TY - JOUR AU - Riesenfeld, C. S. AU - Schloss, P. D. AU - Handelsman, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Metagenomics: genomic analysis of microbial communities JO - Annu Rev Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.38.072902.091216 DO - 10.1146/annurev.genet.38.072902.091216 ID - Riesenfeld2004 ER - TY - JOUR AU - Breitbart, M. AU - Felts, B. AU - Kelley, S. AU - Mahaffy, J. M. AU - Nulton, J. AU - Salamon, P. AU - Rohwer, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Diversity and population structure of a near-shore marine-sediment viral community JO - Proc R Soc Lond B Biol Sci VL - 271 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2003.2628 DO - 10.1098/rspb.2003.2628 ID - Breitbart2004 ER - TY - JOUR AU - Breitbart, M. AU - Hewson, I. AU - Felts, B. AU - Mahaffy, J. M. AU - Nulton, J. AU - Salamon, P. AU - Rohwer, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Metagenomic analyses of an uncultured viral community from human feces JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.20.6220-6223.2003 DO - 10.1128/JB.185.20.6220-6223.2003 ID - Breitbart2003 ER - TY - JOUR AU - Breitbart, M. AU - Salamon, P. AU - Andresen, B. AU - Mahaffy, J. M. AU - Segall, A. M. AU - Mead, D. AU - Azam, F. AU - Rohwer, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genomic analysis of uncultured marine viral communities JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.202488399 DO - 10.1073/pnas.202488399 ID - Breitbart2002 ER - TY - JOUR AU - Cann, A. J. AU - Fandrich, S. E. AU - Heaphy, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Analysis of the virus population present in equine faeces indicates the presence of hundreds of uncharacterized virus genomes JO - Virus Genes VL - 30 UR - https://doi.org/10.1007/s11262-004-5624-3 DO - 10.1007/s11262-004-5624-3 ID - Cann2005 ER - TY - JOUR AU - Tringe, S. G. AU - von Mering, C. AU - Kobayashi, A. AU - Salamov, A. A. AU - Chen, K. AU - Chang, H. W. AU - Podar, M. AU - Short, J. M. AU - Mathur, E. J. AU - Detter, J. C. AU - Bork, P. AU - Hugenholtz, P. AU - Rubin, E. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative metagenomics of microbial communities JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1107851 DO - 10.1126/science.1107851 ID - Tringe2005 ER - TY - JOUR AU - Venter, J. C. AU - Remington, K. AU - Heidelberg, J. F. AU - Halpern, A. L. AU - Rusch, D. AU - Eisen, J. A. AU - Wu, D. AU - Paulsen, I. AU - Nelson, K. E. AU - Nelson, W. AU - Fouts, D. E. AU - Levy, S. AU - Knap, A. H. AU - Lomas, M. W. AU - Nealson, K. AU - White, O. AU - Peterson, J. AU - Hoffman, J. AU - Parsons, R. AU - Baden-Tillson, H. AU - Pfannkoch, C. AU - Rogers, Y. H. AU - Smith, H. O. PY - 2004 DA - 2004// TI - Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1093857 DO - 10.1126/science.1093857 ID - Venter2004 ER - TY - JOUR AU - Tyson, G. W. AU - Chapman, J. AU - Hugenholtz, P. AU - Allen, E. E. AU - Ram, R. J. AU - Richardson, P. M. AU - Solovyev, V. V. AU - Rubin, E. M. AU - Rokhsar, D. S. AU - Banfield, J. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment JO - Nature VL - 428 UR - https://doi.org/10.1038/nature02340 DO - 10.1038/nature02340 ID - Tyson2004 ER - TY - CHAP AU - Overbeek, R. AU - Begley, T. AU - Butler, R. AU - Choudhuri, J. AU - Chuang, H. AU - Cohoon, M. AU - de Crécy-Lagard, V. AU - Diaz, N. AU - Disz, T. AU - Edwards, R. AU - Fonstein, M. AU - Frank, E. AU - Gerdes, S. AU - Glass, E. AU - Goesmann, A. AU - Hanson, A. AU - Iwata-Reuyl, D. AU - Jensen, R. AU - Jamshidi, N. AU - Krause, L. AU - Kubal, M. AU - Larsen, N. AU - Linke, B. AU - McHardy, A. AU - Meyer, F. AU - Neuweger, H. AU - Olsen, G. AU - Olson, R. AU - Osterman, A. AU - Portnoy, V. AU - Pusch, G. AU - Rodionov, D. AU - Rückert, C. AU - Steiner, J. AU - Stevens, R. AU - Thiele, I. AU - Vassieva, O. AU - Ye, Y. AU - Zagnitko, O. AU - Vonstein, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes BT - Nucleic Acids Res ID - Overbeek2005 ER - TY - JOUR AU - Keil, R. G. AU - Kirchman, D. L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Utilization of dissolved protein and amino acids in the northern Sargasso Sea JO - Aquatic Microbial Ecology VL - 18 UR - https://doi.org/10.3354/ame018293 DO - 10.3354/ame018293 ID - Keil1999 ER - TY - JOUR AU - Suttle, C. A. AU - Chan, A. M. AU - Fuhrman, J. A. PY - 1991 DA - 1991// TI - Dissolved free amino-acids in the Sargasso Sea - uptake and respiration rates, turnover times, and concentrations JO - Marine Ecology-Progress Series VL - 70 UR - https://doi.org/10.3354/meps070189 DO - 10.3354/meps070189 ID - Suttle1991 ER - TY - JOUR AU - Oren, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Diversity of halophilic microorganisms: Environments, phylogeny, physiology, and applications JO - Journal Of Industrial Microbiology & Biotechnology VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/sj/jim/7000176 DO - 10.1038/sj/jim/7000176 ID - Oren2002 ER - TY - JOUR AU - Roesser, M. AU - Muller, V. PY - 2001 DA - 2001// TI - Osmoadaptation in bacteria and archaea: common principles and differences JO - Environ Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1046/j.1462-2920.2001.00252.x DO - 10.1046/j.1462-2920.2001.00252.x ID - Roesser2001 ER - TY - JOUR AU - Sleator, R. D. AU - Hill, C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Bacterial osmoadaptation: the role of osmolytes in bacterial stress and virulence JO - Fems Microbiology Reviews VL - 26 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2002.tb00598.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2002.tb00598.x ID - Sleator2002 ER - TY - JOUR AU - Yancey, P. H. AU - Clark, M. E. AU - Hand, S. C. AU - Bowlus, R. D. AU - Somero, G. N. PY - 1982 DA - 1982// TI - Living with water stress: evolution of osmolyte systems JO - Science VL - 217 UR - https://doi.org/10.1126/science.7112124 DO - 10.1126/science.7112124 ID - Yancey1982 ER - TY - JOUR AU - Galinski, E. A. PY - 1995 DA - 1995// TI - Osmoadaptation in bacteria JO - Adv Microb Physiol VL - 37 ID - Galinski1995 ER - TY - JOUR AU - Mackay, M. A. AU - Norton, R. S. AU - Borowitzka, L. J. PY - 1984 DA - 1984// TI - Organic osmoregulatory solutes In cyanobacteria JO - Journal Of General Microbiology VL - 130 ID - Mackay1984 ER - TY - JOUR AU - Deiwick, J. AU - Nikolaus, T. AU - Erdogan, S. AU - Hensel, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Environmental regulation of Salmonella pathogenicity island 2 gene expression JO - Mol Microbiol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1999.01312.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1999.01312.x ID - Deiwick1999 ER - TY - JOUR AU - Wu, J. F. AU - Sunda, W. AU - Boyle, E. A. AU - Karl, D. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Phosphate depletion in the western North Atlantic Ocean JO - Science VL - 289 UR - https://doi.org/10.1126/science.289.5480.759 DO - 10.1126/science.289.5480.759 ID - Wu2000 ER - TY - JOUR AU - Grossart, H. P. AU - Riemann, L. AU - Azam, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Bacterial motility in the sea and its ecological implications JO - Aquatic Microbial Ecology VL - 25 UR - https://doi.org/10.3354/ame025247 DO - 10.3354/ame025247 ID - Grossart2001 ER - TY - JOUR AU - Mitchell, J. G. AU - Pearson, L. AU - Bonazinga, A. AU - Dillon, S. AU - Khouri, H. AU - Paxinos, R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Long lag times and high velocities in the motility of natural assemblages of marine-bacteria JO - Applied And Environmental Microbiology VL - 61 ID - Mitchell1995 ER - TY - JOUR AU - McCarren, J. AU - Heuser, J. AU - Roth, R. AU - Yamada, N. AU - Martone, M. AU - Brahamsha, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Inactivation of swmA results in the loss of an outer cell layer in a swimming synechococcus strain JO - J Bacteriol VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.1.224-230.2005 DO - 10.1128/JB.187.1.224-230.2005 ID - McCarren2005 ER - TY - JOUR AU - Waterbury, J. B. AU - Willey, J. M. AU - Franks, D. G. AU - Valois, F. W. AU - Watson, S. W. PY - 1985 DA - 1985// TI - A cyanobacterium capable of swimming motility JO - Science VL - 230 UR - https://doi.org/10.1126/science.230.4721.74 DO - 10.1126/science.230.4721.74 ID - Waterbury1985 ER - TY - JOUR AU - Henrichsen, J. PY - 1975 DA - 1975// TI - The occurrence of twitching motility among gram-negative bacteria JO - Acta Pathol Microbiol Scand [B] VL - 83 ID - Henrichsen1975 ER - TY - STD TI - Supplemental Data on the String Website[http://string.embl.de/metagenome_comp_suppl/keggmap.detection.frequencies.txt] UR - http://string.embl.de/metagenome_comp_suppl/keggmap.detection.frequencies.txt ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Oremland, R. S. AU - Capone, D. G. AU - Stolz, J. F. AU - Fuhrman, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Whither or wither geomicrobiology in the era of 'community metagenomics' JO - Nat Rev Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1182 DO - 10.1038/nrmicro1182 ID - Oremland2005 ER - TY - STD TI - The SEED[http://theseed.uchicago.edu/FIG/index.cgi] UR - http://theseed.uchicago.edu/FIG/index.cgi ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Meyer, F. AU - Goesmann, A. AU - McHardy, A. C. AU - Bartels, D. AU - Bekel, T. AU - Clausen, J. AU - Kalinowski, J. AU - Linke, B. AU - Rupp, O. AU - Giegerich, R. AU - Puhler, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - GenDB--an open source genome annotation system for prokaryote genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg312 DO - 10.1093/nar/gkg312 ID - Meyer2003 ER - TY - JOUR AU - DeLong, E. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Microbial community genomics in the ocean JO - Nat Rev Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1158 DO - 10.1038/nrmicro1158 ID - DeLong2005 ER -