TY - JOUR AU - Ross, D. T. AU - Scherf, U. AU - Eisen, M. B. AU - Perou, C. M. AU - Rees, C. AU - Spellman, P. AU - Iyer, V. AU - Jeffrey, S. S. AU - Van de Rijn, M. AU - Waltham, M. AU - Pergamenschikov, A. AU - Lee, J. C. AU - Lashkari, D. AU - Shalon, D. AU - Myers, T. G. AU - Weinstein, J. N. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. PY - 2000 DA - 2000// TI - Systematic variation in gene expression patterns in human cancer cell lines JO - Nat Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/73432 DO - 10.1038/73432 ID - Ross2000 ER - TY - JOUR AU - Alizadeh, A. A. AU - Eisen, M. B. AU - Davis, R. E. AU - Ma, C. AU - Lossos, I. S. AU - Rosenwald, A. AU - Boldrick, J. C. AU - Sabet, H. AU - Tran, T. AU - Yu, X. AU - Powell, J. I. AU - Yang, L. AU - Marti, G. E. AU - Moore, T. AU - Hudson, J. J. AU - Lu, L. AU - Lewis, D. B. AU - Tibshirani, R. AU - Sherlock, G. AU - Chan, W. C. AU - Greiner, T. C. AU - Weisenburger, D. D. AU - Armitage, J. O. AU - Warnke, R. AU - Levy, R. AU - Wilson, W. AU - Grever, M. R. AU - Byrd, J. C. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. AU - Staudt, L. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling JO - Nature VL - 403 UR - https://doi.org/10.1038/35000501 DO - 10.1038/35000501 ID - Alizadeh2000 ER - TY - JOUR AU - Antoniadis, A. AU - Lambert-Lacroix, S. AU - Leblanc, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Effective dimension reduction methods for tumor classification using gene expression data JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg062 DO - 10.1093/bioinformatics/btg062 ID - Antoniadis2003 ER - TY - JOUR AU - Zhang, H. AU - Yu, C. Y. AU - Singer, B. AU - Xiong, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Recursive partitioning for tumor classification with gene expression microarray data JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.111153698 DO - 10.1073/pnas.111153698 ID - Zhang2001 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - Jiang, W. AU - Li, X. AU - Moser, K. L. AU - Guo, Z. AU - Du, L. AU - Wang, Q. AU - Topol, E. J. AU - Rao, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - A robust hybrid between genetic algorithm and support vector machine for extracting an optimal feature gene subset JO - Genomics VL - 85 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2004.09.007 DO - 10.1016/j.ygeno.2004.09.007 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Novak, J. P. AU - Sladek, R. AU - Hudson, T. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Characterization of variability in large-scale gene expression data: implications for study design JO - Genomics VL - 79 UR - https://doi.org/10.1006/geno.2001.6675 DO - 10.1006/geno.2001.6675 ID - Novak2002 ER - TY - JOUR AU - Tu, Y. AU - Stolovitzky, G. AU - Klein, U. PY - 2002 DA - 2002// TI - Quantitative noise analysis for gene expression microarray experiments JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.222164199 DO - 10.1073/pnas.222164199 ID - Tu2002 ER - TY - JOUR AU - Elowitz, M. B. AU - Levine, A. J. AU - Siggia, E. D. AU - Swain, P. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Stochastic gene expression in a single cell JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1070919 DO - 10.1126/science.1070919 ID - Elowitz2002 ER - TY - JOUR AU - Swain, P. S. AU - Elowitz, M. B. AU - Siggia, E. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Intrinsic and extrinsic contributions to stochasticity in gene expression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.162041399 DO - 10.1073/pnas.162041399 ID - Swain2002 ER - TY - JOUR AU - Herzel, H. AU - Beule, D. AU - Kielbasa, S. AU - Korbel, J. AU - Sers, C. AU - Malik, A. AU - Eickhoff, H. AU - Lehrach, H. AU - Schuchhardt, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Extracting information from cDNA arrays JO - Chaos VL - 11 UR - https://doi.org/10.1063/1.1336843 DO - 10.1063/1.1336843 ID - Herzel2001 ER - TY - CHAP AU - Xing, E. P. AU - Jordan, M. I. AU - Karp, R. M. PY - 2001 DA - 2001// BT - Feature selection for high-dimensional genomic microarray data ID - Xing2001 ER - TY - JOUR AU - Draghici, S. AU - Khatri, P. AU - Martins, R. P. AU - Ostermeier, G. C. AU - Krawetz, S. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global functional profiling of gene expression JO - Genomics VL - 81 UR - https://doi.org/10.1016/S0888-7543(02)00021-6 DO - 10.1016/S0888-7543(02)00021-6 ID - Draghici2003 ER - TY - STD TI - Draghici S: Onto-Expression.[http://vortex.cs.wayne.edu/ontoexpress/onto.htm] UR - http://vortex.cs.wayne.edu/ontoexpress/onto.htm ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Hartwell, L. H. AU - Hopfield, J. J. AU - Leibler, S. AU - Murray, A. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - From molecular to modular cell biology JO - Nature VL - 402 UR - https://doi.org/10.1038/35011540 DO - 10.1038/35011540 ID - Hartwell1999 ER - TY - JOUR AU - Barabasi, A. L. AU - Oltvai, Z. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Network biology: understanding the cell's functional organization JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1272 DO - 10.1038/nrg1272 ID - Barabasi2004 ER - TY - JOUR AU - Rives, A. W. AU - Galitski, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Modular organization of cellular networks JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0237338100 DO - 10.1073/pnas.0237338100 ID - Rives2003 ER - TY - JOUR AU - D'Haeseleer, P. AU - Liang, S. AU - Somogyi, R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genetic network inference: from co-expression clustering to reverse engineering JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.8.707 DO - 10.1093/bioinformatics/16.8.707 ID - D'Haeseleer2000 ER - TY - CHAP AU - Azuaje, F. J. AU - Bodenreider, O. PY - 2004 DA - 2004// BT - Incorporating ontology-driven similarity knowledge into functional genomics: An exploratory study: In IEEE Forth Symposium on Bioformatics and Bioengineering (BIBE2004)May 19-21; Taichung, Taiwan. ID - Azuaje2004 ER - TY - JOUR AU - Bader, G. D. AU - Hogue, C. W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analyzing yeast protein-protein interaction data obtained from different sources JO - Nat Biotechnol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1002-991 DO - 10.1038/nbt1002-991 ID - Bader2002 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - STD TI - GO: Gene Ontology Consortium.[http://www.geneontology.org/] UR - http://www.geneontology.org/ ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Perez-Iratxeta, C. AU - Bork, P. AU - Andrade, M. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Association of genes to genetically inherited diseases using data mining JO - Nat Genet VL - 31 ID - Perez-Iratxeta2002 ER - TY - STD TI - Perez-Iratxeta C, Bork P, Andrade MA: G2D: Candidate Genes to Inherited Diseases.[http://www.bork.embl-heidelberg.de/g2d/] UR - http://www.bork.embl-heidelberg.de/g2d/ ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Bastian, M. AU - Kohlschein, P. AU - Schuff-Werner, P. AU - Steiner, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Expression of functional protease-activated receptor 1 in human prostate cancer cell lines JO - Urol Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1007/s00240-003-0309-2 DO - 10.1007/s00240-003-0309-2 ID - Liu2003 ER - TY - JOUR AU - Darmoul, D. AU - Gratio, V. AU - Devaud, H. AU - Lehy, T. AU - Laburthe, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Aberrant expression and activation of the thrombin receptor protease-activated receptor-1 induces cell proliferation and motility in human colon cancer cells JO - Am J Pathol VL - 162 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)64283-6 DO - 10.1016/S0002-9440(10)64283-6 ID - Darmoul2003 ER - TY - JOUR AU - Yin, Y. J. AU - Salah, Z. AU - Grisaru-Granovsky, S. AU - Cohen, I. AU - Even-Ram, S. C. AU - Maoz, M. AU - Uziely, B. AU - Peretz, T. AU - Bar-Shavit, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human protease-activated receptor 1 expression in malignant epithelia: a role in invasiveness JO - Arterioscler Thromb Vasc Biol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1161/01.ATV.0000066878.27340.22 DO - 10.1161/01.ATV.0000066878.27340.22 ID - Yin2003 ER - TY - JOUR AU - Agundez, J. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cytochrome p450 gene polymorphism and cancer JO - Curr Drug Metab VL - 5 UR - https://doi.org/10.2174/1389200043335621 DO - 10.2174/1389200043335621 ID - Agundez2004 ER - TY - JOUR AU - Michl, P. AU - Barth, C. AU - Buchholz, M. AU - Lerch, M. M. AU - Rolke, M. AU - Holzmann, K. H. AU - Menke, A. AU - Fensterer, H. AU - Giehl, K. AU - Lohr, M. AU - Leder, G. AU - Iwamura, T. AU - Adler, G. AU - Gress, T. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Claudin-4 expression decreases invasiveness and metastatic potential of pancreatic cancer JO - Cancer Res VL - 63 ID - Michl2003 ER - TY - JOUR AU - Miwa, N. AU - Furuse, M. AU - Tsukita, S. AU - Niikawa, N. AU - Nakamura, Y. AU - Furukawa, Y. PY - 2000 DA - 2000// TI - Involvement of claudin-1 in the beta-catenin/Tcf signaling pathway and its frequent upregulation in human colorectal cancers JO - Oncol Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.3727/096504001108747477 DO - 10.3727/096504001108747477 ID - Miwa2000 ER - TY - JOUR AU - Anghileri, L. J. AU - Mayayo, E. AU - Domingo, J. L. AU - Thouvenot, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Cellular calcium homeostasis changes in lymphoma-induction by ATP iron complex JO - Oncol Rep VL - 9 ID - Anghileri2002 ER - TY - JOUR AU - Pasqualucci, L. AU - Migliazza, A. AU - Basso, K. AU - Houldsworth, J. AU - Chaganti, R. S. AU - Dalla-Favera, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mutations of the BCL6 proto-oncogene disrupt its negative autoregulation in diffuse large B-cell lymphoma JO - Blood VL - 101 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2002-11-3387 DO - 10.1182/blood-2002-11-3387 ID - Pasqualucci2003 ER - TY - JOUR AU - Schwarzmeier, J. D. AU - Shehata, M. AU - Hilgarth, M. AU - Marschitz, I. AU - Louda, N. AU - Hubmann, R. AU - Greil, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The role of soluble CD23 in distinguishing stable and progressive forms of B-chronic lymphocytic leukemia JO - Leuk Lymphoma VL - 43 UR - https://doi.org/10.1080/10428190210323 DO - 10.1080/10428190210323 ID - Schwarzmeier2002 ER - TY - JOUR AU - Brown, M. P. AU - Grundy, W. N. AU - Lin, D. AU - Cristianini, N. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Ares, M. J. AU - Haussler, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Knowledge-based analysis of microarray gene expression data by using support vector machines JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.97.1.262 DO - 10.1073/pnas.97.1.262 ID - Brown2000 ER - TY - JOUR AU - Lagreid, A. AU - Hvidsten, T. R. AU - Midelfart, H. AU - Komorowski, J. AU - Sandvik, A. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Predicting gene ontology biological process from temporal gene expression patterns JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1144503 DO - 10.1101/gr.1144503 ID - Lagreid2003 ER - TY - JOUR AU - Mateos, A. AU - Dopazo, J. AU - Jansen, R. AU - Tu, Y. AU - Gerstein, M. AU - Stolovitzky, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Systematic learning of gene functional classes from DNA array expression data by using multilayer perceptrons JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.192502 DO - 10.1101/gr.192502 ID - Mateos2002 ER - TY - JOUR AU - Hanczar, B. AU - Courtine, M. AU - Benis, A. AU - Hennegar, C. AU - Clement, K. AU - Zucker, J. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Improving classification of microarray data using prototype-based feature selection JO - ACM SIGKDD Explorations Newsletter VL - 5 UR - https://doi.org/10.1145/980972.980977 DO - 10.1145/980972.980977 ID - Hanczar2003 ER - TY - JOUR AU - Huang, E. AU - Cheng, S. H. AU - Dressman, H. AU - Pittman, J. AU - Tsou, M. H. AU - Horng, C. F. AU - Bild, A. AU - Iversen, E. S. AU - Liao, M. AU - Chen, C. M. AU - West, M. AU - Nevins, J. R. AU - Huang, A. T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression predictors of breast cancer outcomes JO - Lancet VL - 361 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(03)13308-9 DO - 10.1016/S0140-6736(03)13308-9 ID - Huang2003 ER - TY - JOUR AU - Huang, E. AU - Ishida, S. AU - Pittman, J. AU - Dressman, H. AU - Bild, A. AU - Kloos, M. AU - D'Amico, M. AU - Pestell, R. G. AU - West, M. AU - Nevins, J. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression phenotypic models that predict the activity of oncogenic pathways JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1167 DO - 10.1038/ng1167 ID - Huang2003 ER - TY - JOUR AU - Kohavi, R. AU - John, G. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - Wrappers for feature subset selection JO - Artificial Intelligence VL - 97 UR - https://doi.org/10.1016/S0004-3702(97)00043-X DO - 10.1016/S0004-3702(97)00043-X ID - Kohavi1997 ER - TY - JOUR AU - Li, X. AU - Rao, S. AU - Wang, Y. AU - Gong, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Gene mining: a novel and powerful ensemble decision approach to hunting for disease genes using microarray expression profiling JO - Nucl Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh563 DO - 10.1093/nar/gkh563 ID - Li2004 ER - TY - JOUR AU - Li, X. AU - Rao, S. AU - Zhang, T. AU - Guo, Z. AU - Moser, K. L. AU - Topol, E. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - An ensemble method for gene discovery based on DNA microarray data JO - Sci China C Life Sci VL - 47 UR - https://doi.org/10.1360/03yc0127 DO - 10.1360/03yc0127 ID - Li2004 ER - TY - JOUR AU - Zeeberg, B. R. AU - Feng, W. AU - Wang, G. AU - Wang, M. D. AU - Fojo, A. T. AU - Sunshine, M. AU - Narasimhan, S. AU - Kane, D. W. AU - Reinhold, W. C. AU - Lababidi, S. AU - Bussey, K. J. AU - Riss, J. AU - Barrett, J. C. AU - Weinstein, J. N. PY - 2003 DA - 2003// TI - GoMiner: a resource for biological interpretation of genomic and proteomic data JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-4-r28 DO - 10.1186/gb-2003-4-4-r28 ID - Zeeberg2003 ER - TY - JOUR AU - Volinia, S. AU - Evangelisti, R. AU - Francioso, F. AU - Arcelli, D. AU - Carella, M. AU - Gasparini, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - GOAL: automated Gene Ontology analysis of expression profiles JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh443 DO - 10.1093/nar/gkh443 ID - Volinia2004 ER - TY - JOUR AU - Vinayagam, A. AU - Konig, R. AU - Moormann, J. AU - Schubert, F. AU - Eils, R. AU - Glatting, K. H. AU - Suhai, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Applying Support Vector Machines for Gene Ontology based gene function prediction JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-116 DO - 10.1186/1471-2105-5-116 ID - Vinayagam2004 ER - TY - JOUR AU - Khatri, P. AU - Draghici, S. AU - Ostermeier, G. C. AU - Krawetz, S. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Profiling gene expression using onto-express JO - Genomics VL - 79 UR - https://doi.org/10.1006/geno.2002.6698 DO - 10.1006/geno.2002.6698 ID - Khatri2002 ER - TY - JOUR AU - Al-Shahrour, F. AU - Diaz-Uriarte, R. AU - Dopazo, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - FatiGO: a web tool for finding significant associations of Gene Ontology terms with groups of genes JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg455 DO - 10.1093/bioinformatics/btg455 ID - Al-Shahrour2004 ER - TY - STD TI - Al-Shahrour F, Diaz-Uriarte R, Dopazo J: FatiGO: Data mining with Gene Ontology.[http://fatigo.bioinfo.cnio.es/] UR - http://fatigo.bioinfo.cnio.es/ ID - ref47 ER - TY - JOUR AU - Loguinov, A. V. AU - Mian, I. S. AU - Vulpe, C. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Exploratory differential gene expression analysis in microarray experiments with no or limited replication JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-3-r18 DO - 10.1186/gb-2004-5-3-r18 ID - Loguinov2004 ER - TY - CHAP AU - Goodall, C. ED - Mosteller, F. ED - Tukey, J. W. PY - 1983 DA - 1983// TI - M-estimators of location: An outline of the theory BT - Understanding Robust and Exploratory Data Analysis ID - Goodall1983 ER - TY - CHAP AU - Quinlan, J. R. PY - 1993 DA - 1993// BT - C4.5: Programs for Machine Learning PB - San Francisco CY - Morgan Kaufmann ID - Quinlan1993 ER - TY - STD TI - Quinlan JR: C4.5 Release 8.[http://www.rulequest.com/Personal/] UR - http://www.rulequest.com/Personal/ ID - ref51 ER -