TY - JOUR AU - Kulikova, T. AU - Aldebert, P. AU - Althorpe, N. AU - Baker, W. AU - Bates, K. AU - Browne, P. AU - van den Broek, A. AU - Cochrane, G. AU - Duggan, K. AU - Eberhardt, R. AU - Faruque, N. AU - Garcia-Pastor, M. AU - Harte, N. AU - Kanz, C. AU - Leinonen, R. AU - Lin, Q. AU - Lombard, V. AU - Lopez, R. AU - Mancuso, R. AU - McHale, M. AU - Nardone, F. AU - Silventoinen, V. AU - Stoehr, P. AU - Stoesser, G. AU - Tuli, A. AU - Tzouvara, K. AU - Vaughan, R. AU - Wu, D. AU - Zhu, W. AU - Apweiler, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The EMBL nucleotide sequence database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh120 DO - 10.1093/nar/gkh120 ID - Kulikova2004 ER - TY - JOUR AU - Benson, D. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Lipman, D. J. AU - Ostell, J. AU - Wheeler, D. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genbank: update JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh045 DO - 10.1093/nar/gkh045 ID - Benson2004 ER - TY - JOUR AU - Ludwig, W. AU - Strunk, O. AU - Westram, R. AU - Richter, L. AU - Meier, H. AU - Yadhukumar AU - Buchner, A. AU - Lai, T. AU - Steppi, S. AU - Jobb, G. AU - Förster, W. AU - Brettske, I. AU - Gerber, S. AU - Ginhart, A. W. AU - Gross, O. AU - Grumann, S. AU - Hermann, S. AU - Jost, R. AU - König, A. AU - Liss, T. AU - Lüßmann, R. AU - May, M. AU - Nonhoff, B. AU - Reichel, B. AU - Strehlow, R. AU - Stamatakis, A. AU - Stuckmann, N. AU - Vilbig, A. AU - Lenke, M. AU - Ludwig, T. AU - Bode, A. AU - Schleifer, K. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - ARB: a software environment for sequence data JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh293 DO - 10.1093/nar/gkh293 ID - Ludwig2004 ER - TY - JOUR AU - Maidak, B. L. AU - Cole, J. R. AU - Lilburn, T. G. AU - Parker, C. T. AU - Saxman, P. R. AU - Farris, R. J. AU - Garrity, G. M. AU - Olsen, G. J. AU - Schmidt, T. M. AU - Tiedje, J. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - The RDP-II (Ribosomal Database Project) JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.173 DO - 10.1093/nar/29.1.173 ID - Maidak2001 ER - TY - JOUR AU - Wuyts, J. AU - PerrieÁre, G. AU - Van de Peer, Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - The European ribosomal RNA database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh065 DO - 10.1093/nar/gkh065 ID - Wuyts2004 ER - TY - CHAP AU - Ludwig, W. AU - Klenk, H. P. ED - Garrity, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Overview: a phylogenetic backbone and taxonomic framework for prokaryotic systematics BT - Bergey's Manual of Systematic Bacteriology PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-21609-6_8 DO - 10.1007/978-0-387-21609-6_8 ID - Ludwig2001 ER - TY - JOUR AU - Amann, R. AU - Ludwig, W. AU - Schleifer, K. H. PY - 1995 DA - 1995// TI - Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation JO - Microbiol Rev VL - 59 ID - Amann1995 ER - TY - JOUR AU - Fuchs, B. M. AU - Wallner, G. AU - Beisker, W. AU - Schwippl, I. AU - Ludwig, W. AU - Amann, R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Flow cytometric analysis of the in situ accessibility of Escherichia coli 16S rRNA for fluorescently labeled oligonucleotide probes JO - Appl Environ Microbiol VL - 64 ID - Fuchs1998 ER - TY - JOUR AU - Fuchs, B. M. AU - Syutsubo, K. AU - Ludwig, W. AU - Amann, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - In situ accessibility of the Escherichia coli 23S rRNA for fluorescently labeled oligonucleotide probes JO - Appl Environ Microbiol VL - 67 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.67.2.961-968.2001 DO - 10.1128/AEM.67.2.961-968.2001 ID - Fuchs2001 ER - TY - JOUR AU - Inàcio, J. AU - Behrens, S. AU - Fuchs, B. M. AU - Fonseca, I. AU - Spencer-Martins, I. AU - Amann, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - In situ Accessibility of Saccharomyces cerevisiae 26S rRNA to Cy3-Labeled Oligonucleotide Probes Comprising the D1 and D2 Domains JO - Appl Environ Microbiol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.69.5.2899-2905.2003 DO - 10.1128/AEM.69.5.2899-2905.2003 ID - Inàcio2003 ER - TY - JOUR AU - Behrens, S. AU - Ruehland, C. AU - Inàcio, J. AU - Huber, H. AU - Fonseca, A. AU - Spencer-Martins, S. AU - Fuchs, B. M. AU - Amann, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - In Situ accessibility of small-subunit rRNA of members of the domains Bacteria, Archaea and Eucarya to Cy3-Labeled oligonucleotide probes JO - Appl Environ Microbiol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.69.3.1748-1758.2003 DO - 10.1128/AEM.69.3.1748-1758.2003 ID - Behrens2003 ER - TY - JOUR AU - Behrens, S. AU - Fuchs, B. M. AU - Mueller, F. AU - Amann, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Is the In situ Accessibility of the 16S rRNA of Escherichia coli for Cy3-Labeled Oligonucleotide Probes Predicted by a Three-Dimensional Structure Model of the 30S Ribosomal Subunit? JO - Appl Environ Microbiol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.69.8.4935-4941.2003 DO - 10.1128/AEM.69.8.4935-4941.2003 ID - Behrens2003 ER - TY - STD TI - The ARB project[http://www.arb-home.de] UR - http://www.arb-home.de ID - ref13 ER - TY - CHAP AU - Suggs, S. V. AU - Hirose, T. AU - Miyake, T. AU - Kawashima, E. H. AU - Johnson, M. J. AU - Itakura, K. AU - Wallace, R. B. ED - Brown, D. ED - Fox, C. F. PY - 1981 DA - 1981// TI - Use of synthetic oligodeoxyribonucleotides for the isolation of specific cloned DNA sequences BT - Developmental biology using purified genes PB - Academic Press Inc CY - New York ID - Suggs1981 ER - TY - JOUR AU - Cannone, J. J. AU - Subramanian, S. AU - Schnare, M. N. AU - Collett, J. R. AU - D'Souza, L. M. AU - Du, Y. AU - Feng, B. AU - Lin, N. AU - Madabusi, L. V. AU - MuÈller, K. M. AU - Pande, N. AU - Shang, Z. AU - Yu, N. AU - Gutell, R. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The comparative RNA Web (CRW) site: an online database of comparative sequence and structure information for ribosomal, intron and other RNAs JO - BMC Bioinformatics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-3-15 DO - 10.1186/1471-2105-3-15 ID - Cannone2002 ER - TY - JOUR AU - Gutell, R. R. PY - 1993 DA - 1993// TI - Collection of small subunit (16S- and 16S-like) ribosomal RNA structures JO - Nucleic Acids Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/nar/21.13.3051 DO - 10.1093/nar/21.13.3051 ID - Gutell1993 ER - TY - JOUR AU - Wimberly, B. T. AU - Brodersen, D. E. AU - Clemons, W. M. AU - Morgan-Warren, R. J. AU - Carter, A. P. AU - Vonrhein, C. AU - Hartsch, T. AU - Ramakrishnan, V. PY - 2000 DA - 2000// TI - Structure of the 30S ribosomal subunit JO - Nature VL - 407 UR - https://doi.org/10.1038/35030006 DO - 10.1038/35030006 ID - Wimberly2000 ER - TY - JOUR AU - Ashelford, K. E. AU - Weightman, A. J. AU - Fry, J. C. PY - 2002 DA - 2002// TI - PRIMROSE: a computer program for generating and estimating the phylogenetic range of 16S rRNA oligonucleotide probes and primers in conjunction with the RDP-II database JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkf450 DO - 10.1093/nar/gkf450 ID - Ashelford2002 ER - TY - JOUR AU - Pozhitkov, A. E. AU - Tautz, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - An algorithm and program for finding sequence specific oligo-nucleotide probes for species identification JO - BMC Bioinformatics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-3-9 DO - 10.1186/1471-2105-3-9 ID - Pozhitkov2002 ER -