TY - JOUR AU - Bussemaker, H. J. AU - Li, H. AU - Siggia, E. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulatory element detection using correlation with expression JO - Nat Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/84792 DO - 10.1038/84792 ID - Bussemaker2001 ER - TY - JOUR AU - Conlon, E. M. AU - Liu, X. S. AU - Lieb, J. D. AU - Liu, J. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Integrating regulatory motif discovery and genome-wide expression analysis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0630591100 DO - 10.1073/pnas.0630591100 ID - Conlon2003 ER - TY - JOUR AU - Harbison, C. T. AU - Gordon, D. B. AU - Lee, T. I. AU - Rinaldi, N. J. AU - Macisaac, K. D. AU - Danford, T. W. AU - Hannett, N. M. AU - Tagne, J. B. AU - Reynolds, D. B. AU - Yoo, J. AU - Jennings, E. G. AU - Zeitlinger, J. AU - Pokholok, D. K. AU - Kellis, M. AU - Rolfe, P. AU - Takusagawa, K. T. AU - Lander, E. S. AU - Gifford, D. K. AU - Fraenkel, E. AU - Young, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transcriptional regulatory code of a eukaryotic genome JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02800 DO - 10.1038/nature02800 ID - Harbison2004 ER - TY - JOUR AU - Liao, J. C. AU - Boscolo, R. AU - Yang, Y. L. AU - Tran, L. M. AU - Sabatti, C. AU - Roychowdhury, V. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Network component analysis: reconstruction of regulatory signals in biological systems JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.2136632100 DO - 10.1073/pnas.2136632100 ID - Liao2003 ER - TY - JOUR AU - Alter, O. AU - Golub, G. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Integrative analysis of genome-scale data by using pseudoinverse projection predicts novel correlation between DNA replication and RNA transcription JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0406767101 DO - 10.1073/pnas.0406767101 ID - Alter2004 ER - TY - JOUR AU - Gao, F. AU - Foat, B. C. AU - Bussemaker, H. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Defining transcriptional networks through integrative modeling of mRNA expression and transcription factor binding data JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-31 DO - 10.1186/1471-2105-5-31 ID - Gao2004 ER - TY - JOUR AU - Boulesteix, A. L. AU - Strimmer, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Predicting transcription factor activities from combined analysis of microarray and ChIP data: a partial least squares approach JO - Theor Biol Med Model VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4682-2-23 DO - 10.1186/1742-4682-2-23 ID - Boulesteix2005 ER - TY - JOUR AU - Tsai, H. K. AU - Lu, H. H. AU - Li, W. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Statistical methods for identifying yeast cell cycle transcription factors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0505874102 DO - 10.1073/pnas.0505874102 ID - Tsai2005 ER - TY - JOUR AU - Hughes, T. R. AU - Marton, M. J. AU - Jones, A. R. AU - Roberts, C. J. AU - Stoughton, R. AU - Armour, C. D. AU - Bennett, H. A. AU - Coffey, E. AU - Dai, H. AU - He, Y. D. AU - Kidd, M. J. AU - King, A. M. AU - Meyer, M. R. AU - Slade, D. AU - Lum, P. Y. AU - Stepaniants, S. B. AU - Shoemaker, D. D. AU - Gachotte, D. AU - Chakraburtty, K. AU - Simon, J. AU - Bard, M. AU - Friend, S. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Functional discovery via a compendium of expression profiles JO - Cell VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00015-5 DO - 10.1016/S0092-8674(00)00015-5 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Mnaimneh, S. AU - Davierwala, A. P. AU - Haynes, J. AU - Moffat, J. AU - Peng, W. T. AU - Zhang, W. AU - Yang, X. AU - Pootoolal, J. AU - Chua, G. AU - Lopez, A. AU - Trochesset, M. AU - Morse, D. AU - Krogan, N. J. AU - Hiley, S. L. AU - Li, Z. AU - Morris, Q. AU - Grigull, J. AU - Mitsakakis, N. AU - Roberts, C. J. AU - Greenblatt, J. F. AU - Boone, C. AU - Kaiser, C. A. AU - Andrews, B. J. AU - Hughes, T. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Exploration of essential gene functions via titratable promoter alleles JO - Cell VL - 118 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.06.013 DO - 10.1016/j.cell.2004.06.013 ID - Mnaimneh2004 ER - TY - JOUR AU - Gasch, A. AU - Spellman, P. AU - Kao, C. AU - Carmel-Harel, O. AU - Eisen, M. B. AU - Storz, G. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genomic expression programs in the response of yeast cells to environmental changes JO - Mol Biol Cell VL - 11 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.11.12.4241 DO - 10.1091/mbc.11.12.4241 ID - Gasch2000 ER - TY - JOUR AU - Chua, G. AU - Morris, Q. D. AU - Sopko, R. AU - Robinson, M. D. AU - Ryan, O. AU - Chan, E. T. AU - Frey, B. J. AU - Andrews, B. J. AU - Boone, C. AU - Hughes, T. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identifying transcription factor functions and targets by phenotypic activation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0605140103 DO - 10.1073/pnas.0605140103 ID - Chua2006 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Killion, P. AU - Iyer, V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genetic reconstruction of a functional transcriptional regulatory network JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2012 DO - 10.1038/ng2012 ID - Hu2007 ER - TY - JOUR AU - Spector, M. S. AU - Raff, A. AU - DeSilva, H. AU - Lee, K. AU - Osley, M. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Hir1p and Hir2p function as transcriptional corepressors to regulate histone gene transcription in the Saccharomyces cerevisiae cell cycle JO - Mol Cell Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.17.2.545 DO - 10.1128/MCB.17.2.545 ID - Spector1997 ER - TY - JOUR AU - Bean, J. M. AU - Siggia, E. D. AU - Cross, F. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - High functional overlap between MluI cell-cycle box binding factor and Swi4/6 cell-cycle box binding factor in the G1/S transcriptional program in Saccharomyces cerevisiae JO - Genetics VL - 171 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.105.044560 DO - 10.1534/genetics.105.044560 ID - Bean2005 ER - TY - JOUR AU - Wu, X. AU - Rossettini, A. AU - Hanes, S. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - The ESS1 prolyl isomerase and its suppressor BYE1 interact with RNA pol II to inhibit transcription elongation in Saccharomyces cerevisiae JO - Genetics VL - 165 ID - Wu2003 ER - TY - JOUR AU - Soussi-Boudekou, S. AU - Vissers, S. AU - Urrestarazu, A. AU - Jauniaux, J. C. AU - Andre, B. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gzf3p, a fourth GATA factor involved in nitrogen-regulated transcription in Saccharomyces cerevisiae JO - Mol Microbiol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1997.3021665.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1997.3021665.x ID - Soussi-Boudekou1997 ER - TY - JOUR AU - Deckert, J. AU - Perini, R. AU - Balasubramanian, B. AU - Zitomer, R. S. PY - 1995 DA - 1995// TI - Multiple elements and auto-repression regulate Rox1, a repressor of hypoxic genes in Saccharomyces cerevisiae JO - Genetics VL - 139 ID - Deckert1995 ER - TY - JOUR AU - Rouillon, A. AU - Barbey, R. AU - Patton, E. AU - Tyers, M. AU - Thomas, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Feedback-regulated degradation of the transcriptional activator Met4 is triggered by the SCF(Met30)complex JO - EMBO J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/19.2.282 DO - 10.1093/emboj/19.2.282 ID - Rouillon2000 ER - TY - JOUR AU - Kaiser, P. AU - Flick, K. AU - Wittenberg, C. AU - Reed, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Regulation of transcription by ubiquitination without proteolysis: Cdc34/SCF(Met30)-mediated inactivation of the transcription factor Met4 JO - Cell VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00036-2 DO - 10.1016/S0092-8674(00)00036-2 ID - Kaiser2000 ER - TY - JOUR AU - Fabrizio, P. AU - Pletcher, S. D. AU - Minois, N. AU - Vaupel, J. W. AU - Longo, V. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Chronological aging-independent replicative life span regulation by Msn2/Msn4 and Sod2 in Saccharomyces cerevisiae JO - FEBS Lett VL - 557 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(03)01462-5 DO - 10.1016/S0014-5793(03)01462-5 ID - Fabrizio2004 ER - TY - JOUR AU - Fabrizio, P. AU - Pozza, F. AU - Pletcher, S. AU - Gendron, C. M. AU - Longo, V. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulation of longevity and stress resistance by Sch9 in yeast JO - Science VL - 292 UR - https://doi.org/10.1126/science.1059497 DO - 10.1126/science.1059497 ID - Fabrizio2001 ER - TY - JOUR AU - Hughes, J. D. AU - Estep, P. W. AU - Tavazoie, S. AU - Church, G. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Computational identification of cis-regulatory elements associated with groups of functionally related genes in Saccharomyces cerevisiae JO - J Mol Biol VL - 296 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.3519 DO - 10.1006/jmbi.2000.3519 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Beer, M. A. AU - Tavazoie, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Predicting gene expression from sequence JO - Cell VL - 117 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(04)00304-6 DO - 10.1016/S0092-8674(04)00304-6 ID - Beer2004 ER - TY - JOUR AU - Roosen, J. AU - Engelen, K. AU - Marchal, K. AU - Mathys, J. AU - Griffioen, G. AU - Cameroni, E. AU - Thevelein, J. M. AU - De Virgilio, C. AU - De Moor, B. AU - Winderickx, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - PKA and Sch9 control a molecular switch important for the proper adaptation to nutrient availability JO - Mol Microbiol VL - 55 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2004.04429.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2004.04429.x ID - Roosen2005 ER - TY - JOUR AU - Gorner, W. AU - Durchschlag, E. AU - Martinez-Pastor, M. T. AU - Estruch, F. AU - Ammerer, G. AU - amilton, B. AU - Ruis, H. AU - Schuller, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - Nuclear localization of the C2H2 zinc finger protein Msn2p is regulated by stress and protein kinase A activity JO - Genes Dev VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gad.12.4.586 DO - 10.1101/gad.12.4.586 ID - Gorner1998 ER - TY - JOUR AU - Pedruzzi, I. AU - Burckert, N. AU - Egger, P. AU - De Virgilio, C. PY - 2000 DA - 2000// TI - Saccharomyces cerevisiae Ras/cAMP pathway controls post-diauxic shift element-dependent transcription through the zinc finger protein Gis1 JO - EMBO J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/19.11.2569 DO - 10.1093/emboj/19.11.2569 ID - Pedruzzi2000 ER - TY - JOUR AU - Pedruzzi, I. AU - Dubouloz, F. AU - Cameroni, E. AU - Wanke, V. AU - Roosen, J. AU - Winderickx, J. AU - De Virgilio, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - TOR and PKA signaling pathways converge on the protein kinase Rim15 to control entry into G0 JO - Mol Cell VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(03)00485-4 DO - 10.1016/S1097-2765(03)00485-4 ID - Pedruzzi2003 ER - TY - JOUR AU - Cheng, C. AU - Fabrizio, P. AU - Ge, H. AU - Longo, V. AU - Li, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Inference of transcription modification in long-lived yeast strains from their expression profiles JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-219 DO - 10.1186/1471-2164-8-219 ID - Cheng2007 ER - TY - JOUR AU - Bhattacharjee, A. AU - Richards, W. G. AU - Staunton, J. AU - Li, C. AU - Monti, S. AU - Vasa, P. AU - Ladd, C. AU - Beheshti, J. AU - Bueno, R. AU - Gillette, M. AU - Loda, M. AU - Weber, G. AU - Mark, E. J. AU - Lander, E. S. AU - Wong, W. AU - Johnson, B. E. AU - Golub, T. R. AU - Sugarbaker, D. J. AU - Meyerson, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Classification of human lung carcinomas by mRNA expression profiling reveals distinct adenocarcinoma subclasses JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.191502998 DO - 10.1073/pnas.191502998 ID - Bhattacharjee2001 ER - TY - JOUR AU - Kel, A. E. AU - Gossling, E. AU - Reuter, I. AU - Cheremushkin, E. AU - Kel-Margoulis, O. V. AU - Liebich, I. AU - Meinhardt, T. AU - Reuter, I. AU - Schacherer, F. AU - Wingender, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - MATCH: A tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg585 DO - 10.1093/nar/gkg585 ID - Kel2003 ER - TY - JOUR AU - Heinemeyer, T. AU - Chen, X. AU - Karas, H. AU - Kel, A. E. AU - Kel, O. V. AU - Liebich, I. AU - Meinhardt, T. AU - Reuter, I. AU - Schacherer, F. AU - Wingender, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Expanding the TRANSFAC database towards an expert system of regulatory molecular mechanisms JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.318 DO - 10.1093/nar/27.1.318 ID - Heinemeyer1999 ER - TY - JOUR AU - Muller, H. AU - Helin, K. PY - 2000 DA - 2000// TI - The E2F transcription factors: key regulators of cell proliferation JO - Biochim Biophys Acta VL - 1470 ID - Muller2000 ER - TY - JOUR AU - DeGregori, J. AU - Johnson, D. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Distinct and Overlapping Roles for E2F Family Members in Transcription, Proliferation and Apoptosis JO - Curr Mol Med VL - 6 ID - DeGregori2006 ER - TY - JOUR AU - Macleod, K. PY - 1999 DA - 1999// TI - pRb and E2f-1 in mouse development and tumorigenesis JO - Curr Opin Genet Dev VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-437X(99)80005-7 DO - 10.1016/S0959-437X(99)80005-7 ID - Macleod1999 ER - TY - JOUR AU - Nevins, J. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - The Rb/E2F pathway and cancer JO - Hum Mol Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/10.7.699 DO - 10.1093/hmg/10.7.699 ID - Nevins2001 ER - TY - JOUR AU - Fingerman, I. M. AU - Briggs, S. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - p53-mediated transcriptional activation: from test tube to cell JO - Cell VL - 117 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.05.021 DO - 10.1016/j.cell.2004.05.021 ID - Fingerman2004 ER - TY - JOUR AU - Levine, A. J. AU - Momand, J. AU - Finlay, C. A. PY - 1991 DA - 1991// TI - The p53 tumour suppressor gene JO - Nature VL - 351 UR - https://doi.org/10.1038/351453a0 DO - 10.1038/351453a0 ID - Levine1991 ER - TY - JOUR AU - Hollstein, M. AU - Sidransky, D. AU - Vogelstein, B. AU - Harris, C. C. PY - 1991 DA - 1991// TI - p53 mutations in human cancers JO - Science VL - 253 UR - https://doi.org/10.1126/science.1905840 DO - 10.1126/science.1905840 ID - Hollstein1991 ER - TY - JOUR AU - Li, Q. AU - Verma, I. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - NF-kappaB regulation in the immune system JO - Nat Rev Immunol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nri910 DO - 10.1038/nri910 ID - Li2002 ER - TY - JOUR AU - Gilmore, T. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Introduction to NF-kappaB: players, pathways, perspectives JO - Oncogene VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1209954 DO - 10.1038/sj.onc.1209954 ID - Gilmore2006 ER - TY - JOUR AU - Sanceau, J. AU - Boyd, D. D. AU - Seiki, M. AU - Bauvois, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Interferons inhibit tumor necrosis factor-alpha-mediated matrix metalloproteinase-9 activation via interferon regulatory factor-1 binding competition with NF-kappa B JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M202959200 DO - 10.1074/jbc.M202959200 ID - Sanceau2002 ER - TY - JOUR AU - Namiki, S. AU - Nakamura, T. AU - Oshima, S. AU - Yamazaki, M. AU - Sekine, Y. AU - Tsuchiya, K. AU - Okamoto, R. AU - Kanai, T. AU - Watanabe, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - IRF-1 mediates upregulation of LMP7 by IFN-gamma and concerted expression of immunosubunits of the proteasome JO - FEBS Lett VL - 579 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2005.04.012 DO - 10.1016/j.febslet.2005.04.012 ID - Namiki2005 ER - TY - JOUR AU - Bouker, K. B. AU - Skaar, T. C. AU - Riggins, R. AU - Harburger, D. S. AU - Fernandez, D. R. AU - Zwart, A. AU - Wang, A. AU - Clarke, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Interferon regulatory factor-1 (IRF-1) exhibits tumor suppressor activities in breast cancer associated with caspase activation and induction of apoptosis JO - Carcinogenesis VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/carcin/bgi113 DO - 10.1093/carcin/bgi113 ID - Bouker2005 ER - TY - JOUR AU - Rayet, B. AU - Gelinas, C. PY - 1999 DA - 1999// TI - Aberrant rel/nfkb genes and activity in human cancer JO - Oncogene VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1203221 DO - 10.1038/sj.onc.1203221 ID - Rayet1999 ER - TY - JOUR AU - Preisler, H. D. AU - Perambakam, S. AU - Li, B. AU - Hsu, W. T. AU - Venugopal, P. AU - Creech, S. AU - Sivaraman, S. AU - Tanaka, N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Alterations in IRF1/IRF2 expression in acute myelogenous leukemia JO - Am J Hematol VL - 68 UR - https://doi.org/10.1002/ajh.1144 DO - 10.1002/ajh.1144 ID - Preisler2001 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Storey, J. D. AU - Tibshirani, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Statistical significance for genomewide studies JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1530509100 DO - 10.1073/pnas.1530509100 ID - Storey2003 ER -