Skip to main content

Table 3 The stemloc grammar, part 2 of 3: bulges.

From: Accelerated probabilistic inference of RNA structure evolution

L R (L → R)
LBulge xyLBulgeMatch (1 - loopGapOpen)
  | yLBulgeIns loopGapOpen/2
  | xLBulgeDel loopGapOpen/2
LBulgeMatch xyLBulgeMatch (1 - loopGapOpen) loopExtend
  | yLBulgeIns loopGapOpen/2
  | xLBulgeDel loopGapOpen/2
  | Stem (1 - loopGapOpen)(1 - loopExtend)
LBulgeIns xyLBulgeMatch (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
  | yLBulgeIns loopGapExtend
  | xLBulgeDel (1 - loopGapExtend) loopGapSwap
  | Stem (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
LBulgeDel xyLBulgeMatch (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
  | xLBulgeDel loopGapExtend
  | yLBulgeIns (1 - loopGapExtend) loopGapSwap
  | Stem (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
RBulge xyRBulgeMatch (1 - loopGapOpen)
  | yRBulgeIns loopGapOpen/2
  | xRBulgeDel loopGapOpen/2
RBulgeMatch xyRBulgeMatch (1 - loopGapOpen) loopExtend
  | yRBulgeIns loopGapOpen/2
  | xRBulgeDel loopGapOpen/2
  | Stem (1 - loopGapOpen) (1 - loopExtend)
RBulgeIns xyRBulgeMatch (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
  | yRBulgeIns loopGapExtend
  | xRBulgeDel (1 - loopGapExtend) loopGapSwap
  | Stem (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
RBulgeDel xyRBulgeMatch (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
  | xRBulgeDel loopGapExtend
  | yRBulgeIns (1 - loopGapExtend) loopGapSwap
  | Stem (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
LRBulge xyLRBulgeMatch (1 - loopGapOpen)
  | yLRBulgeIns loopGapOpen/2
  | xLRBulgeDel loopGapOpen/2
LRBulgeMatch xyLRBulgeMatch (1 - loopGapOpen) loopExtend
  | yLRBulgeIns loopGapOpen/2
  | xLRBulgeDel loopGapOpen/2
  | RBulge (1 - loopGapOpen) (1 - loopExtend)
LRBulgeIns xyLRBulgeMatch (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
  | yLRBulgeIns loopGapExtend
  | xLRBulgeDel (1 - loopGapExtend) loopGapSwap
  | RBulge (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
LRBulgeDel xyLRBulgeMatch (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
  | xLRBulgeDel loopGapExtend
  | yLRBulgeIns (1 - loopGapExtend) loopGapSwap
  | RBulge (1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)