Table 5 Descriptor sets ranked and grouped by MCC (Matthews correlation coefficient), before and after removal of homologous sequences at 90% and 70% identity, respectively.
From: Efficacy of different protein descriptors in predicting protein functional families
Protein family | % HRS* | Prediction performance | |
|---|---|---|---|
| Â | Â | Exceptional > 0.85 | Good = 0.85 |
EC2.4 | NR | D10 > D8> D9 > D3 | D5 > D4 = D6 > D2 > D1 > D7 |
| Â | 90% | D10 | D8 > D3 = D9 > D5 > D2 = D4 > D6 > D7 > D1 |
| Â | 70% | Â | D10 > D8 > D3 = D9 > D5 > D2 > D4 > D6 > D7 > D1 |
GPCR | NR | D8 > D10 > D1 = D2 = D3 = D4 = D6 = D9 > D5 > D7 | Â |
| Â | 90% | D8 = D10 > D2 = D9 > D3 = D4 = D6 > D1 > D5 > D7 | Â |
| Â | 70% | D10 > D8 = D9 > D2 > D6 > D1 = D3 = D4 > D5 | D7 |
TC8.A | NR | Â | D8 = D10 > D6 > D7 > D2 = D3 = D9 > D4 = D5 > D1 |
| Â | 90% | Â | D8 = D10 > D6 > D7 > D2 = D3 = D4 = D5 = D9 > D1 |
| Â | 70% | Â | D8 = D10 > D6 > D2 = D7 = D9 > D3 > D4 = D5 > D1 |
Chlorophyll | NR | D8 = D10 > D4 > D3 = D9 | D5 > D2 > D6 > D7 > D1 |
| Â | 90% | D8 = D10 > D3 = D4 | D9 > D5 > D2 > D6 > D1 > D7 |
| Â | 70% | Â | D8 = D10 > D3 = D4 > D9 > D5 > D2 > D6 > D1 > D7 |
Lipid synthesis | NR | D10 > D6 | D7 > D2 = D3 = D9 > D4 = D8 > D5 > D1 |
| Â | 90% | D6 = D10 | D3 = D7 > D4 = D9 > D5 = D8 > D2 > D1 |
| Â | 70% | Â | D10 > D3 = D6 = D7 > D2 = D4 = D9 > D5 = D8 > D1 |
rRNA binding | NR | D10 > D8 = D9 > D2 = D3 = D6 > D1 > D7> D4 = D5 | Â |
| Â | 90% | D6 = D10 > D8 > D2 = D9 > D1 = D3 > D5 > D4> D7 | Â |
| Â | 70% | D6 = D10> D8 > D9 > D2 > D3 = D5 > D1 > D4 > D7 | Â |