Accelerated probabilistic inference of RNA structure evolution

Holmes, Ian

doi:10.1186/1471-2105-6-73

BMC Bioinformatics

Table 3 The stemloc grammar, part 2 of 3: bulges.

From: Accelerated probabilistic inference of RNA structure evolution

L	→	R	(L → R)
LBulge	→	^xyLBulgeMatch	(1 - loopGapOpen)
	\|	^yLBulgeIns	loopGapOpen/2
	\|	^xLBulgeDel	loopGapOpen/2
LBulgeMatch	→	^xyLBulgeMatch	(1 - loopGapOpen) loopExtend
	\|	^yLBulgeIns	loopGapOpen/2
	\|	^xLBulgeDel	loopGapOpen/2
	\|	Stem	(1 - loopGapOpen)(1 - loopExtend)
LBulgeIns	→	^xyLBulgeMatch	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
	\|	^yLBulgeIns	loopGapExtend
	\|	^xLBulgeDel	(1 - loopGapExtend) loopGapSwap
	\|	Stem	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
LBulgeDel	→	^xyLBulgeMatch	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
	\|	^xLBulgeDel	loopGapExtend
	\|	^yLBulgeIns	(1 - loopGapExtend) loopGapSwap
	\|	Stem	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
RBulge	→	^xyRBulgeMatch	(1 - loopGapOpen)
	\|	^yRBulgeIns	loopGapOpen/2
	\|	^xRBulgeDel	loopGapOpen/2
RBulgeMatch	→	^xyRBulgeMatch	(1 - loopGapOpen) loopExtend
	\|	^yRBulgeIns	loopGapOpen/2
	\|	^xRBulgeDel	loopGapOpen/2
	\|	Stem	(1 - loopGapOpen) (1 - loopExtend)
RBulgeIns	→	^xyRBulgeMatch	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
	\|	^yRBulgeIns	loopGapExtend
	\|	^xRBulgeDel	(1 - loopGapExtend) loopGapSwap
	\|	Stem	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
RBulgeDel	→	^xyRBulgeMatch	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
	\|	^xRBulgeDel	loopGapExtend
	\|	^yRBulgeIns	(1 - loopGapExtend) loopGapSwap
	\|	Stem	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
LRBulge	→	^xyLRBulgeMatch	(1 - loopGapOpen)
	\|	^yLRBulgeIns	loopGapOpen/2
	\|	^xLRBulgeDel	loopGapOpen/2
LRBulgeMatch	→	^xyLRBulgeMatch	(1 - loopGapOpen) loopExtend
	\|	^yLRBulgeIns	loopGapOpen/2
	\|	^xLRBulgeDel	loopGapOpen/2
	\|	RBulge	(1 - loopGapOpen) (1 - loopExtend)
LRBulgeIns	→	^xyLRBulgeMatch	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
	\|	^yLRBulgeIns	loopGapExtend
	\|	^xLRBulgeDel	(1 - loopGapExtend) loopGapSwap
	\|	RBulge	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)
LRBulgeDel	→	^xyLRBulgeMatch	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend
	\|	^xLRBulgeDel	loopGapExtend
	\|	^yLRBulgeIns	(1 - loopGapExtend) loopGapSwap
	\|	RBulge	(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)

Back to article page

ISSN: 1471-2105

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com