Table 3 Likelihoods of environment specific amino acid substitutions (in percent) that are large and significantly different between mesophiles-mesophiles and mesophiles-thermophilic archaeal homologues.
From: Environment specific substitution tables for thermophilic proteins
HA | Ha | EA | Ea | CA | Ca | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
M→T | mes | t_arc | M→T | mes | t_arc | M→T | mes | t_arc | M→T | mes | t_arc | M→T | mes | t_arc | M→T | mes | t_arc |
E→E | 26,4 | 34,8 | M→I | 11,5 | 17,5 | D→D | 27,5 | 41,6 | K→K | 46,7 | 63,4 | G→G | 32,2 | 43,7 | W→Y | 5,7 | 11,2 |
I→I | 16,5 | 23,6 | F→I | 6,4 | 11,5 | I→I | 18,3 | 30,5 | I→I | 30,5 | 38,2 | E→E | 19,4 | 28,9 | L→I | 10,6 | 14,8 |
D→E | 15,8 | 22,0 | L→I | 12,3 | 16,6 | N→N | 13,8 | 22,9 | F→I | 9,2 | 16,3 | D→D | 29,7 | 38,7 | C→V | 1,5 | 5,4 |
Q→E | 12,9 | 18,1 | V→I | 15,2 | 18,6 | E→E | 22,6 | 30,7 | L→I | 16,6 | 23,7 | K→K | 19,8 | 26,9 | F→I | 5,7 | 9,0 |
L→I | 7,7 | 12,6 | H→A | 2,7 | 5,4 | M→I | 7,8 | 14,8 | V→I | 17,8 | 23,9 | W→Y | 7,7 | 14,0 | |||
K→E | 10,3 | 15,0 | R→K | 5,3 | 7,9 | V→I | 10,6 | 16,7 | W→I | 4,4 | 9,1 | V→I | 8,2 | 13,9 | |||
V→I | 9,2 | 13,5 | W→I | 3,6 | 6,0 | Y→I | 5,1 | 9,4 | F→V | 10,1 | 14,3 | Q→E | 8,9 | 13,7 | |||
F→I | 5,0 | 9,1 | N→E | 2,6 | 4,9 | H→K | 6,5 | 10,8 | Y→I | 6,0 | 10,0 | L→I | 6,9 | 11,5 | |||
W→I | 3,0 | 6,9 | L→L | 43,6 | 38,5 | C→I | 1,6 | 5,6 | C→S | 1,1 | 4,8 | K→E | 7,2 | 10,7 | |||
N→E | 9,4 | 12,8 | F→I | 7,6 | 11,4 | T→V | 11,9 | 15,3 | D→E | 8,1 | 11,4 | ||||||
H→E | 7,8 | 11,3 | H→Y | 5,9 | 9,6 | H→Y | 5,4 | 8,5 | I→V | 12,3 | 15,5 | ||||||
M→I | 7,9 | 11,1 | M→Y | 4,9 | 8,1 | H→T | 3,7 | 1,5 | P→E | 5,4 | 7,5 | ||||||
A→E | 10,3 | 13,2 | T→K | 7,7 | 9,8 | Q→L | 6,5 | 3,5 | R→Q | 4,4 | 2,4 | ||||||
S→E | 9,5 | 12,3 | V→Q | 3,0 | 1,0 | I→L | 18,6 | 13,6 | V→T | 7,4 | 5,4 | ||||||
Q→K | 10,3 | 12,9 | P→L | 4,8 | 2,7 | T→Q | 3,5 | 1,5 | |||||||||
E→K | 8,6 | 11,3 | N→L | 4,1 | 1,9 | N→T | 6,5 | 4,5 | |||||||||
R→E | 8,6 | 11,2 | D→Q | 3,4 | 1,1 | R→T | 5,3 | 3,3 | |||||||||
Y→I | 4,0 | 6,3 | A→Q | 4,0 | 1,6 | T→A | 5,8 | 3,8 | |||||||||
N→R | 6,3 | 8,3 | T→Q | 4,1 | 1,6 | E→Q | 5,0 | 2,9 | |||||||||
I→Q | 3,2 | 1,2 | D→S | 7,2 | 4,6 | P→T | 4,9 | 2,8 | |||||||||
S→Q | 4,9 | 2,8 | N→Q | 4,2 | 1,6 | A→Q | 4,0 | 1,9 | |||||||||
G→Q | 4,3 | 2,1 | H→Q | 4,7 | 1,9 | N→A | 5,2 | 3,0 | |||||||||
L→A | 7,8 | 5,7 | R→Q | 4,9 | 1,9 | Q→A | 6,3 | 4,1 | |||||||||
N→Q | 5,5 | 2,9 | K→Q | 5,1 | 2,0 | R→A | 5,6 | 3,4 | |||||||||
V→A | 11,5 | 8,9 | I→T | 7,0 | 3,8 | E→T | 5,6 | 3,3 | |||||||||
T→Q | 5,2 | 2,5 | A→T | 8,6 | 5,3 | H→A | 5,2 | 2,8 | |||||||||
A→Q | 5,2 | 2,3 | D→T | 7,1 | 3,4 | K→T | 5,9 | 3,4 | |||||||||
P→A | 9,1 | 6,2 | E→T | 8,9 | 4,8 | Q→T | 6,3 | 3,8 | |||||||||
R→Q | 5,8 | 2,9 | N→T | 9,8 | 5,3 | K→A | 5,9 | 3,4 | |||||||||
D→Q | 5,7 | 2,8 | D→A | 4,8 | 2,2 | ||||||||||||
R→A | 7,7 | 4,6 | K→Q | 4,8 | 2,1 | ||||||||||||
T→A | 10,3 | 7,1 | M→A | 6,2 | 3,5 | ||||||||||||
K→Q | 6,3 | 3,1 | E→A | 5,9 | 2,8 | ||||||||||||
E→Q | 6,5 | 3,1 | P→A | 6,6 | 3,4 | ||||||||||||
N→A | 8,6 | 4,9 | |||||||||||||||
K→A | 8,8 | 4,5 | |||||||||||||||
Q→A | 9,2 | 4,8 | |||||||||||||||
D→A | 8,1 | 3,6 | |||||||||||||||
E→A | 8,9 | 4,2 | |||||||||||||||
C→C | 74,4 | 36,9 |