Table 4 Transformed ODEs for scaffold with on controlling domain. Transformed model equations for a scaffold protein with one controlling domain. The levels of occupancy (z1 to z3) are only influenced by the states z4 and z5 but not by z6 and z7.
ż0 = 0    (54a) |
|---|
ż1 = k1 (z0 - z1) E1 - k-1z1    (54b) |
ż2 = k2 (z0 - z1 - z2 + z4) E2 - k-2 (z2 - z4) + k3 (z1 - z4) E2 - k-3z4    (54c) |
ż3 = k4 (z0 - z1 - z3 + z5) E3 - k-4 (z3 - z5) + k5 (z1 - z5) E3 - k-5z5    (54d) |
ż4 = k1E1 (z2 - z4) - k-1z4 + k3E2 (z1 - z4) - k-3z4    (54e) |
ż5 = k1E1 (z3 - z5) - k-1z5 + k5E3 (z1 - z5) - k-5z5    (54f) |
ż 6 = k2 (z3 - z5 - z6 + z7) E2 - k-2 (z6 - z7) + k4 (z2 - z4 - z6 + z7) E3 - k-4 (z6 - z7) + k3 (z5 - z7) E2 + k5 (z4 - z7) E3 - (k-3 + k-5) z7    (54g) |
ż7 = k1 (z6 - z7) E1 - k-1z7 + k3 (z5 - z7) E3 - k-3z7 + k5 (z4 - z7) - k-5z7    (54h) |