0.080

0.43

0.3

0.3

 

5

294

0.140

0.080

0.43

0.2

0.4

7772/620

9

416

0.008

0.000

0.33

0.3

0.4

 

7

830

0.000

0.000

0.42

0.2

0.5

4336/627

9

148

0.286

0.261

0.31

0.3

0.5

 

7

522

1.000

0.228

0.47

ComiRNet

0.1

0.3

 

8

444

0.000

0.000

0.52

0.2

0.3

2379/614

7

444

0.000

0.000

0.52

0.3

0.3

 

6

309

0.000

0.000

0.42

0.1

0.4

 

8

148

0.000

0.000

0.39

0.2

0.4

1626/544

7

152

0.000

0.000

0.39

0.3

0.4

 

6

298

0.000

0.001

0.57

0.1

0.5

 

8

105

0.000

0.000

0.43

0.2

0.5

1245/467

7

105

0.000

0.000

0.43

0.3

0.5

 

7

110

0.000

0.000

0.42

  1. N represents the number of biclustered mRNAs and miRNAs. lev represents the number of hierarchy levels. #cc is the number of biclusters. µ q is the average compactness. The "best" level is the hierarchy level with the lowest p M F + p B P 2 value.