TY - JOUR AU - Ma'ayan, A. AU - Blitzer, R. D. AU - Iyengar, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - TOWARD PREDICTIVE MODELS OF MAMMALIAN CELLS JO - Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure VL - 34 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.34.040204.144415 DO - 10.1146/annurev.biophys.34.040204.144415 ID - Ma'ayan2005 ER - TY - JOUR AU - Fields, S. AU - Song, O. -. k. PY - 1989 DA - 1989// JO - A novel genetic system to detect proteinÂ-protein interactions VL - 340 ID - Fields1989 ER - TY - JOUR AU - Ito, T. AU - Chiba, T. AU - Ozawa, R. AU - Yoshida, M. AU - Hattori, M. AU - Sakaki, Y. PY - 2001 DA - 2001// TI - A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome JO - PNAS VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.061034498 DO - 10.1073/pnas.061034498 ID - Ito2001 ER - TY - JOUR AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Exploring the new world of the genome with DNA microarrays JO - Nat Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/4462 DO - 10.1038/4462 ID - Brown1999 ER - TY - JOUR AU - Duggan, D. J. AU - Bittner, M. AU - Chen, Y. AU - Meltzer, P. AU - Trent, J. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Expression profiling using cDNA microarrays JO - Nat Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/4434 DO - 10.1038/4434 ID - Duggan1999 ER - TY - JOUR AU - Link, A. J. AU - Eng, J. AU - Schieltz, D. M. AU - Carmack, E. AU - Mize, G. J. AU - Morris, D. R. AU - Garvik, B. M. AU - Yates, J. R. PY - 1999 DA - 1999// JO - Direct analysis of protein complexes using mass spectrometry VL - 17 ID - Link1999 ER - TY - JOUR AU - Nikitin, A. AU - Egorov, S. AU - Daraselia, N. AU - Mazo, I. PY - 2003 DA - 2003// TI - Pathway studio – the analysis and navigation of molecular networks JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg290 DO - 10.1093/bioinformatics/btg290 ID - Nikitin2003 ER - TY - JOUR AU - Marcotte, E. M. AU - Xenarios, I. AU - Eisenberg, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mining literature for protein-protein interactions JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.4.359 DO - 10.1093/bioinformatics/17.4.359 ID - Marcotte2001 ER - TY - JOUR AU - Barabsi, A. -. L. AU - Albert, R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Emergence of Scaling in Random Networks JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5439.509 DO - 10.1126/science.286.5439.509 ID - Barabsi1999 ER - TY - JOUR AU - Watts, D. J. AU - Strogatz, S. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Collective dynamics of 'small-world' networks JO - Nature VL - 393 UR - https://doi.org/10.1038/30918 DO - 10.1038/30918 ID - Watts1998 ER - TY - JOUR AU - Milo, R. AU - Shen-Orr, S. AU - Itzkovitz, S. AU - Kashtan, N. AU - Chklovskii, D. AU - Alon, U. PY - 2002 DA - 2002// TI - Network Motifs: Simple Building Blocks of Complex Networks JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.298.5594.824 DO - 10.1126/science.298.5594.824 ID - Milo2002 ER - TY - JOUR AU - Przulj, N. AU - Corneil, D. G. AU - Jurisica, I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Efficient estimation of graphlet frequency distributions in protein-protein interaction networks JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl030 DO - 10.1093/bioinformatics/btl030 ID - Przulj2006 ER - TY - JOUR AU - Albert, I. AU - Albert, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Conserved network motifs allow protein-protein interaction prediction JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth402 DO - 10.1093/bioinformatics/bth402 ID - Albert2004 ER - TY - JOUR AU - Yu, H. AU - Paccanaro, A. AU - Trifonov, V. AU - Gerstein, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Predicting interactions in protein networks by completing defective cliques JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl014 DO - 10.1093/bioinformatics/btl014 ID - Yu2006 ER - TY - JOUR AU - Eungdamrong, N. J. AU - Iyengar, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Computational approaches for modeling regulatory cellular networks JO - Trends in Cell Biology VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.tcb.2004.10.007 DO - 10.1016/j.tcb.2004.10.007 ID - Eungdamrong2004 ER - TY - JOUR AU - Ulitsky, I. AU - Shamir, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of functional modules using network topology and high-throughput data JO - BMC Systems Biology VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-1-8 DO - 10.1186/1752-0509-1-8 ID - Ulitsky2007 ER - TY - JOUR AU - Bader, G. D. AU - Betel, D. AU - Hogue, C. W. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - BIND: the Biomolecular Interaction Network Database JO - Nucl Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg056 DO - 10.1093/nar/gkg056 ID - Bader2003 ER - TY - JOUR AU - Mishra, G. R. AU - Suresh, M. AU - Kumaran, K. AU - Kannabiran, N. AU - Suresh, S. AU - Bala, P. AU - Shivakumar, K. AU - Anuradha, N. AU - Reddy, R. AU - Raghavan, T. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Human protein reference database – 2006 update JO - Nucl Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj141 DO - 10.1093/nar/gkj141 ID - Mishra2006 ER - TY - JOUR AU - Hermjakob, H. AU - Montecchi-Palazzi, L. AU - Bader, G. AU - Wojcik, J. AU - Salwinski, L. AU - Ceol, A. AU - Moore, S. AU - Orchard, S. AU - Sarkans, U. AU - von Mering, C. PY - 2004 DA - 2004// JO - The HUPO PSI's Molecular Interaction format[mdash]a community standard for the representation of protein interaction data VL - 22 ID - Hermjakob2004 ER - TY - JOUR AU - Xenarios, I. AU - Rice, D. W. AU - Salwinski, L. AU - Baron, M. K. AU - Marcotte, E. M. AU - Eisenberg, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - DIP: the Database of Interacting Proteins JO - Nucl Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.289 DO - 10.1093/nar/28.1.289 ID - Xenarios2000 ER - TY - JOUR AU - Zanzoni, A. AU - Montecchi-Palazzi, L. AU - Quondam, M. AU - Ausiello, G. AU - Helmer-Citterich, M. AU - Cesareni, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - MINT: a Molecular INTeraction database JO - FEBS Letters Protein Domains VL - 513 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(01)03293-8 DO - 10.1016/S0014-5793(01)03293-8 ID - Zanzoni2002 ER - TY - JOUR AU - Rual, J. -. F. AU - Venkatesan, K. AU - Hao, T. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Dricot, A. AU - Li, N. AU - Berriz, G. F. AU - Gibbons, F. D. AU - Dreze, M. AU - Ayivi-Guedehoussou, N. PY - 2005 DA - 2005// JO - Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network VL - 437 ID - Rual2005 ER - TY - JOUR AU - Stelzl, U. AU - Worm, U. AU - Lalowski, M. AU - Haenig, C. AU - Brembeck, F. H. AU - Goehler, H. AU - Stroedicke, M. AU - Zenkner, M. AU - Schoenherr, A. AU - Koeppen, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - A Human Protein-Protein Interaction Network: A Resource for Annotating the Proteome JO - Cell VL - 122 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.08.029 DO - 10.1016/j.cell.2005.08.029 ID - Stelzl2005 ER - TY - JOUR AU - Ma'ayan, A. AU - Jenkins, S. L. AU - Neves, S. AU - Hasseldine, A. AU - Grace, E. AU - Dubin-Thaler, B. AU - Eungdamrong, N. J. AU - Weng, G. AU - Ram, P. T. AU - Rice, J. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Formation of Regulatory Patterns During Signal Propagation in a Mammalian Cellular Network JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1108876 DO - 10.1126/science.1108876 ID - Ma'ayan2005 ER - TY - JOUR AU - Beuming, T. AU - Skrabanek, L. AU - Niv, M. Y. AU - Mukherjee, P. AU - Weinstein, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - PDZBase: a protein-protein interaction database for PDZ-domains JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti098 DO - 10.1093/bioinformatics/bti098 ID - Beuming2005 ER - TY - JOUR AU - Grant, S. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Systems biology in neuroscience: bridging genes to cognition JO - Current Opinion in Neurobiology VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.conb.2003.09.016 DO - 10.1016/j.conb.2003.09.016 ID - Grant2003 ER - TY - JOUR AU - Brown, K. R. AU - Jurisica, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Online Predicted Human Interaction Database JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti273 DO - 10.1093/bioinformatics/bti273 ID - Brown2005 ER - TY - JOUR AU - Han, K. AU - Park, B. AU - Kim, H. AU - Hong, J. AU - Park, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - HPID: The Human Protein Interaction Database JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth253 DO - 10.1093/bioinformatics/bth253 ID - Han2004 ER - TY - JOUR AU - Xia, K. AU - Dong, D. AU - Han, J. -. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - IntNetDB v1.0: an integrated protein-protein interaction network database generated by a probabilistic model JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-508 DO - 10.1186/1471-2105-7-508 ID - Xia2006 ER - TY - JOUR AU - Huang, T. -. W. AU - Tien, A. -. C. AU - Huang, W. -. S. AU - Lee, Y. -. C. G. AU - Peng, C. -. L. AU - Tseng, H. -. H. AU - Kao, C. -. Y. AU - Huang, C. -. Y. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - POINT: a database for the prediction of protein-protein interactions based on the orthologous interactome JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth366 DO - 10.1093/bioinformatics/bth366 ID - Huang2004 ER - TY - JOUR AU - Boeckmann, B. AU - Bairoch, A. AU - Apweiler, R. AU - Blatter, M. -. C. AU - Estreicher, A. AU - Gasteiger, E. AU - Martin, M. J. AU - Michoud, K. AU - O'Donovan, C. AU - Phan, I. PY - 2003 DA - 2003// TI - The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003 JO - Nucl Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg095 DO - 10.1093/nar/gkg095 ID - Boeckmann2003 ER - TY - JOUR AU - Benson, D. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Lipman, D. J. AU - Ostell, J. AU - Wheeler, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - GenBank JO - Nucl Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj157 DO - 10.1093/nar/gkj157 ID - Benson2006 ER - TY - JOUR AU - von Mering, C. AU - Krause, R. AU - Snel, B. AU - Cornell, M. AU - Oliver, S. G. AU - Fields, S. AU - Bork, P. PY - 2002 DA - 2002// JO - Comparative assessment of large-scale data sets of protein-protein interactions VL - 417 ID - von Mering2002 ER - TY - CHAP AU - Boser, B. E. AU - Guyon, I. M. AU - Vapnik, V. N. PY - 1992 DA - 1992// TI - A training algorithm for optimal margin classifiers BT - Pittsburgh ID - Boser1992 ER - TY - CHAP AU - Berger, S. I. AU - Iyengar, R. AU - Ma'ayan, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - AVIS: AJAX Viewer of Interactive Signaling Networks BT - Bioinformatics ID - Berger2007 ER - TY - CHAP AU - Rosner, B. PY - 2000 DA - 2000// BT - Fundamentals of biostatistics PB - Duxbury CY - Pacific Grove, CA ID - Rosner2000 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Maere, S. AU - Heymans, K. AU - Kuiper, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - BiNGO: a Cytoscape plugin to assess overrepresentation of Gene Ontology categories in Biological Networks JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti551 DO - 10.1093/bioinformatics/bti551 ID - Maere2005 ER - TY - JOUR AU - Cerami, E. G. AU - Bader, G. D. AU - Gross, B. AU - Sander, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - cPath: open source software for collecting, storing, and querying biological pathways JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-497 DO - 10.1186/1471-2105-7-497 ID - Cerami2006 ER - TY - JOUR AU - Aragues, R. AU - Jaeggi, D. AU - Oliva, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - PIANA: protein interactions and network analysis JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl072 DO - 10.1093/bioinformatics/btl072 ID - Aragues2006 ER - TY - JOUR AU - Iragne, F. AU - Nikolski, M. AU - Mathieu, B. AU - Auber, D. AU - Sherman, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - ProViz: protein interaction visualization and exploration JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth494 DO - 10.1093/bioinformatics/bth494 ID - Iragne2005 ER - TY - JOUR AU - Dogrusoz, U. AU - Erson, E. Z. AU - Giral, E. AU - Demir, E. AU - Babur, O. AU - Cetintas, A. AU - Colak, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - PATIKAweb: a Web interface for analyzing biological pathways through advanced querying and visualization JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti776 DO - 10.1093/bioinformatics/bti776 ID - Dogrusoz2006 ER -