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Table 3 Likelihoods of environment specific amino acid substitutions (in percent) that are large and significantly different between mesophiles-mesophiles and mesophiles-thermophilic archaeal homologues.

From: Environment specific substitution tables for thermophilic proteins

HA    Ha    EA    Ea    CA    Ca   
M→T mes t_arc M→T mes t_arc M→T mes t_arc M→T mes t_arc M→T mes t_arc M→T mes t_arc
E→E 26,4 34,8 M→I 11,5 17,5 D→D 27,5 41,6 K→K 46,7 63,4 G→G 32,2 43,7 W→Y 5,7 11,2
I→I 16,5 23,6 F→I 6,4 11,5 I→I 18,3 30,5 I→I 30,5 38,2 E→E 19,4 28,9 L→I 10,6 14,8
D→E 15,8 22,0 L→I 12,3 16,6 N→N 13,8 22,9 F→I 9,2 16,3 D→D 29,7 38,7 C→V 1,5 5,4
Q→E 12,9 18,1 V→I 15,2 18,6 E→E 22,6 30,7 L→I 16,6 23,7 K→K 19,8 26,9 F→I 5,7 9,0
L→I 7,7 12,6 H→A 2,7 5,4 M→I 7,8 14,8 V→I 17,8 23,9 W→Y 7,7 14,0    
K→E 10,3 15,0 R→K 5,3 7,9 V→I 10,6 16,7 W→I 4,4 9,1 V→I 8,2 13,9    
V→I 9,2 13,5 W→I 3,6 6,0 Y→I 5,1 9,4 F→V 10,1 14,3 Q→E 8,9 13,7    
F→I 5,0 9,1 N→E 2,6 4,9 H→K 6,5 10,8 Y→I 6,0 10,0 L→I 6,9 11,5    
W→I 3,0 6,9 L→L 43,6 38,5 C→I 1,6 5,6 C→S 1,1 4,8 K→E 7,2 10,7    
N→E 9,4 12,8     F→I 7,6 11,4 T→V 11,9 15,3 D→E 8,1 11,4    
H→E 7,8 11,3     H→Y 5,9 9,6 H→Y 5,4 8,5 I→V 12,3 15,5    
M→I 7,9 11,1     M→Y 4,9 8,1 H→T 3,7 1,5 P→E 5,4 7,5    
A→E 10,3 13,2     T→K 7,7 9,8 Q→L 6,5 3,5 R→Q 4,4 2,4    
S→E 9,5 12,3     V→Q 3,0 1,0 I→L 18,6 13,6 V→T 7,4 5,4    
Q→K 10,3 12,9     P→L 4,8 2,7     T→Q 3,5 1,5    
E→K 8,6 11,3     N→L 4,1 1,9     N→T 6,5 4,5    
R→E 8,6 11,2     D→Q 3,4 1,1     R→T 5,3 3,3    
Y→I 4,0 6,3     A→Q 4,0 1,6     T→A 5,8 3,8    
N→R 6,3 8,3     T→Q 4,1 1,6     E→Q 5,0 2,9    
I→Q 3,2 1,2     D→S 7,2 4,6     P→T 4,9 2,8    
S→Q 4,9 2,8     N→Q 4,2 1,6     A→Q 4,0 1,9    
G→Q 4,3 2,1     H→Q 4,7 1,9     N→A 5,2 3,0    
L→A 7,8 5,7     R→Q 4,9 1,9     Q→A 6,3 4,1    
N→Q 5,5 2,9     K→Q 5,1 2,0     R→A 5,6 3,4    
V→A 11,5 8,9     I→T 7,0 3,8     E→T 5,6 3,3    
T→Q 5,2 2,5     A→T 8,6 5,3     H→A 5,2 2,8    
A→Q 5,2 2,3     D→T 7,1 3,4     K→T 5,9 3,4    
P→A 9,1 6,2     E→T 8,9 4,8     Q→T 6,3 3,8    
R→Q 5,8 2,9     N→T 9,8 5,3     K→A 5,9 3,4    
D→Q 5,7 2,8           D→A 4,8 2,2    
R→A 7,7 4,6           K→Q 4,8 2,1    
T→A 10,3 7,1           M→A 6,2 3,5    
K→Q 6,3 3,1           E→A 5,9 2,8    
E→Q 6,5 3,1           P→A 6,6 3,4    
N→A 8,6 4,9                
K→A 8,8 4,5                
Q→A 9,2 4,8                
D→A 8,1 3,6                
E→A 8,9 4,2                
C→C 74,4 36,9                
  1. Mes stands for mesophilic proteins, t_arc for thermophilic archaeal proteins, HA for exposed alpha helices, Ha for non exposed alpha helices, EA for exposed beta strands, Ea for non exposed beta strands, CA for exposed coil and Ca for non exposed coil. Data are shown only if P < 0.01 in the two-tailed t-test and if the difference between mes and t_arc are, in absolute value, larger than 2. Environment specific amino acid substitutions with higher likelihood values in mesophiles-thermophilic than in archaeal homologues are in italics, those with higher likelihood values in mesophiles-mesophiles homologues are in bold. Data are sorted by increasing differences between mes and t_arc.