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Table 4 Likelihoods of environment-specific amino acid substitutions (in percent) that are large and significantly different between mesophiles-mesophiles and mesophiles-thermophilic eubacterial homologues.

From: Environment specific substitution tables for thermophilic proteins

HA    Ha    EA    Ea    CA    Ca   
M→T mes t_eu M→T mes t_eu M→T mes t_eu M→T mes t_eu M→T mes t_eu M→T mes t_eu
P→P 28,8 39,7 T→T 24,5 30,2 D→D 27,5 44,3 K→K 46,7 65,4 P→P 34,3 48,2 C→I 0,9 5,0
E→E 26,4 35,0 C→I 1,5 5,7 L→L 19,2 29,6 F→V 10,1 14,1 G→G 32,2 45,6 S→A 10,0 13,7
R→R 23,9 32,3 C→T 0,8 4,6 R→R 22,4 32,7 A→S 5,9 3,8 D→D 29,7 40,3 C→P 0,8 3,1
D→E 15,8 22,0 H→A 2,7 5,6 E→E 22,6 31,7 E→G 4,1 1,7 E→E 19,4 29,3 V→A 72,9 20,9
Q→E 12,9 17,9     V→V 22,9 31,1 C→C 67,7 25,3 R→R 21,8 31,0    
A→A 20,8 25,7     N→N 13,8 21,0     M→M 11,4 18,8    
K→R 10,7 15,4     K→R 10,2 16,1     C→A 1,9 8,9    
N→E 9,4 13,5     Q→E 9,6 15,1     V→V 17,6 23,8    
I→L 14,6 18,6     I→V 17,2 22,7     A→A 16,2 22,1    
V→V 15,8 19,5     C→L 2,1 6,0     Q→E 8,9 13,6    
N→R 6,3 9,9     S→A 5,6 7,9     K→R 8,4 13,0    
K→E 10,3 13,8     E→N 3,9 2,0     I→V 12,3 15,7    
F→L 12,0 15,4     A→T 8,6 5,9     V→I 8,2 11,1    
S→E 9,5 12,7     T→S 9,0 6,3     N→R 4,4 6,8    
Q→R 7,5 10,7     K→S 5,7 3,0     Q→R 6,1 8,5    
V→L 10,8 13,3     A→S 8,7 5,8     Y→L 6,0 8,1    
A→E 10,3 12,7     D→N 6,8 3,8     V→L 8,4 10,4    
T→R 5,7 7,9     H→S 6,5 3,1     I→N 3,4 1,5    
E→R 5,7 7,9     D→T 7,1 3,5     V→S 5,2 3,1    
S→R 5,6 7,7     D→S 7,2 3,6     E→S 6,9 4,8    
D→R 5,0 7,1           F→N 3,6 1,5    
Q→N 4,8 2,8           A→N 5,1 3,0    
D→N 5,2 3,2           Q→N 5,9 3,8    
T→S 7,8 5,8           R→S 6,1 3,9    
M→K 6,9 4,7           K→S 6,4 4,2    
G→S 7,6 5,5           M→N 4,3 2,1    
A→S 7,2 4,9           L→S 4,7 2,4    
G→D 6,7 4,4           E→N 5,4 3,1    
D→S 6,1 3,7           K→N 5,8 3,5    
P→S 6,3 3,2           Q→S 7,2 5,0    
C→C 74,4 26,4           T→N 6,2 3,9    
             I→K 5,1 2,8    
             D→S 7,4 5,0    
             P→S 6,3 3,9    
             M→S 5,3 2,8    
             D→N 8,6 6,0    
             H→N 7,7 5,0    
             G→N 5,8 2,9    
             C→C 71,4 22,8    
  1. Mes stands for mesophilic proteins, t_eu for thermophilic eubacterial proteins, HA for exposed alpha helices, Ha for non exposed alpha helices, EA for exposed beta strands, Ea for non exposed beta strands, CA for exposed coil and Ca for non exposed coil. Data are shown only if P < 0.01 in the two-tailed t-test and if the difference between mes and t_eu are, in absolute value, larger than 2. Environment specific amino acid substitutions with higher likelihood values in mesophiles-thermophilic than in eubacterial homologues are in italics, those with higher likelihood values in mesophiles-mesophiles homologues are in bold. Data are sorted by increasing differences between mes and t_eu.