Table 3 The mean square errors of estimated gene expression levels for simulated cDNA microarray data with differentially expressed genes inserted under the medium expression levels condition.

Method

25% Quantile

Median

75% Quantile

25% Quantile

Median

75% Quantile

25% Quantile

Median

75% Quantile

5%

Loess

0.00356

0.00373

0.00389

0.00379

0.00392

0.00407

0.05214

0.05234

0.05259

Splines

0.00354

0.00370

0.00387

0.00379

0.00393

0.00407

0.05237

0.05258

0.05283

Wavelets

0.00351

0.00368

0.00384

0.00438

0.00450

0.00466

0.05227

0.05247

0.05272

Kernel

0.03799

0.03816

0.03838

0.17380

0.17441

0.17487

0.18858

0.18882

0.18904

SVR

0.00337

0.00353

0.00369

0.00357

0.00368

0.00382

0.05034

0.05049

0.05067

10%

Loess

0.00709

0.00723

0.00743

0.00758

0.00780

0.00799

0.05483

0.05506

0.05532

Splines

0.00707

0.00721

0.00741

0.00763

0.00787

0.00805

0.05507

0.05532

0.05556

Wavelets

0.00705

0.00718

0.00739

0.00858

0.00881

0.00898

0.05497

0.05522

0.05547

Kernel

0.03837

0.03857

0.03886

0.15366

0.15461

0.15523

0.18801

0.18830

0.18867

SVR

0.00672

0.00688

0.00707

0.00709

0.00731

0.00750

0.05150

0.05164

0.05183

15%

Loess

0.01041

0.01061

0.01094

0.01108

0.01136

0.01165

0.05964

0.05985

0.06012

Splines

0.01039

0.01060

0.01091

0.01109

0.01136

0.01165

0.05990

0.06013

0.06039

Wavelets

0.01038

0.01058

0.01089

0.01251

0.01276

0.01310

0.05978

0.06003

0.06029

Kernel

0.03867

0.03897

0.03927

0.12923

0.13026

0.13111

0.19337

0.19367

0.19414

SVR

0.00986

0.01006

0.01032

0.01027

0.01056

0.01081

0.05499

0.05526

0.05550

20%

Loess

0.01393

0.01418

0.01444

0.01487

0.01519

0.01542

0.06362

0.06398

0.06432

Splines

0.01393

0.01415

0.01442

0.01486

0.01518

0.01542

0.06390

0.06425

0.06460

Wavelets

0.01390

0.01414

0.01440

0.01631

0.01666

0.01689

0.06375

0.06410

0.06445

Kernel

0.03915

0.03957

0.04004

0.12265

0.12366

0.12464

0.19808

0.19858

0.19909

SVR

0.01310

0.01334

0.01365

0.01365

0.01399

0.01416

0.05809

0.05835

0.05858

40%

Loess

0.02772

0.02813

0.02862

0.02969

0.03004

0.03043

0.07856

0.07910

0.07975

Splines

0.02774

0.02814

0.02861

0.02966

0.03002

0.03038

0.07884

0.07937

0.08002

Wavelets

0.02771

0.02811

0.02859

0.03012

0.03049

0.03092

0.07873

0.07926

0.07995

Kernel

0.04195

0.04261

0.04316

0.15640

0.15816

0.16012

0.20368

0.20443

0.20518

SVR

0.02545

0.02581

0.02614

0.02656

0.02685

0.02724

0.06786

0.06830

0.06862