TY - JOUR AU - Nissen, P. AU - Hansen, J. AU - Ban, N. AU - Moore, P. B. AU - Steitz, T. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - The structural basis of ribosomal activity in peptide bond synthesis JO - Science VL - 289 UR - https://doi.org/10.1126/science.289.5481.920 DO - 10.1126/science.289.5481.920 ID - Nissen2000 ER - TY - JOUR AU - Hansen, J. L. AU - Schmeing, T. M. AU - Moore, P. B. AU - Steitz, T. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Structural insights into peptide bond formation JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.172404099 DO - 10.1073/pnas.172404099 ID - Hansen2002 ER - TY - JOUR AU - Walter, P. AU - Blobel, G. PY - 1982 DA - 1982// TI - Signal recognition particle contains a 7S RNA essential for protein translocation across the endoplasmic reticulum JO - Nature VL - 299 UR - https://doi.org/10.1038/299691a0 DO - 10.1038/299691a0 ID - Walter1982 ER - TY - JOUR AU - Cullen, B. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - RNA interference: antiviral defense and genetic tool JO - Nat Immunol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/ni0702-597 DO - 10.1038/ni0702-597 ID - Cullen2002 ER - TY - JOUR AU - Doudna, J. A. AU - Cech, T. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The chemical repertoire of natural ribozymes JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/418222a DO - 10.1038/418222a ID - Doudna2002 ER - TY - JOUR AU - Panning, B. AU - Jaenisch, R. PY - 1998 DA - 1998// TI - RNA and the epigenetic regulation of X chromosome inactivation JO - Cell VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81155-1 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81155-1 ID - Panning1998 ER - TY - JOUR AU - Blackburn, E. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - The end of the (DNA) line JO - Nat Struct Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/79594 DO - 10.1038/79594 ID - Blackburn2000 ER - TY - JOUR AU - Dennis, P. P. AU - Omer, A. AU - Lowe, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - A guided tour: small RNA function in Archaea JO - Mol Microbiol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02381.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2001.02381.x ID - Dennis2001 ER - TY - JOUR AU - Bachellerie, J. P. AU - Cavaille, J. AU - Huttenhofer, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - The expanding snoRNA world JO - Biochimie VL - 84 UR - https://doi.org/10.1016/S0300-9084(02)01402-5 DO - 10.1016/S0300-9084(02)01402-5 ID - Bachellerie2002 ER - TY - JOUR AU - Lau, N. C. AU - Lim, L. P. AU - Weinstein, E. G. AU - Bartel, D. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in Caenorhabditis elegans JO - Science VL - 294 UR - https://doi.org/10.1126/science.1065062 DO - 10.1126/science.1065062 ID - Lau2001 ER - TY - JOUR AU - Lagos-Quintana, M. AU - Rauhut, R. AU - Lendeckel, W. AU - Tuschl, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - Identification of novel genes coding for small expressed RNAs JO - Science VL - 294 UR - https://doi.org/10.1126/science.1064921 DO - 10.1126/science.1064921 ID - Lagos-Quintana2001 ER - TY - JOUR AU - Miranda-Rios, J. AU - Navarror, M. AU - Soberón, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - A conserved RNA structure (thi box) is involved in regulation of thiamin biosynthetic gene expression in bacteria JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.161168098 DO - 10.1073/pnas.161168098 ID - Miranda-Rios2001 ER - TY - JOUR AU - Szymanski, M. AU - Erdmann, V. A. AU - Barciszewska, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Noncoding regulatory RNAs database JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg124 DO - 10.1093/nar/gkg124 ID - Szymanski2003 ER - TY - JOUR AU - Weilbacher, T. AU - Suzuki, K. AU - Dubey, A. K. AU - Wang, X. AU - Gudapaty, S. AU - Morozov, I. AU - Baker, C. S. AU - Georgellis, D. AU - Babitzke, P. AU - Romeo, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - A novel sRNA component of the carbon storage regulatory system of Escherichia coli JO - Mol Microbiol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2003.03459.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2003.03459.x ID - Weilbacher2003 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Bateman, A. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Eddy, S. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Rfam: an RNA family database JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg006 DO - 10.1093/nar/gkg006 ID - Griffiths-Jones2003 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Moxon, S. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki081 DO - 10.1093/nar/gki081 ID - Griffiths-Jones2005 ER - TY - JOUR AU - Pang, K. C. AU - Stephen, S. AU - Engström, P. G. AU - Tajul-Arifin, K. AU - Chen, W. AU - Wahlestedt, C. AU - Lenhard, B. AU - Hayashizaki, Y. AU - Mattick, J. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - RNAdb — a comprehensive mammalian noncoding RNA database JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki089 DO - 10.1093/nar/gki089 ID - Pang2005 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Non-coding RNA genes and the modern RNA world JO - Nat Rev Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35103511 DO - 10.1038/35103511 ID - Eddy2001 ER - TY - JOUR AU - Rivas, E. AU - Eddy, S. R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Secondary structure alone is not statistically significant for the detection of noncoding RNAs JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.7.583 DO - 10.1093/bioinformatics/16.7.583 ID - Rivas2000 ER - TY - JOUR AU - Wassarman, K. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Small RNAs in bacteria: diverse regulators of gene expression in response to environmental changes. JO - Cell VL - 109 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(02)00717-1 DO - 10.1016/S0092-8674(02)00717-1 ID - Wassarman2002 ER - TY - JOUR AU - Allen, T. A. AU - Von Kaenel, S. AU - Goodrich, J. A. AU - Kugel, J. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - The SINE-encoded mouse B2 RNA represses mRNA transcription in response to heat shock JO - Nat Struct Mol Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb813 DO - 10.1038/nsmb813 ID - Allen2004 ER - TY - JOUR AU - Zhang, A. AU - Wassarman, K. M. AU - Ortega, J. AU - Steven, A. C. AU - Storz, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Sm-like Hfq protein increases OxyS RNA interaction with target mRNAs JO - Mol Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(01)00437-3 DO - 10.1016/S1097-2765(01)00437-3 ID - Zhang2002 ER - TY - JOUR AU - Hüttenhofer, A. AU - Kiefmann, M. AU - Meier-Ewert, S. AU - O'Brien, J. AU - Lehrach, H. AU - Bachellerie, J. P. AU - Brosius, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - RNomics: an experimental approach that identifies 201 candidates for novel, small, non-messenger RNAs in mouse JO - Embo J VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/20.11.2943 DO - 10.1093/emboj/20.11.2943 ID - Hüttenhofer2001 ER - TY - JOUR AU - Okazaki, Y. AU - Furuno, M. AU - Kasukawa, T. AU - Adachi, J. AU - Bono, H. AU - Kondo, S. AU - Nikaido, I. AU - Osato, N. AU - Saito, R. AU - Suzuki, H. AU - Yamanaka, I. AU - Kiyosawa, H. AU - Yagi, K. AU - Tomaru, Y. AU - Hasegawa, Y. AU - Nogami, A. AU - Schonbach, C. AU - Gojobori, T. AU - Baldarelli, R. AU - Hill, D. P. AU - Bult, C. AU - Hume, D. A. AU - Quackenbush, J. AU - Schriml, L. M. AU - Kanapin, A. AU - Matsuda, H. AU - Batalov, S. AU - Beisel, K. W. AU - Blake, J. A. AU - Bradt, D. AU - Brusic, V. AU - Chothia, C. AU - Corbani, L. E. AU - Cousins, S. AU - Dalla, E. AU - Dragani, T. A. AU - Fletcher, C. F. AU - Forrest, A. AU - Frazer, K. S. AU - Gaasterland, T. AU - Gariboldi, M. AU - Gissi, C. AU - Godzik, A. AU - Gough, J. AU - Grimmond, S. AU - Gustincich, S. AU - Hirokawa, N. AU - Jackson, I. J. AU - Jarvis, E. D. AU - Kanai, A. AU - Kawaji, H. AU - Kawasawa, Y. AU - Kedzierski, R. M. AU - King, B. L. AU - Konagaya, A. AU - Kurochkin, I. V. AU - Lee, Y. AU - Lenhard, B. AU - Lyons, P. A. AU - Maglott, D. R. AU - Maltais, L. AU - Marchionni, L. AU - McKenzie, L. AU - Miki, H. AU - Nagashima, T. AU - Numata, K. AU - Okido, T. AU - Pavan, W. J. AU - Pertea, G. AU - Pesole, G. AU - Petrovsky, N. AU - Pillai, R. AU - Pontius, J. U. AU - Qi, D. AU - Ramachandran, S. AU - Ravasi, T. AU - Reed, J. C. AU - Reed, D. J. AU - Reid, J. AU - Ring, B. Z. AU - Ringwald, M. AU - Sandelin, A. AU - Schneider, C. AU - Semple, C. A. AU - Setou, M. AU - Shimada, K. AU - Sultana, R. AU - Takenaka, Y. AU - Taylor, M. S. AU - Teasdale, R. D. AU - Tomita, M. AU - Verardo, R. AU - Wagner, L. AU - Wahlestedt, C. AU - Wang, Y. AU - Watanabe, Y. AU - Wells, C. AU - Wilming, L. G. AU - Wynshaw-Boris, A. AU - Yanagisawa, M. AU - Yang, I. AU - Yang, L. AU - Yuan, Z. AU - Zavolan, M. AU - Zhu, Y. AU - Zimmer, A. AU - Carninci, P. AU - Hayatsu, N. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Konno, H. AU - Nakamura, M. AU - Sakazume, N. AU - Sato, K. AU - Shiraki, T. AU - Waki, K. AU - Kawai, J. AU - Aizawa, K. AU - Arakawa, T. AU - Fukuda, S. AU - Hara, A. AU - Hashizume, W. AU - Imotani, K. AU - Ishii, Y. AU - Itoh, M. AU - Kagawa, I. AU - Miyazaki, A. AU - Sakai, K. AU - Sasaki, D. AU - Shibata, K. AU - Shinagawa, A. AU - Yasunishi, A. AU - Yoshino, M. AU - Waterston, R. AU - Lander, E. S. AU - Rogers, J. AU - Birney, E. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs JO - Nature VL - 420 UR - https://doi.org/10.1038/nature01266 DO - 10.1038/nature01266 ID - Okazaki2002 ER - TY - JOUR AU - Rivas, E. AU - Klein, R. J. AU - Jones, T. A. AU - Eddy, S. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Computational identification of noncoding RNAs in E. coli by comparative genomics JO - Curr Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(01)00401-8 DO - 10.1016/S0960-9822(01)00401-8 ID - Rivas2001 ER - TY - JOUR AU - McCutcheon, J. P. AU - Eddy, S. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Computational identification of non-coding RNAs in Saccharomyces cerevisiae by comparative genomics. JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg438 DO - 10.1093/nar/gkg438 ID - McCutcheon2003 ER - TY - JOUR AU - Axmann, I. M. AU - Kensche, P. AU - Vogel, J. AU - Kohl, S. AU - Herzel, H. AU - Hess, W. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of cyanobacterial non-coding RNAs by comparative genome analysis JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-9-r73 DO - 10.1186/gb-2005-6-9-r73 ID - Axmann2005 ER - TY - JOUR AU - Wassarman, K. M. AU - Repoila, F. AU - Rosenow, C. AU - Storz, G. AU - Gottesman, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Identification of novel small RNAs using comparative genomics and microarrays JO - Genes Dev VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gad.901001 DO - 10.1101/gad.901001 ID - Wassarman2001 ER - TY - JOUR AU - Argaman, L. AU - Herschberg, R. AU - Vogel, J. AU - Bejerano, G. AU - Wagner, E. G. AU - Margalit, H. AU - Altuva, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli JO - Curr Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(01)00270-6 DO - 10.1016/S0960-9822(01)00270-6 ID - Argaman2001 ER - TY - JOUR AU - Washietl, S. AU - Hofacker, I. L. AU - Lukasser, M. AU - Huttenhofer, A. AU - Stadler, P. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mapping of conserved RNA secondary structures predicts thousands of functional noncoding RNAs in the human genome JO - Nat Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1144 DO - 10.1038/nbt1144 ID - Washietl2005 ER - TY - JOUR AU - Blattner, F. R. AU - Plunkett, G. AU - Bloch, C. A. AU - Perna, N. T. AU - Burland, V. AU - Riley, M. AU - Collado-Vides, J. AU - Glasner, J. D. AU - Rode, C. K. AU - Mayhew, G. F. AU - Gregor, J. AU - Davis, N. W. AU - Kirkpatrick, H. A. AU - Goeden, M. A. AU - Rose, D. J. AU - Mau, B. AU - Shao, Y. PY - 1997 DA - 1997// TI - The complete genome sequence of Escherichia coli K-12 JO - Science VL - 277 UR - https://doi.org/10.1126/science.277.5331.1453 DO - 10.1126/science.277.5331.1453 ID - Blattner1997 ER - TY - JOUR AU - Parkhill, J. AU - Dougan, G. AU - James, K. D. AU - Thomson, N. R. AU - Pickard, D. AU - Wain, J. AU - Churcher, C. AU - Mungall, K. L. AU - Bentley, S. D. AU - Holden, M. T. AU - Sebaihia, M. AU - Baker, S. AU - Basham, D. AU - Brooks, K. AU - Chillingworth, T. AU - Connerton, P. AU - Cronin, A. AU - Davis, P. AU - Davies, R. M. AU - Dowd, L. AU - White, N. AU - Farrar, J. AU - Feltwell, T. AU - Hamlin, N. AU - Haque, A. AU - Hien, T. T. AU - Holroyd, S. AU - Jagels, K. AU - Krogh, A. AU - Larsen, T. S. AU - Leather, S. AU - Moule, S. AU - O'Gaora, P. AU - Parry, C. AU - Quail, M. AU - Rutherford, K. AU - Simmonds, M. AU - Skelton, J. AU - Stevens, K. AU - Whitehead, S. AU - Barrell, B. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18 JO - Nature VL - 413 UR - https://doi.org/10.1038/35101607 DO - 10.1038/35101607 ID - Parkhill2001 ER - TY - JOUR PY - 1998 DA - 1998// TI - Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology JO - Science VL - 282 UR - https://doi.org/10.1126/science.282.5396.2012 DO - 10.1126/science.282.5396.2012 ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Christie, K. R. AU - Weng, S. AU - Balakrishnan, R. AU - Costanzo, M. C. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Engel, S. R. AU - Feierbach, B. AU - Fisk, D. G. AU - Hirschman, J. E. AU - Hong, E. L. AU - Issel-Tarver, L. AU - Nash, R. AU - Sethuraman, A. AU - Starr, B. AU - Theesfeld, C. L. AU - Andrada, R. AU - Binkley, G. AU - Dong, Q. AU - Lane, C. AU - Schroeder, M. AU - Botstein, D. AU - Cherry, J. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Saccharomyces Genome Database (SGD) provides tools to identify and analyze sequences from Saccharomyces cerevisiae and related sequences from other organisms JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh033 DO - 10.1093/nar/gkh033 ID - Christie2004 ER - TY - JOUR AU - Celniker, S. E. AU - Rubin, G. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - The Drosophila melanogaster genome JO - Annu Rev Genomics Hum Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genom.4.070802.110323 DO - 10.1146/annurev.genom.4.070802.110323 ID - Celniker2003 ER - TY - JOUR PY - 2002 DA - 2002// TI - Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome JO - Nature VL - 420 UR - https://doi.org/10.1038/nature01262 DO - 10.1038/nature01262 ID - ref36 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - Finishing the euchromatic sequence of the human genome JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature03062 DO - 10.1038/nature03062 ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Le, S. V. AU - Chen, J. H. AU - Currey, K. M. AU - Maizel, J. V. J. PY - 1988 DA - 1988// TI - A program for predicting significant RNA secondary structures JO - Comput Appl Biosci VL - 4 ID - Le1988 ER - TY - JOUR AU - Le, S. Y. AU - Chen, J. H. AU - Maizel, J. V. PY - 1989 DA - 1989// TI - Thermodynamic stability and statistical significance of potential stem-loop structures situated at the frameshift sites of retroviruses JO - Nucleic Acids Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/nar/17.15.6143 DO - 10.1093/nar/17.15.6143 ID - Le1989 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. H. AU - Le, S. Y. AU - Shapiro, B. AU - Currey, K. M. AU - Maizel, J. V. PY - 1990 DA - 1990// TI - A computational procedure for assessing the significance of RNA secondary structure JO - Comput Appl Biosci VL - 6 ID - Chen1990 ER - TY - JOUR AU - Clote, P. AU - Ferre, F. AU - Kranakis, E. AU - Krizanc, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Structural RNA has lower folding energy than random RNA of the same dinucleotide frequency JO - RNA VL - 11 UR - https://doi.org/10.1261/rna.7220505 DO - 10.1261/rna.7220505 ID - Clote2005 ER - TY - JOUR AU - Workman, C. AU - Krogh, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - No evidence that mRNAs have lower folding free energies than random sequences with the same dinucleotide distribution JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.24.4816 DO - 10.1093/nar/27.24.4816 ID - Workman1999 ER - TY - JOUR AU - Washietl, S. AU - Hofacker, I. L. AU - Stadler, P. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fast and reliable prediction of noncoding RNAs JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409169102 DO - 10.1073/pnas.0409169102 ID - Washietl2005 ER - TY - JOUR AU - Washietl, S. AU - Hofacker, I. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Consensus folding of aligned sequences as a new measure for the detection of functional RNAs by comparative genomics JO - J Mol Biol VL - 342 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.07.018 DO - 10.1016/j.jmb.2004.07.018 ID - Washietl2004 ER - TY - JOUR AU - Mathews, D. H. AU - Turner, D. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Dynalign: an algorithm for finding the secondary structure common to two RNA sequences JO - J Mol Biol VL - 317 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2001.5351 DO - 10.1006/jmbi.2001.5351 ID - Mathews2002 ER - TY - JOUR AU - Mathews, D. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Predicting a set of minimal free energy RNA secondary structures common to two sequences JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti349 DO - 10.1093/bioinformatics/bti349 ID - Mathews2005 ER - TY - JOUR AU - Xia, T. AU - SantaLucia, J. J. AU - Burkard, M. E. AU - Kierzek, R. AU - Schroeder, S. J. AU - Jiao, X. AU - Cox, C. AU - Turner, D. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Thermodynamic parameters for an expanded nearest-neighbor model for formation of RNA duplexes with Watson-Crick pairs JO - Biochemistry VL - 37 UR - https://doi.org/10.1021/bi9809425 DO - 10.1021/bi9809425 ID - Xia1998 ER - TY - JOUR AU - Mathews, D. H. AU - Sabina, J. AU - Zuker, M. AU - Turner, D. H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters provides improved prediction of RNA secondary structure JO - J Mol Biol VL - 288 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.2700 DO - 10.1006/jmbi.1999.2700 ID - Mathews1999 ER - TY - JOUR AU - Mathews, D. H. AU - Disney, M. D. AU - Childs, J. L. AU - Schroeder, S. J. AU - Zuker, M. AU - Turner, D. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401799101 DO - 10.1073/pnas.0401799101 ID - Mathews2004 ER - TY - CHAP AU - Woese, C. R. AU - Pace, N. R. ED - Gesteland, R. F. ED - Atkins, J. F. PY - 1993 DA - 1993// TI - Probing RNA structure, function, and history by comparitive analysis. BT - The RNA World PB - New York CY - Cold Spring Harbor Press ID - Woese1993 ER - TY - JOUR AU - Dandekar, T. AU - Hentze, M. W. PY - 1995 DA - 1995// TI - Finding the hairpin in the haystack: searching for RNA motifs. JO - Trends Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)88996-9 DO - 10.1016/S0168-9525(00)88996-9 ID - Dandekar1995 ER - TY - JOUR AU - Lowe, T. M. AU - Eddy, S. R. PY - 1997 DA - 1997// TI - tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence JO - Nucl Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.5.0955 DO - 10.1093/nar/25.5.0955 ID - Lowe1997 ER - TY - JOUR AU - Lowe, T. M. AU - Eddy, S. R. PY - 1999 DA - 1999// TI - A computational screen for methylation guide snoRNAs in yeast JO - Science VL - 283 UR - https://doi.org/10.1126/science.283.5405.1168 DO - 10.1126/science.283.5405.1168 ID - Lowe1999 ER - TY - JOUR AU - Regalia, M. AU - Rosenblad, M. A. AU - Samuelsson, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Prediction of signal recognition particle RNA genes. JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkf468 DO - 10.1093/nar/gkf468 ID - Regalia2002 ER - TY - JOUR AU - Lim, L. P. AU - Lau, N. C. AU - Weinstein, E. G. AU - Abdelhakim, A. AU - Yekta, S. AU - Rhoades, M. W. AU - Burge, C. B. AU - Bartel, D. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - The microRNAs of Caenorhabditis elegans. JO - Genes Dev VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1074403 DO - 10.1101/gad.1074403 ID - Lim2003 ER - TY - JOUR AU - Edvardsson, S. AU - Gardner, P. P. AU - Poole, A. M. AU - Hendy, M. D. AU - Penny, D. AU - Moulton, V. PY - 2003 DA - 2003// TI - A search for H/ACA snoRNAs in yeast using MFE secondary structure prediction. JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg080 DO - 10.1093/bioinformatics/btg080 ID - Edvardsson2003 ER - TY - JOUR AU - Schattner, P. AU - Decatur, W. A. AU - Davis, C. A. AU - Ares, M. J. AU - Fournier, M. J. AU - Lowe, T. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome-wide searching for pseudouridylation guide snoRNAs: analysis of the Saccharomyces cerevisiae genome JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh768 DO - 10.1093/nar/gkh768 ID - Schattner2004 ER - TY - JOUR AU - Klein, R. J. AU - Eddy, S. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - RSEARCH: finding homologs of single structures RNA sequences JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-44 DO - 10.1186/1471-2105-4-44 ID - Klein2003 ER - TY - JOUR AU - Rivas, E. AU - Eddy, S. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Noncoding RNA gene detection using comparative sequence analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-2-8 DO - 10.1186/1471-2105-2-8 ID - Rivas2001 ER - TY - JOUR AU - Holmes, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Accelerated probabilistic inference of RNA structure evolution JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-73 DO - 10.1186/1471-2105-6-73 ID - Holmes2005 ER - TY - JOUR AU - Hofacker, I. L. AU - Bernhart, S. H. AU - Stadler, P. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Alignment of RNA base pairing probability matrices JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth229 DO - 10.1093/bioinformatics/bth229 ID - Hofacker2004 ER - TY - JOUR AU - Havgaard, J. K. AU - Lyngso, R. AU - Stormo, G. D. AU - Gorodkin, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40% JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti279 DO - 10.1093/bioinformatics/bti279 ID - Havgaard2005 ER - TY - JOUR AU - Zuker, M. PY - 1989 DA - 1989// TI - On finding all suboptimal foldings of an RNA molecule JO - Science VL - 244 UR - https://doi.org/10.1126/science.2468181 DO - 10.1126/science.2468181 ID - Zuker1989 ER - TY - STD TI - Mathews lab homepage[http://rna.urmc.rochester.edu] UR - http://rna.urmc.rochester.edu ID - ref64 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Erickson, B. W. PY - 1985 DA - 1985// TI - Significance of nucleotide sequence alignments: a method for random sequence permutation that preserves dinucleotide and codon usage JO - Mol Biol Evol VL - 2 ID - Altschul1985 ER - TY - JOUR AU - Gardner, P. P. AU - Wilm, A. AU - Washietl, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - A benchmark of multiple sequence alignment programs upon structural RNAs JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki541 DO - 10.1093/nar/gki541 ID - Gardner2005 ER - TY - CHAP AU - Boser, B. E. AU - Guyon, I. M. AU - Vapnik, V. N. PY - 1992 DA - 1992// TI - A training algorithm for optimal margin classifiers BT - Proceedings of the 5th Annual Workshop on Computational Learning Theory ID - Boser1992 ER - TY - JOUR AU - Cortes, C. AU - Vapnik, V. PY - 1995 DA - 1995// TI - Support-vector network. JO - Machine Learning VL - 20 ID - Cortes1995 ER - TY - STD TI - Chang CC, Lin CJ: LIBSVM: a library for support vector machines.[http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm] UR - http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm ID - ref69 ER - TY - STD TI - Gish W: WU BLAST 2.0.[http://blast.wustl.edu] UR - http://blast.wustl.edu ID - ref70 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12 DO - 10.1186/gb-2004-5-2-r12 ID - Kurtz2004 ER - TY - JOUR AU - Holmes, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Using evolutionary Expectation Maximization to estimate indel rates JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti177 DO - 10.1093/bioinformatics/bti177 ID - Holmes2005 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, S. AU - Kent, W. J. AU - Smit, A. AU - Zhang, Z. AU - Baertsch, R. AU - Hardison, R. C. AU - Haussler, D. AU - Miller, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human-mouse alignments with BLASTZ JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.809403 DO - 10.1101/gr.809403 ID - Schwartz2003 ER - TY - JOUR AU - Gorodkin, J. AU - Heyer, L. J. AU - Stormo, G. D. PY - 1997 DA - 1997// TI - Finding the most significant common sequence and structure in a set of RNA sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.18.3724 DO - 10.1093/nar/25.18.3724 ID - Gorodkin1997 ER - TY - JOUR AU - Rice, P. AU - Longden, I. AU - Bleasby, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02024-2 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 ID - Rice2000 ER - TY - JOUR AU - Szymanski, M. AU - Barciszewska, M. Z. AU - Barciszewski, J. AU - Erdmann, V. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - 5S ribosomal RNA database Y2K JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.166 DO - 10.1093/nar/28.1.166 ID - Szymanski2000 ER - TY - JOUR AU - Sprinzl, M. AU - Horn, C. AU - Brown, M. AU - Ioudovitch, A. AU - Steinberg, S. PY - 1998 DA - 1998// TI - Compilation of tRNA sequences and sequences of tRNA genes JO - Nucl Acids Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/nar/26.1.148 DO - 10.1093/nar/26.1.148 ID - Sprinzl1998 ER - TY - STD TI - Clote P: Clote computational biology lab.[http://clavius.bc.edu/~clotelab/] UR - http://clavius.bc.edu/~clotelab/ ID - ref78 ER - TY - STD TI - NCBI Entrez Genome Project database: NCBI Entrez Genome Project database.[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/rnatab.cgi?gi=115&db=Genome] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/rnatab.cgi?gi=115&db=Genome ID - ref79 ER - TY - STD TI - The Wellcome Trust Sanger Institute S. typhi database: The Wellcome Trust Sanger Institute S. typhi database.[http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_typhi/] UR - http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_typhi/ ID - ref80 ER - TY - JOUR AU - Cannone, J. J. AU - Subramanian, S. AU - Schnare, M. N. AU - Collett, J. R. AU - D'Souza, L. M. AU - Du, Y. AU - Feng, B. AU - Lin, N. AU - Madabusi, L. V. AU - Muller, K. M. AU - Pande, N. AU - Shang, Z. AU - Yu, N. AU - Gutell, R. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The comparative RNA web (CRW) site: An online database of comparative sequence and structure information for ribosomal, intron, and other RNAs JO - BMC Bioinformatics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-3-2 DO - 10.1186/1471-2105-3-2 ID - Cannone2002 ER - TY - JOUR AU - Michel, F. AU - Umesono, K. AU - Ozeki, H. PY - 1989 DA - 1989// TI - Comparative and functional anatomy of group II catalytic introns - a review JO - Gene VL - 82 UR - https://doi.org/10.1016/0378-1119(89)90026-7 DO - 10.1016/0378-1119(89)90026-7 ID - Michel1989 ER - TY - JOUR AU - Brown, J. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - The ribonuclease P database JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.314 DO - 10.1093/nar/27.1.314 ID - Brown1999 ER - TY - JOUR AU - Larsen, N. AU - Samuelsson, T. AU - Zwieb, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - The signal recognition particle database (SRPDB) JO - Nucleic Acids Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/nar/26.1.177 DO - 10.1093/nar/26.1.177 ID - Larsen1998 ER - TY - JOUR AU - Mathews, D. H. AU - Banerjee, A. R. AU - Luan, D. D. AU - Eickbush, T. H. AU - Turner, D. H. PY - 1997 DA - 1997// TI - Secondary structure model of the RNA recognized by the reverse transcriptase from the R2 retrotransposable element JO - RNA VL - 3 ID - Mathews1997 ER - TY - JOUR AU - Ruschak, A. M. AU - Mathews, D. H. AU - Bibillo, A. AU - Spinelli, S. L. AU - Childs, J. L. AU - Eickbush, T. H. AU - Turner, D. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Secondary structure models of the 3' untranslated regions of diverse R2 RNAs JO - RNA VL - 10 UR - https://doi.org/10.1261/rna.5216204 DO - 10.1261/rna.5216204 ID - Ruschak2004 ER -