Predicting and improving the protein sequence alignment quality by support vector regression

Lee, Minho; Jeong, Chan-seok; Kim, Dongsup

doi:10.1186/1471-2105-8-471

BMC Bioinformatics

Table 4 Alignment performances on CASP 7 using MMM, ESyPred3D, and Adaptive method. The highest value for each pair is bolded. P-values are calculated by Wilcoxon signed rank test.

From: Predicting and improving the protein sequence alignment quality by support vector regression

		MaxSub			Mammoth Z-score			TM-score			GDT_TS
Target	Template	MMM	ESyPred3D	Adaptive Method	MMM	ESyPred3D	Adaptive Method	MMM	ESyPred3D	Adaptive Method	MMM	ESyPred3D	Adaptive Method
T0283	1pq1a_	0.000	0.000	0.212	2.30	1.18	4.69	0.234	0.216	0.315	0.210	0.208	0.301
T0288	1r6ja_	0.743	0.668	0.756	12.42	12.81	12.56	0.775	0.720	0.767	0.769	0.712	0.769
T0289	1boub_	0.000	0.000	0.000	1.36	1.13	0.48	0.186	0.160	0.179	0.073	0.070	0.075
T0291	1rdqe_	0.515	0.483	0.484	28.76	28.03	27.82	0.735	0.691	0.700	0.568	0.542	0.538
T0292	1rdqe_	0.565	0.579	0.556	27.90	28.48	29.66	0.768	0.786	0.774	0.617	0.639	0.631
T0293	1jg1a_	0.221	0.000	0.240	12.65	11.89	12.20	0.405	0.175	0.385	0.290	0.082	0.300
T0295	1jg1a_	0.000	0.212	0.288	0.23	8.82	11.94	0.171	0.252	0.367	0.093	0.208	0.299
T0296	1p1xa_	0.048	0.000	0.055	2.40	3.68	5.78	0.216	0.175	0.194	0.077	0.068	0.091
T0297	1k7ca_	0.199	0.216	0.466	17.17	18.46	16.71	0.421	0.425	0.596	0.289	0.299	0.493
T0299	1p5fa_	0.000	0.000	0.000	0.09	0.36	0.40	0.192	0.159	0.170	0.132	0.107	0.113
T0300	1rh5b_	0.256	0.000	0.234	3.83	2.19	4.32	0.276	0.239	0.249	0.346	0.258	0.289
T0302	1orja_	0.000	0.000	0.149	1.72	1.92	1.72	0.257	0.224	0.265	0.210	0.189	0.239
T0303	1o08a_	0.520	0.517	0.425	25.55	25.54	25.48	0.743	0.718	0.666	0.607	0.588	0.554
T0304	1j3wa_	0.192	0.000	0.000	0.51	1.91	2.79	0.301	0.140	0.200	0.280	0.126	0.220
T0305	1lyva_	0.440	0.410	0.451	26.72	22.98	26.97	0.705	0.568	0.668	0.532	0.444	0.522
T0308	1f4pa_	0.181	0.000	0.156	8.29	1.92	8.78	0.396	0.139	0.348	0.289	0.094	0.247
T0310	1us6a_	0.000	0.000	0.000	1.03	0.79	2.83	0.085	0.055	0.060	0.049	0.041	0.032
T0315	1i0da_	0.388	0.296	0.457	25.66	18.39	26.55	0.667	0.582	0.720	0.476	0.394	0.541
T0316	1kqpa_	0.140	0.115	0.169	10.72	15.53	13.13	0.316	0.227	0.277	0.170	0.146	0.190
T0317	1byi__	0.174	0.000	0.169	0.85	8.44	6.16	0.314	0.246	0.269	0.237	0.169	0.212
T0318	1rtqa_	0.048	0.098	0.097	6.47	5.48	16.72	0.191	0.256	0.251	0.070	0.117	0.130
T0321	1jbea_	0.000	0.000	0.000	2.77	1.82	1.81	0.166	0.155	0.146	0.090	0.081	0.090
T0322	1vh5a_	0.614	0.596	0.603	16.48	16.95	17.75	0.707	0.673	0.698	0.622	0.599	0.629
T0323	1c20a_	0.000	0.000	0.000	1.01	0.58	1.62	0.173	0.118	0.114	0.103	0.080	0.083
T0324	1o08a_	0.562	0.562	0.582	25.93	24.76	24.84	0.748	0.760	0.750	0.604	0.626	0.629
T0325	1i0da_	0.101	0.000	0.103	13.96	4.04	5.39	0.322	0.221	0.395	0.183	0.120	0.217
T0326	1p5fa_	0.065	0.131	0.190	8.81	7.48	14.35	0.220	0.241	0.349	0.112	0.148	0.238
T0328	1mwqa_	0.000	0.000	0.089	0.42	3.73	9.59	0.126	0.095	0.163	0.060	0.049	0.110
T0329	1o08a_	0.464	0.471	0.471	25.57	25.29	24.67	0.683	0.655	0.661	0.545	0.529	0.529
T0330	1o08a_	0.424	0.365	0.376	27.13	21.07	22.94	0.694	0.649	0.604	0.552	0.519	0.496
T0332	1io0a_	0.000	0.000	0.117	3.31	1.66	3.78	0.235	0.180	0.254	0.178	0.137	0.193
T0335	1hz4a_	0.000	0.000	0.458	1.76	3.50	3.80	0.267	0.312	0.377	0.464	0.476	0.542
T0338	1tqga_	0.000	0.000	0.000	0.71	1.92	2.02	0.148	0.121	0.101	0.093	0.089	0.090
T0339	1lc5a_	0.177	0.119	0.237	20.18	20.52	26.16	0.476	0.417	0.531	0.247	0.207	0.316
T0340	1r6ja_	0.697	0.740	0.746	13.45	11.95	12.35	0.743	0.755	0.762	0.742	0.742	0.758
T0341	1qcza_	0.088	0.000	0.079	1.72	1.35	1.38	0.203	0.141	0.163	0.110	0.067	0.107
T0353	2igd__	0.255	0.260	0.280	5.93	5.68	6.84	0.315	0.318	0.339	0.338	0.347	0.365
T0354	1fm0e_	0.000	0.000	0.000	1.11	4.69	1.25	0.230	0.191	0.220	0.211	0.164	0.209
T0356	1j27a_	0.000	0.000	0.000	-0.24	-0.87	0.46	0.083	0.087	0.045	0.034	0.040	0.031
T0357	1nxja_	0.000	0.000	0.220	10.80	5.39	6.19	0.221	0.186	0.294	0.169	0.129	0.278
T0359	1r6ja_	0.677	0.629	0.683	13.48	11.68	12.35	0.718	0.663	0.701	0.707	0.634	0.699
T0361	1t7ra_	0.126	0.112	0.144	4.05	1.21	1.98	0.221	0.225	0.192	0.185	0.173	0.173
T0362	1vh5a_	0.000	0.000	0.449	10.45	2.05	13.78	0.167	0.187	0.538	0.115	0.162	0.477
T0363	2igd__	0.000	0.000	0.321	4.66	4.02	4.02	0.176	0.156	0.343	0.178	0.166	0.372
T0364	1vh5a_	0.220	0.253	0.489	12.88	7.84	14.39	0.346	0.312	0.557	0.276	0.271	0.508
T0365	1g73a_	0.146	0.000	0.109	5.23	4.47	4.83	0.247	0.162	0.190	0.188	0.115	0.140
T0366	1r6ja_	0.685	0.754	0.781	12.59	11.78	11.37	0.722	0.774	0.777	0.702	0.780	0.765
T0367	1ug7a_	0.000	0.000	0.220	7.65	4.20	7.16	0.274	0.196	0.304	0.242	0.172	0.264
T0368	1hz4a_	0.211	0.159	0.208	5.65	4.49	4.16	0.327	0.295	0.308	0.261	0.239	0.266
T0369	1orja_	0.166	0.000	0.000	4.12	2.40	5.12	0.234	0.148	0.167	0.225	0.126	0.157
T0371	1f4pa_	0.000	0.000	0.000	0.34	2.51	5.31	0.158	0.154	0.144	0.078	0.089	0.086
T0372	1m44a_	0.000	0.000	0.133	0.04	0.14	0.55	0.143	0.131	0.246	0.064	0.057	0.168
T0373	1rh5b_	0.000	0.000	0.000	-0.06	3.79	3.02	0.132	0.147	0.153	0.125	0.155	0.154
T0374	1m44a_	0.293	0.386	0.384	13.33	15.66	14.94	0.445	0.566	0.545	0.361	0.463	0.459
T0375	1bx4a_	0.482	0.457	0.508	32.34	29.72	29.86	0.741	0.696	0.730	0.542	0.510	0.541
T0376	1twda_	0.125	0.108	0.191	14.05	15.93	15.39	0.303	0.346	0.382	0.167	0.189	0.261
T0378	1sdsa_	0.089	0.000	0.159	2.02	0.35	8.18	0.148	0.122	0.227	0.095	0.071	0.177
T0379	1o08a_	0.299	0.360	0.403	15.24	15.96	15.46	0.456	0.536	0.569	0.353	0.415	0.455
T0381	1tf1a_	0.534	0.586	0.582	21.04	23.79	23.68	0.629	0.655	0.651	0.537	0.565	0.560
T0382	1kpsb_	0.000	0.171	0.000	1.65	1.30	3.08	0.263	0.280	0.240	0.229	0.254	0.238
T0384	1jg1a_	0.000	0.000	0.000	0.16	1.08	1.67	0.180	0.140	0.127	0.068	0.084	0.083
T0385	1lb3a_	0.462	0.489	0.659	14.60	17.50	18.96	0.633	0.618	0.759	0.546	0.570	0.659
mean		0.203	0.182	0.264	9.564	9.086	10.712	0.367	0.338	0.391	0.292	0.273	0.328
p-value		1.042E-04	2.163E-07	-	3.8E-03	5.761E-05	-	0.2133	1.898E-06	-	9.996E-04	2.209E-08	-

Back to article page

ISSN: 1471-2105

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com