TY - JOUR AU - Facciotti, M. T. AU - Bonneau, R. AU - Hood, L. AU - Baliga, N. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Systems Biology Experimental Design - Considerations for Building Predictive Gene Regulatory Network Models for Prokaryotic Systems JO - Current Genomics VL - 5 UR - https://doi.org/10.2174/1389202043348850 DO - 10.2174/1389202043348850 ID - Facciotti2004 ER - TY - JOUR AU - Eckart, J. D. AU - Sobral, B. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - A life scientist's gateway to distributed data management and computing: the PathPort/ToolBus framework JO - Omics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/153623103322006661 DO - 10.1089/153623103322006661 ID - Eckart2003 ER - TY - JOUR AU - Oinn, T. AU - Addis, M. AU - Ferris, J. AU - Marvin, D. AU - Senger, M. AU - Greenwood, M. AU - Carver, T. AU - Glover, K. AU - Pocock, M. R. AU - Wipat, A. AU - Li, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Taverna: a tool for the composition and enactment of bioinformatics workflows JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth361 DO - 10.1093/bioinformatics/bth361 ID - Oinn2004 ER - TY - JOUR AU - Covitz, P. A. AU - Hartel, F. AU - Schaefer, C. AU - De Coronado, S. AU - Fragoso, G. AU - Sahni, H. AU - Gustafson, S. AU - Buetow, K. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - caCORE: a common infrastructure for cancer informatics JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg335 DO - 10.1093/bioinformatics/btg335 ID - Covitz2003 ER - TY - STD TI - Gaggle: [http://gaggle.systemsbiology.org/]. ID - ref5 ER - TY - CHAP AU - Taylor, J. R. PY - 2002 DA - 2002// BT - Cognitive Grammar PB - Oxford CY - Oxford University Press ID - Taylor2002 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - The KEGG database JO - Novartis Found Symp VL - 247 UR - https://doi.org/10.1002/0470857897.ch8 DO - 10.1002/0470857897.ch8 ID - Kanehisa2002 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Hucka, M. AU - Finney, A. AU - Sauro, H. M. AU - Bolouri, H. AU - Doyle, J. C. AU - Kitano, H. AU - Arkin, A. P. AU - Bornstein, B. J. AU - Bray, D. AU - Cornish-Bowden, A. AU - Cuellar, A. A. AU - Dronov, S. AU - Gilles, E. D. AU - Ginkel, M. AU - Gor, V. AU - Goryanin, I. I. AU - Hedley, W. J. AU - Hodgman, T. C. AU - Hofmeyr, J. H. AU - Hunter, P. J. AU - Juty, N. S. AU - Kasberger, J. L. AU - Kremling, A. AU - Kummer, U. AU - Le Novere, N. AU - Loew, L. M. AU - Lucio, D. AU - Mendes, P. AU - Minch, E. AU - Mjolsness, E. D. AU - Nakayama, Y. AU - Nelson, M. R. AU - Nielsen, P. F. AU - Sakurada, T. AU - Schaff, J. C. AU - Shapiro, B. E. AU - Shimizu, T. S. AU - Spence, H. D. AU - Stelling, J. AU - Takahashi, K. AU - Tomita, M. AU - Wagner, J. AU - Wang, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg015 DO - 10.1093/bioinformatics/btg015 ID - Hucka2003 ER - TY - JOUR AU - Wilkinson, M. D. AU - Links, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - BioMOBY: an open source biological web services proposal JO - Brief Bioinform VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/bib/3.4.331 DO - 10.1093/bib/3.4.331 ID - Wilkinson2002 ER - TY - STD TI - BioPAX: [http://www.biopax.org]. ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Saeed, A. I. AU - Sharov, V. AU - White, J. AU - Li, J. AU - Liang, W. AU - Bhagabati, N. AU - Braisted, J. AU - Klapa, M. AU - Currier, T. AU - Thiagarajan, M. AU - Sturn, A. AU - Snuffin, M. AU - Rezantsev, A. AU - Popov, D. AU - Ryltsov, A. AU - Kostukovich, E. AU - Borisovsky, I. AU - Liu, Z. AU - Vinsavich, A. AU - Trush, V. AU - Quackenbush, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - TM4: a free, open-source system for microarray data management and analysis JO - Biotechniques VL - 34 ID - Saeed2003 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - von Mering, C. AU - Jensen, L. J. AU - Snel, B. AU - Hooper, S. D. AU - Krupp, M. AU - Foglierini, M. AU - Jouffre, N. AU - Huynen, M. A. AU - Bork, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - STRING: known and predicted protein-protein associations, integrated and transferred across organisms JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki005 DO - 10.1093/nar/gki005 ID - von Mering2005 ER - TY - JOUR AU - Krummenacker, M. AU - Paley, S. AU - Mueller, L. AU - Yan, T. AU - Karp, P. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Querying and computing with BioCyc databases JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti546 DO - 10.1093/bioinformatics/bti546 ID - Krummenacker2005 ER - TY - STD TI - JavaWebstart: [http://java.sun.com/products/javawebstart/]. ID - ref16 ER - TY - STD TI - R_Statistical_package: [http://www.r-project.org]. ID - ref17 ER - TY - STD TI - RoSuDA: [http://www.rosuda.org/JGR]. ID - ref18 ER - TY - STD TI - JNI: [http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/guide/jni/]. ID - ref19 ER - TY - STD TI - Jython: [http://www.jython.org/]. ID - ref20 ER - TY - STD TI - SOAP: [http://www.w3.org/TR/soap/]. ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Parnas, D. L. PY - 1972 DA - 1972// TI - On the Criteria To Be Used in Decomposing Systems into Modules JO - Communications of the ACM VL - 15 UR - https://doi.org/10.1145/361598.361623 DO - 10.1145/361598.361623 ID - Parnas1972 ER - TY - STD TI - Stanford_microarray_database: [http://genome-www5.stanford.edu/]. ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Bowers, P. M. AU - Pellegrini, M. AU - Thompson, M. J. AU - Fierro, J. AU - Yeates, T. O. AU - Eisenberg, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Prolinks: a database of protein functional linkages derived from coevolution JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-5-r35 DO - 10.1186/gb-2004-5-5-r35 ID - Bowers2004 ER - TY - JOUR AU - Rain, J. C. AU - Selig, L. AU - De Reuse, H. AU - Battaglia, V. AU - Reverdy, C. AU - Simon, S. AU - Lenzen, G. AU - Petel, F. AU - Wojcik, J. AU - Schachter, V. AU - Chemama, Y. AU - Labigne, A. AU - Legrain, P. PY - 2001 DA - 2001// TI - The protein-protein interaction map of Helicobacter pylori JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35051615 DO - 10.1038/35051615 ID - Rain2001 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. AU - Paley, S. PY - 1996 DA - 1996// TI - Integrated access to metabolic and genomic data JO - J Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.1996.3.191 DO - 10.1089/cmb.1996.3.191 ID - Karp1996 ER - TY - JOUR AU - Ball, C. A. AU - Awad, I. A. AU - Demeter, J. AU - Gollub, J. AU - Hebert, J. M. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Jin, H. AU - Matese, J. C. AU - Nitzberg, M. AU - Wymore, F. AU - Zachariah, Z. K. AU - Brown, P. O. AU - Sherlock, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Stanford Microarray Database accommodates additional microarray platforms and data formats JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki006 DO - 10.1093/nar/gki006 ID - Ball2005 ER - TY - JOUR AU - Costa, K. AU - Bacher, G. AU - Allmaier, G. AU - Dominguez-Bello, M. G. AU - Engstrand, L. AU - Falk, P. AU - de Pedro, M. A. AU - Garcia-del Portillo, F. PY - 1999 DA - 1999// TI - The Morphological Transition of Helicobacter pylori Cells from Spiral to Coccoid Is Preceded by a Substantial Modification of the Cell Wall JO - J Bacteriol VL - 181 ID - Costa1999 ER - TY - JOUR AU - Moran, A. P. PY - 1996 DA - 1996// TI - The role of lipopolysaccharide in Helicobacter pylori pathogenesis JO - Aliment Pharmacol Ther VL - 10 Suppl 1 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2036.1996.22164004.x DO - 10.1046/j.1365-2036.1996.22164004.x ID - Moran1996 ER - TY - JOUR AU - Kostrzynska, M. AU - Betts, J. D. AU - Austin, J. W. AU - Trust, T. J. PY - 1991 DA - 1991// TI - Identification, characterization, and spatial localization of two flagellin species in Helicobacter pylori flagella JO - J Bacteriol VL - 173 ID - Kostrzynska1991 ER - TY - JOUR AU - Suerbaum, S. AU - Michetti, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Helicobacter pylori infection JO - N Engl J Med VL - 347 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra020542 DO - 10.1056/NEJMra020542 ID - Suerbaum2002 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. D. AU - Cha, J. AU - Lo, J. AU - Falkow, S. AU - Tompkins, L. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Altered states: involvement of phosphorylated CagA in the induction of host cellular growth changes by Helicobacter pylori JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.25.14559 DO - 10.1073/pnas.96.25.14559 ID - Segal1999 ER - TY - JOUR AU - Josenhans, C. AU - Labigne, A. AU - Suerbaum, S. PY - 1995 DA - 1995// TI - Comparative ultrastructural and functional studies of Helicobacter pylori and Helicobacter mustelae flagellin mutants: both flagellin subunits, FlaA and FlaB, are necessary for full motility in Helicobacter species JO - J Bacteriol VL - 177 ID - Josenhans1995 ER - TY - JOUR AU - Eaton, K. A. AU - Suerbaum, S. AU - Josenhans, C. AU - Krakowka, S. PY - 1996 DA - 1996// TI - Colonization of gnotobiotic piglets by Helicobacter pylori deficient in two flagellin genes JO - Infect Immun VL - 64 ID - Eaton1996 ER - TY - JOUR AU - Chivian, D. AU - Kim, D. E. AU - Malmstrom, L. AU - Bradley, P. AU - Robertson, T. AU - Murphy, P. AU - Strauss, C. E. AU - Bonneau, R. AU - Rohl, C. A. AU - Baker, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Automated prediction of CASP-5 structures using the Robetta server JO - Proteins VL - 53 Suppl 6 UR - https://doi.org/10.1002/prot.10529 DO - 10.1002/prot.10529 ID - Chivian2003 ER -