TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Bork, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Bioinformatics in the post-sequence era JO - Nat Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1109 DO - 10.1038/ng1109 ID - Kanehisa2003 ER - TY - JOUR AU - Schena, M. AU - Shalon, D. AU - Davis, R. W. AU - Brown, P. O. PY - 1995 DA - 1995// TI - Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray JO - Science VL - 270 UR - https://doi.org/10.1126/science.270.5235.467 DO - 10.1126/science.270.5235.467 ID - Schena1995 ER - TY - JOUR AU - Scherf, U. AU - Ross, D. T. AU - Waltham, M. AU - Smith, L. H. AU - Lee, J. K. AU - Tanabe, L. AU - Kohn, K. W. AU - Reinhold, W. C. AU - Myers, T. G. AU - Andrews, D. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - A gene expression database for the molecular pharmacology of cancer JO - Nat Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/73439 DO - 10.1038/73439 ID - Scherf2000 ER - TY - JOUR AU - Hughes, T. R. AU - Marton, M. J. AU - Jones, A. R. AU - Roberts, C. J. AU - Stoughton, R. AU - Armour, C. D. AU - Bennett, H. A. AU - Coffey, E. AU - Dai, H. AU - He, Y. D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Functional discovery via a compendium of expression profiles JO - Cell VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00015-5 DO - 10.1016/S0092-8674(00)00015-5 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Giaever, G. AU - Chu, A. M. AU - Ni, L. AU - Connelly, C. AU - Riles, L. AU - Veronneau, S. AU - Dow, S. AU - Lucau-Danila, A. AU - Anderson, K. AU - Andre, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiae genome JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/nature00935 DO - 10.1038/nature00935 ID - Giaever2002 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. AU - Domrachev, M. AU - Lash, A. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.207 DO - 10.1093/nar/30.1.207 ID - Edgar2002 ER - TY - JOUR AU - Brazma, A. AU - Parkinson, H. AU - Sarkans, U. AU - Shojatalab, M. AU - Vilo, J. AU - Abeygunawardena, N. AU - Holloway, E. AU - Kapushesky, M. AU - Kemmeren, P. AU - Lara, G. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - ArrayExpress – a public repository for microarray gene expression data at the EBI JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg091 DO - 10.1093/nar/gkg091 ID - Brazma2003 ER - TY - JOUR AU - Rhodes, D. R. AU - Yu, J. AU - Shanker, K. AU - Deshpande, N. AU - Varambally, R. AU - Ghosh, D. AU - Barrette, T. AU - Pandey, A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Large-scale meta-analysis of cancer microarray data identifies common transcriptional profiles of neoplastic transformation and progression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401994101 DO - 10.1073/pnas.0401994101 ID - Rhodes2004 ER - TY - JOUR AU - Tanay, A. AU - Steinfeld, I. AU - Kupiec, M. AU - Shamir, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Integrative analysis of genome-wide experiments in the context of a large high-throughput data compendium JO - Molecular Systems Biology VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100005 DO - 10.1038/msb4100005 ID - Tanay2005 ER - TY - JOUR AU - Rhodes, D. R. AU - Barrette, T. R. AU - Rubin, M. A. AU - Ghosh, D. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Meta-analysis of microarrays: interstudy validation of gene expression profiles reveals pathway dysregulation in prostate cancer JO - Cancer Res VL - 62 ID - Rhodes2002 ER - TY - JOUR AU - Vernell, R. AU - Helin, K. AU - Muller, H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Identification of target genes of the p16INK4A-pRB-E2F pathway JO - J Biol Chem VL - 278 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M304930200 DO - 10.1074/jbc.M304930200 ID - Vernell2003 ER - TY - JOUR AU - Lessnick, S. L. AU - Dacwag, C. S. AU - Golub, T. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Ewing's sarcoma oncoprotein EWS/FLI induces a p53-dependent growth arrest in primary human fibroblasts JO - Cancer Cell VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/S1535-6108(02)00056-9 DO - 10.1016/S1535-6108(02)00056-9 ID - Lessnick2002 ER - TY - JOUR AU - Paulussen, M. AU - Frohlich, B. AU - Jurgens, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Ewing tumour: incidence, prognosis and treatment options JO - Paediatr Drugs VL - 3 UR - https://doi.org/10.2165/00128072-200103120-00003 DO - 10.2165/00128072-200103120-00003 ID - Paulussen2001 ER - TY - JOUR AU - Guffanti, A. AU - Finocchiaro, G. AU - Reid, J. F. AU - Luzi, L. AU - Alcalay, M. AU - Confalonieri, S. AU - Lassandro, L. AU - Muller, H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Automated DNA chip annotation tables at IFOM: the importance of synchronisation and cross-referencing of sequence databases JO - Appl Bioinformatics VL - 2 ID - Guffanti2003 ER - TY - JOUR AU - Finocchiaro, G. AU - Parise, P. AU - Minardi, S. P. AU - Alcalay, M. AU - Muller, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - GenePicker: replicate analysis of Affymetrix gene expression microarrays JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth416 DO - 10.1093/bioinformatics/bth416 ID - Finocchiaro2004 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the False Discovery Rate: a Practical and Powerful Approach to Multiple Testing JO - Journal of the Royal Statistical Society VL - B ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Young, A. P. AU - Nagarajan, R. AU - Longmore, G. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mechanisms of transcriptional regulation by Rb-E2F segregate by biological pathway JO - Oncogene VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1206804 DO - 10.1038/sj.onc.1206804 ID - Young2003 ER - TY - JOUR AU - Hubbell, E. AU - Liu, W. M. AU - Mei, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Robust estimators for expression analysis JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.12.1585 DO - 10.1093/bioinformatics/18.12.1585 ID - Hubbell2002 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Bolstad, B. M. AU - Collin, F. AU - Cope, L. M. AU - Hobbs, B. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng015 DO - 10.1093/nar/gng015 ID - Irizarry2003 ER - TY - CHAP AU - Wu, Z. AU - Irizarry, R. A. AU - Gentleman, R. AU - Murillo, F. AU - Spencer, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - A Model Based Background Adjustment for Oligonucleotide Expression Arrays BT - Technical Report PB - John Hopkins University CY - Department of Biostatistics ID - Wu2003 ER - TY - JOUR AU - Zhang, B. AU - Schmoyer, D. AU - Kirov, S. AU - Snoddy, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - GOTree Machine (GOTM): a web-based platform for interpreting sets of interesting genes using Gene Ontology hierarchies JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-16 DO - 10.1186/1471-2105-5-16 ID - Zhang2004 ER - TY - JOUR AU - Ishida, S. AU - Huang, E. AU - Zuzan, H. AU - Spang, R. AU - Leone, G. AU - West, M. AU - Nevins, J. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Role for E2F in control of both DNA replication and mitotic functions as revealed from DNA microarray analysis JO - Mol Cell Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.21.14.4684-4699.2001 DO - 10.1128/MCB.21.14.4684-4699.2001 ID - Ishida2001 ER - TY - JOUR AU - Ren, B. AU - Cam, H. AU - Takahashi, Y. AU - Volkert, T. AU - Terragni, J. AU - Young, R. A. AU - Dynlacht, B. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - E2F integrates cell cycle progression with DNA repair, replication, and G(2)/M checkpoints JO - Genes Dev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gad.949802 DO - 10.1101/gad.949802 ID - Ren2002 ER - TY - JOUR AU - Hernando, E. AU - Nahle, Z. AU - Juan, G. AU - Diaz-Rodriguez, E. AU - Alaminos, M. AU - Hemann, M. AU - Michel, L. AU - Mittal, V. AU - Gerald, W. AU - Benezra, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Rb inactivation promotes genomic instability by uncoupling cell cycle progression from mitotic control JO - Nature VL - 430 UR - https://doi.org/10.1038/nature02820 DO - 10.1038/nature02820 ID - Hernando2004 ER - TY - JOUR AU - Huang, H. Y. AU - Illei, P. B. AU - Zhao, Z. AU - Mazumdar, M. AU - Huvos, A. G. AU - Healey, J. H. AU - Wexler, L. H. AU - Gorlick, R. AU - Meyers, P. AU - Ladanyi, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Ewing sarcomas with p53 mutation or p16/p14ARF homozygous deletion: a highly lethal subset associated with poor chemoresponse JO - J Clin Oncol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2005.02.081 DO - 10.1200/JCO.2005.02.081 ID - Huang2005 ER -