From: Evaluating different methods of microarray data normalization
Percentage of DEG | Sinusoid | Banana | Mixed | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Method | 25% Quantile | Median | 75% Quantile | 25% Quantile | Median | 75% Quantile | 25% Quantile | Median | 75% Quantile | |
5% | Loess | 0.00038 | 0.00039 | 0.00040 | 0.00029 | 0.00029 | 0.00029 | 0.04806 | 0.04816 | 0.04825 |
Splines | 0.00035 | 0.00036 | 0.00037 | 0.00027 | 0.00028 | 0.00028 | 0.04828 | 0.04839 | 0.04848 | |
Wavelets | 0.00033 | 0.00034 | 0.00035 | 0.00127 | 0.00128 | 0.00128 | 0.04816 | 0.04827 | 0.04835 | |
Kernel | 0.03781 | 0.03782 | 0.03783 | 0.14368 | 0.14404 | 0.14416 | 0.19869 | 0.19888 | 0.20098 | |
SVR | 0.00031 | 0.00032 | 0.00033 | 0.00016 | 0.00016 | 0.00017 | 0.04729 | 0.04733 | 0.04738 | |
10% | Loess | 0.00047 | 0.00048 | 0.00050 | 0.00038 | 0.00038 | 0.00039 | 0.04631 | 0.04646 | 0.04661 |
Splines | 0.00044 | 0.00045 | 0.00047 | 0.00037 | 0.00038 | 0.00039 | 0.04649 | 0.04663 | 0.04678 | |
Wavelets | 0.00042 | 0.00043 | 0.00045 | 0.00117 | 0.00118 | 0.00118 | 0.04637 | 0.04651 | 0.04666 | |
Kernel | 0.03780 | 0.03781 | 0.03783 | 0.15535 | 0.15574 | 0.15602 | 0.19177 | 0.19337 | 0.19596 | |
SVR | 0.00040 | 0.00041 | 0.00043 | 0.00031 | 0.00032 | 0.00033 | 0.04543 | 0.04548 | 0.04556 | |
15% | Loess | 0.00055 | 0.00057 | 0.00059 | 0.00037 | 0.00038 | 0.00040 | 0.05157 | 0.05177 | 0.05194 |
Splines | 0.00053 | 0.00055 | 0.00057 | 0.00036 | 0.00036 | 0.00038 | 0.05180 | 0.05199 | 0.05215 | |
Wavelets | 0.00050 | 0.00053 | 0.00054 | 0.00085 | 0.00087 | 0.00088 | 0.05165 | 0.05184 | 0.05199 | |
Kernel | 0.03779 | 0.03781 | 0.03784 | 0.16922 | 0.16965 | 0.17000 | 0.18852 | 0.18989 | 0.19142 | |
SVR | 0.00048 | 0.00050 | 0.00052 | 0.00033 | 0.00034 | 0.00035 | 0.05057 | 0.05069 | 0.05078 | |
20% | Loess | 0.00064 | 0.00066 | 0.00068 | 0.00042 | 0.00043 | 0.00044 | 0.04780 | 0.04797 | 0.04819 |
Splines | 0.00061 | 0.00063 | 0.00066 | 0.00040 | 0.00042 | 0.00043 | 0.04799 | 0.04818 | 0.04837 | |
Wavelets | 0.00059 | 0.00061 | 0.00064 | 0.00138 | 0.00140 | 0.00142 | 0.04786 | 0.04807 | 0.04825 | |
Kernel | 0.03778 | 0.03781 | 0.03785 | 0.14796 | 0.14841 | 0.14864 | 0.18435 | 0.18606 | 0.18721 | |
SVR | 0.00056 | 0.00058 | 0.00060 | 0.00035 | 0.00036 | 0.00037 | 0.04630 | 0.04638 | 0.04647 | |
40% | Loess | 0.00098 | 0.00102 | 0.00104 | 0.00057 | 0.00061 | 0.00065 | 0.07937 | 0.07985 | 0.08031 |
Splines | 0.00096 | 0.00099 | 0.00103 | 0.00060 | 0.00064 | 0.00069 | 0.07965 | 0.08014 | 0.08059 | |
Wavelets | 0.00095 | 0.00098 | 0.00101 | 0.00178 | 0.00182 | 0.00187 | 0.07954 | 0.08003 | 0.08047 | |
Kernel | 0.03771 | 0.03780 | 0.03786 | 0.14208 | 0.14235 | 0.14271 | 0.20321 | 0.20363 | 0.20426 | |
SVR | 0.00088 | 0.00091 | 0.00094 | 0.00047 | 0.00048 | 0.00049 | 0.06863 | 0.06901 | 0.06943 |