TY - CHAP PY - 2001 DA - 2001// BT - Microarray Suite User Guide ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Li, C. AU - Wong, W. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Model-based analysis of oligonucleotide arrays: expression index computation and outlier detection JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.98.1.31 DO - 10.1073/pnas.98.1.31 ID - Li2001 ER - TY - JOUR AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. AU - Astrand, M. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185 DO - 10.1093/bioinformatics/19.2.185 ID - Bolstad2003 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Bolstad, B. M. AU - Collin, F. AU - Cope, L. M. AU - Hobbs, B. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng015 DO - 10.1093/nar/gng015 ID - Irizarry2003 ER - TY - JOUR AU - Naef, F. AU - Magnasco, M. O. PY - 2003 DA - 2003// TI - Solving the riddle of the bright mismatches: labeling and effective binding in oligonucleotide arrays JO - Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys VL - 68 UR - https://doi.org/10.1103/PhysRevE.68.011906 DO - 10.1103/PhysRevE.68.011906 ID - Naef2003 ER - TY - CHAP AU - Wu, Z. AU - Irizarry, R. A. AU - Gentleman, R. AU - Murillo, F. AU - Spencer, F. PY - 2004 DA - 2004// BT - A model based background adjustment for oligonucleotide expression arrays PB - Baltimore CY - John Hopkins University ID - Wu2004 ER - TY - JOUR AU - Huber, W. AU - von Heydebreck, A. AU - Sultmann, H. AU - Poustka, A. AU - Vingron, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Variance stabilization applied to microarray data calibration and to the quantification of differential expression JO - Bioinformatics VL - 18 Suppl 1 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S96 DO - 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S96 ID - Huber2002 ER - TY - CHAP PY - 2005 DA - 2005// BT - Guide to probe logarithmic intensity error (PLIER) estimation ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Shedden, K. AU - Chen, W. AU - Kuick, R. AU - Ghosh, D. AU - Macdonald, J. AU - Cho, K. R. AU - Giordano, T. J. AU - Gruber, S. B. AU - Fearon, E. R. AU - Taylor, J. M. AU - Hanash, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparison of seven methods for producing Affymetrix expression scores based on False Discovery Rates in disease profiling data JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-26 DO - 10.1186/1471-2105-6-26 ID - Shedden2005 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Hobbs, B. AU - Collin, F. AU - Beazer-Barclay, Y. D. AU - Antonellis, K. J. AU - Scherf, U. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data JO - Biostatistics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/4.2.249 DO - 10.1093/biostatistics/4.2.249 ID - Irizarry2003 ER - TY - JOUR AU - Hoffmann, R. AU - Seidl, T. AU - Dugas, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Profound effect of normalization on detection of differentially expressed genes in oligonucleotide microarray data analysis JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-7-research0033 DO - 10.1186/gb-2002-3-7-research0033 ID - Hoffmann2002 ER - TY - JOUR AU - Liu, W. M. AU - Mei, R. AU - Di, X. AU - Ryder, T. B. AU - Hubbell, E. AU - Dee, S. AU - Webster, T. A. AU - Harrington, C. A. AU - Ho, M. H. AU - Baid, J. AU - Smeekens, S. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analysis of high density expression microarrays with signed-rank call algorithms JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.12.1593 DO - 10.1093/bioinformatics/18.12.1593 ID - Liu2002 ER - TY - JOUR AU - Rajagopalan, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of statistical methods for analysis of high density oligonucleotide array data JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg202 DO - 10.1093/bioinformatics/btg202 ID - Rajagopalan2003 ER - TY - JOUR AU - Freudenberg, J. AU - Boriss, H. AU - Hasenclever, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparison of preprocessing procedures for oligo-nucleotide micro-arrays by parametric bootstrap simulation of spike-in experiments JO - Methods Inf Med VL - 43 ID - Freudenberg2004 ER - TY - STD TI - Affymetrix: Affymetrix.[http://www.affymetrix.com] UR - http://www.affymetrix.com ID - ref15 ER - TY - STD TI - GeneLogic: GeneLogic. ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Cope, L. M. AU - Irizarry, R. A. AU - Jaffee, H. A. AU - Wu, Z. AU - Speed, T. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - A benchmark for Affymetrix GeneChip expression measures JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg410 DO - 10.1093/bioinformatics/btg410 ID - Cope2004 ER - TY - JOUR AU - Bullinger, L. AU - Dohner, K. AU - Bair, E. AU - Frohling, S. AU - Schlenk, R. F. AU - Tibshirani, R. AU - Dohner, H. AU - Pollack, J. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Use of gene-expression profiling to identify prognostic subclasses in adult acute myeloid leukemia JO - N Engl J Med VL - 350 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa031046 DO - 10.1056/NEJMoa031046 ID - Bullinger2004 ER - TY - JOUR AU - Valk, P. J. AU - Verhaak, R. G. AU - Beijen, M. A. AU - Erpelinck, C. A. AU - Barjesteh van Waalwijk van Doorn-Khosrovani, S. AU - Boer, J. M. AU - Beverloo, H. B. AU - Moorhouse, M. J. AU - van der Spek, P. J. AU - Lowenberg, B. AU - Delwel, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Prognostically useful gene-expression profiles in acute myeloid leukemia JO - N Engl J Med VL - 350 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa040465 DO - 10.1056/NEJMoa040465 ID - Valk2004 ER - TY - JOUR AU - Yeoh, E. J. AU - Ross, M. E. AU - Shurtleff, S. A. AU - Williams, W. K. AU - Patel, D. AU - Mahfouz, R. AU - Behm, F. G. AU - Raimondi, S. C. AU - Relling, M. V. AU - Patel, A. AU - Cheng, C. AU - Campana, D. AU - Wilkins, D. AU - Zhou, X. AU - Li, J. AU - Liu, H. AU - Pui, C. H. AU - Evans, W. E. AU - Naeve, C. AU - Wong, L. AU - Downing, J. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Classification, subtype discovery, and prediction of outcome in pediatric acute lymphoblastic leukemia by gene expression profiling JO - Cancer Cell VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/S1535-6108(02)00032-6 DO - 10.1016/S1535-6108(02)00032-6 ID - Yeoh2002 ER - TY - JOUR AU - Su, A. I. AU - Welsh, J. B. AU - Sapinoso, L. M. AU - Kern, S. G. AU - Dimitrov, P. AU - Lapp, H. AU - Schultz, P. G. AU - Powell, S. M. AU - Moskaluk, C. A. AU - Frierson, H. F. J. AU - Hampton, G. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Molecular classification of human carcinomas by use of gene expression signatures JO - Cancer Res VL - 61 ID - Su2001 ER - TY - JOUR AU - Pomeroy, S. L. AU - Tamayo, P. AU - Gaasenbeek, M. AU - Sturla, L. M. AU - Angelo, M. AU - McLaughlin, M. E. AU - Kim, J. Y. AU - Goumnerova, L. C. AU - Black, P. M. AU - Lau, C. AU - Allen, J. C. AU - Zagzag, D. AU - Olson, J. M. AU - Curran, T. AU - Wetmore, C. AU - Biegel, J. A. AU - Poggio, T. AU - Mukherjee, S. AU - Rifkin, R. AU - Califano, A. AU - Stolovitzky, G. AU - Louis, D. N. AU - Mesirov, J. P. AU - Lander, E. S. AU - Golub, T. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Prediction of central nervous system embryonal tumour outcome based on gene expression JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415436a DO - 10.1038/415436a ID - Pomeroy2002 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - CHAP AU - Jain, K. J. AU - Dubes, R. C. PY - 1988 DA - 1988// BT - Algorithms for clustering data PB - Prentice Hall Inc. CY - Upper Saddle River, NJ ID - Jain1988 ER - TY - JOUR AU - de Ridder, D. AU - van der Linden, C. E. AU - Schonewille, T. AU - Dik, W. A. AU - Reinders, M. J. T. AU - van Dongen, J. J. M. AU - Staal, F. J. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Purity for clarity: the need for purification of tumor cells in DNA microarray studies JO - Leukemia VL - 19 ID - de Ridder2005 ER - TY - STD TI - Gene Expression Omnibus[http://ncbi.nlm.nih.gov/geo] UR - http://ncbi.nlm.nih.gov/geo ID - ref26 ER - TY - STD TI - CNS dataset[http://www.genome.wi.mit.edu/MPR/CNS/] UR - http://www.genome.wi.mit.edu/MPR/CNS/ ID - ref27 ER - TY - STD TI - dChip: dChip.[http://www.dchip.org] UR - http://www.dchip.org ID - ref28 ER - TY - STD TI - BioConductor[http://www.bioconductor.org] UR - http://www.bioconductor.org ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Van der Reijden, B. A. AU - de Wit, L. AU - van der Poel, S. AU - Luiten, E. B. AU - Lafage-Pochitaloff, M. AU - Dastugue, N. AU - Gabert, J. AU - Lowenberg, B. AU - Jansen, J. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Identification of a novel CBFB-MYH11 transcript: implications for RT-PCR diagnosis JO - Hematol J VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/sj.thj.6200103 DO - 10.1038/sj.thj.6200103 ID - Van der Reijden2001 ER - TY - JOUR AU - Barjesteh van Waalwijk van Doorn-Khosrovani, S. AU - Erpelinck, C. AU - van Putten, W. L. AU - Valk, P. J. AU - van der Poel-van de Luytgaarde, S. AU - Hack, R. AU - Slater, R. AU - Smit, E. M. AU - Beverloo, H. B. AU - Verhoef, G. AU - Verdonck, L. F. AU - Ossenkoppele, G. J. AU - Sonneveld, P. AU - de Greef, G. E. AU - Lowenberg, B. AU - Delwel, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - High EVI1 expression predicts poor survival in acute myeloid leukemia: a study of 319 de novo AML patients JO - Blood VL - 101 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2002-05-1459 DO - 10.1182/blood-2002-05-1459 ID - Barjesteh van Waalwijk van Doorn-Khosrovani2003 ER - TY - JOUR AU - van Waalwijk van Doorn-Khosrovani, S. B. AU - Erpelinck, C. AU - Meijer, J. AU - van Oosterhoud, S. AU - van Putten, W. L. AU - Valk, P. J. AU - Berna Beverloo, H. AU - Tenen, D. G. AU - Lowenberg, B. AU - Delwel, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Biallelic mutations in the CEBPA gene and low CEBPA expression levels as prognostic markers in intermediate-risk AML JO - Hematol J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/sj.thj.6200216 DO - 10.1038/sj.thj.6200216 ID - van Waalwijk van Doorn-Khosrovani2003 ER - TY - JOUR AU - Mulloy, J. C. AU - Jankovic, V. AU - Wunderlich, M. AU - Delwel, R. AU - Cammenga, J. AU - Krejci, O. AU - Zhao, H. AU - Valk, P. J. AU - Lowenberg, B. AU - Nimer, S. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - AML1-ETO fusion protein up-regulates TRKA mRNA expression in human CD34+ cells, allowing nerve growth factor-induced expansion JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0404701102 DO - 10.1073/pnas.0404701102 ID - Mulloy2005 ER - TY - JOUR AU - Bengtsson, M. AU - Stahlberg, A. AU - Rorsman, P. AU - Kubista, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene expression profiling in single cells from the pancreatic islets of Langerhans reveals lognormal distribution of mRNA levels JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3820805 DO - 10.1101/gr.3820805 ID - Bengtsson2005 ER - TY - CHAP AU - Sheskin, D. J. PY - 2004 DA - 2004// BT - Handbook of parametric and nonparametric statistical procedures PB - Hall/CRC CY - Boca Raton, FL ID - Sheskin2004 ER - TY - CHAP AU - Ge, U. AU - Dudoit, S. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// BT - Resampling-based multiple testing for microarray analysis ID - Ge2003 ER - TY - STD TI - Significance Analysis of Microarrays ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Lange, T. AU - Roth, V. AU - Braun, M. L. AU - Buhmann, J. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Stability-based validation of clustering solutions JO - Neural Comput VL - 16 UR - https://doi.org/10.1162/089976604773717621 DO - 10.1162/089976604773717621 ID - Lange2004 ER - TY - JOUR AU - Tibshirani, R. AU - Hastie, T. AU - Narasimhan, B. AU - Chu, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Diagnosis of multiple cancer types by shrunken centroids of gene expression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.082099299 DO - 10.1073/pnas.082099299 ID - Tibshirani2002 ER - TY - JOUR AU - Bhattacharyya, C. AU - Grate, L. R. AU - Rizki, A. AU - Radisky, D. AU - Molina, F. J. AU - Jordan, M. I. AU - Bissell, M. J. AU - Mian, I. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Simultaneous relevant feature identification and classification in high-dimensional spaces: Application to molecular profiling data JO - Signal Processing VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/S0165-1684(02)00474-7 DO - 10.1016/S0165-1684(02)00474-7 ID - Bhattacharyya2003 ER - TY - CHAP AU - Duda, R. O. AU - Hart, P. E. AU - Stork, D. G. PY - 2003 DA - 2003// BT - Pattern classification PB - Wiley Interscience CY - Hoboken, NY ID - Duda2003 ER -