TY - JOUR AU - Breitling, R. AU - Sharif, O. AU - Hartman, M. L. AU - Krisans, S. K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Loss of compartmentalization causes misregulation of lysine biosynthesis in peroxisome-deficient yeast cells JO - Eukaryot Cell VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/EC.1.6.978-986.2002 DO - 10.1128/EC.1.6.978-986.2002 ID - Breitling2002 ER - TY - JOUR AU - Choi, J. K. AU - Yu, U. AU - Kim, S. AU - Yoo, O. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Combining multiple microarray studies and modeling interstudy variation JO - Bioinformatics(Suppl) VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg1010 DO - 10.1093/bioinformatics/btg1010 ID - Choi2003 ER - TY - JOUR AU - Detours, V. AU - Dumont, J. E. AU - Bersini, H. AU - Maenhaut, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Integration and cross-validation of high-throughput gene expression data: Comparing heterogeneous data sets JO - FEBS Letters VL - 546 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(03)00522-2 DO - 10.1016/S0014-5793(03)00522-2 ID - Detours2003 ER - TY - JOUR AU - Lee, P. D. AU - Sladek, R. AU - Greenwood, C. M. AU - Hudson, T. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Control genes and variability: Absence of ubiquitous reference transcripts in diverse mammalian expression studies JO - Genome Research VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.217802 DO - 10.1101/gr.217802 ID - Lee2002 ER - TY - JOUR AU - Ramaswamy, S. AU - Ross, K. N. AU - Lander, E. S. AU - Golub, T. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - A molecular signature of metastasis in primary solid tumors JO - Nat Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1060 DO - 10.1038/ng1060 ID - Ramaswamy2003 ER - TY - JOUR AU - Rhodes, D. R. AU - Barrette, T. R. AU - Rubin, M. A. AU - Ghosh, D. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Meta-analysis of microarrays: Interstudy validation of gene expression profiles reveals pathway dysregulation in prostate cancer JO - Cancer Res VL - 62 ID - Rhodes2002 ER - TY - JOUR AU - Sorlie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Parker, J. AU - Hastie, T. AU - Marron, J. S. AU - Nobel, A. AU - Deng, S. AU - Johnsen, H. AU - Pesich, R. AU - Geisler, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Repeated observation of breast tumor subtypes in independent gene expression data sets JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0932692100 DO - 10.1073/pnas.0932692100 ID - Sorlie2004 ER - TY - JOUR AU - Choi, J. K. AU - Choi, J. Y. AU - Kim, D. G. AU - Choi, D. W. AU - Kim, B. Y. AU - Lee, K. H. AU - Yeom, Y. I. AU - Yoo, H. S. AU - Yoo, O. J. AU - Kim, S. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Integrative analysis of multiple gene expression profiles applied to liver cancer study JO - FEBS Letters VL - 565 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2004.03.081 DO - 10.1016/j.febslet.2004.03.081 ID - Choi2004 ER - TY - JOUR AU - Kuo, W. P. AU - Jenssen, T. K. AU - Butte, A. J. AU - Lucila, O. M. AU - Kohane, I. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analysis of matched mRNA measurements from two different microarray technologies JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.3.405 DO - 10.1093/bioinformatics/18.3.405 ID - Kuo2002 ER - TY - JOUR AU - Kim, K. Y. AU - Chung, H. C. AU - Jeung, H. C. AU - Shin, J. H. AU - Kim, T. S. AU - Rha, S. Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Significant gene selection using integrated microarray data set with batch effect JO - Genomics & Informatics VL - 4 ID - Kim2006 ER - TY - JOUR AU - Alter, O. AU - Patrick, O. B. AU - David, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Singular value decomposition for genome-wide expression data processing and modelling JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.97.18.10101 DO - 10.1073/pnas.97.18.10101 ID - Alter2000 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, T. O. AU - West, R. B. AU - Linn, S. C. AU - Alter, O. AU - Knowling, M. A. AU - O'Connell, J. AU - Zhu, S. AU - Fero, M. AU - Sherlock, G. AU - Pollack, J. R. AU - Patrick, O. B. AU - Botstein, D. AU - Rijn, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Molecular characterisation of soft tissue tumours: a gene expression study JO - Lancet VL - 359 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(02)08270-3 DO - 10.1016/S0140-6736(02)08270-3 ID - Nielsen2002 ER - TY - JOUR AU - Benito, M. AU - Parker, J. AU - Du, Q. AU - Wu, J. AU - Xiang, D. AU - Perou, C. M. AU - Marron, J. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Adjustment of systematic microarray data biases JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg385 DO - 10.1093/bioinformatics/btg385 ID - Benito2004 ER - TY - JOUR AU - Jiang, H. AU - Deng, Y. AU - Chen, H. S. AU - Tao, L. AU - Sha, Q. AU - Chen, J. AU - Tsai, C. J. AU - Zhang, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Joint analysis of two microarray gene-expression data sets to select lung adenocarcinoma marker genes JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-81 DO - 10.1186/1471-2105-5-81 ID - Jiang2004 ER - TY - JOUR AU - Park, T. S. AU - Yi, S. G. AU - Shin, Y. K. AU - Lee, S. Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Combining multiple microarrays in the presence of controlling variables JO - Bioinformatics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl183 DO - 10.1093/bioinformatics/btl183 ID - Park2006 ER - TY - JOUR AU - Kemp, Z. AU - Carvajal-Carmona, L. AU - Spain, S. AU - Barclay, E. AU - Gorman, M. AU - Martin, L. AU - Jaeger, E. AU - Brooks, N. AU - Bishop, D. T. AU - Thomas, H. AU - Tomlinson, I. AU - Papaemmanuil, E. AU - Webb, E. AU - Sellick, G. S. AU - Wood, W. AU - Evans, G. AU - Lucassen, A. AU - Maher, E. R. AU - Houlston, R. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evidence for a colorectal cancer usceptibility locus on chromosome 3q21-q24 from a high-density SNP genome-wide linkage scan JO - Human Molecular Genetics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddl231 DO - 10.1093/hmg/ddl231 ID - Kemp2006 ER - TY - JOUR AU - Andersen, L. C. AU - Wiuf, C. AU - Kruhøffer, M. AU - Korsgaard, M. AU - Laurberg, S. AU - Ørntoft, T. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Frequent occurrence of uniparental disomy in colorectal cancer JO - Carcinogenesis VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/carcin/bgl086 DO - 10.1093/carcin/bgl086 ID - Andersen2007 ER - TY - JOUR AU - Colebatch, A. AU - Hitchins, M. AU - Williams, M. AU - Meagher, A. AU - Hawkins, N. J. AU - Ward, R. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - The role of MYH and microsatellite instability in the development of sporadic colorectal cancer JO - British Journal of Cancer VL - 95 UR - https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6603421 DO - 10.1038/sj.bjc.6603421 ID - Colebatch2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, T. M. AU - Jeong, H. J. AU - Seo, M. Y. AU - Kim, S. C. AU - Cho, G. AU - Park, C. H. AU - Kim, T. S. AU - Park, K. H. AU - Chung, H. C. AU - Rha, S. Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Determination of Genes Related to Gastrointestinal Tract Origin Cancer Cells Using a cDNA Microarray JO - Clinical Cancer Research VL - 11 ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Feldman, A. J. AU - Costouros, N. G. AU - Wang, E. AU - Qian, M. AU - Marincola, F. M. AU - Alexander, H. R. AU - Libutti, S. K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Advantages of mRNA amplification for microarray analysis JO - Biotechniques VL - 33 ID - Feldman2002 ER - TY - JOUR AU - Schneider, J. AU - Buneß, A. AU - Huber, A. AU - Volz, J. AU - Kioschis, P. AU - Hafner, M. AU - Poustka, A. AU - Sültmann, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Systematic analysis of T7 RNA polymerase based in vitro linear RNA amplification for use in microarray experiments JO - BMC Genomics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-5-29 DO - 10.1186/1471-2164-5-29 ID - Schneider2004 ER - TY - STD TI - R: A language and environment for statistical computing. [http://www.R-project.org] UR - http://www.R-project.org ID - ref22 ER - TY - CHAP AU - Breiman, L. PY - 2001 DA - 2001// BT - Random Forests PB - Statistics Department, University of California CY - Berkeley ID - Breiman2001 ER -