TY - JOUR AU - Ideker, T. AU - Galitski, T. AU - Hood, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - A new approach to decoding life: systems biology JO - Annu Rev Genomics Hum Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genom.2.1.343 DO - 10.1146/annurev.genom.2.1.343 ID - Ideker2001 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Friedman, N. AU - Linial, M. AU - Nachman, I. AU - Pe'er, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Using Bayesian networks to analyze expression data JO - J Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/106652700750050961 DO - 10.1089/106652700750050961 ID - Friedman2000 ER - TY - JOUR AU - Pe'er, D. AU - Regev, A. AU - Elidan, G. AU - Friedman, N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Inferring subnetworks from perturbed expression profiles JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.suppl_1.S215 DO - 10.1093/bioinformatics/17.suppl_1.S215 ID - Pe'er2001 ER - TY - JOUR AU - Bar-Joseph, Z. AU - Gerber, G. K. AU - Lee, T. I. AU - Rinaldi, N. J. AU - Yoo, J. Y. AU - Robert, F. AU - Gordon, D. B. AU - Fraenkel, E. AU - Jaakkola, T. S. AU - Young, R. A. AU - Gifford, D. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Computational discovery of gene modules and regulatory networks JO - Nat Biotechnol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nbt890 DO - 10.1038/nbt890 ID - Bar-Joseph2003 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Shapira, M. AU - Regev, A. AU - Pe'er, D. AU - Botstein, D. AU - Koller, D. AU - Friedman, N. PY - 2003 DA - 2003// TI - Module networks: identifying regulatory modules and their condition-specific regulators from gene expression data JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1165 DO - 10.1038/ng1165 ID - Segal2003 ER - TY - JOUR AU - Beer, M. A. AU - Tavazoie, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Predicting gene expression from sequence JO - Cell VL - 117 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(04)00304-6 DO - 10.1016/S0092-8674(04)00304-6 ID - Beer2004 ER - TY - JOUR AU - Friedman, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Inferring cellular networks using probabilistic graphical models JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1094068 DO - 10.1126/science.1094068 ID - Friedman2004 ER - TY - JOUR AU - Harbison, C. T. AU - Gordon, D. B. AU - Lee, T. I. AU - Rinaldi, N. J. AU - Macisaac, K. D. AU - Danford, T. W. AU - Hannett, N. M. AU - Tagne, J. B. AU - Reynolds, D. B. AU - Yoo, J. AU - Jennings, E. G. AU - Zeitlinger, J. AU - Pokholok, D. K. AU - Kellis, M. AU - Rolfe, P. A. AU - Takusagawa, K. T. AU - Lander, E. S. AU - Gifford, D. K. AU - Fraenkel, E. AU - Young, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transcriptional regulatory code of a eukaryotic genome JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02800 DO - 10.1038/nature02800 ID - Harbison2004 ER - TY - JOUR AU - Luscombe, N. M. AU - Madan Babu, M. AU - Yu, H. AU - Snyder, M. AU - Teichmann, S. A. AU - Gerstein, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genomic analysis of regulatory network dynamics reveals large topological changes JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02782 DO - 10.1038/nature02782 ID - Luscombe2004 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. AU - Wang, L. AU - Ding, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Learning module networks from genome-wide location and expression data JO - FEBS Lett VL - 578 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2004.11.019 DO - 10.1016/j.febslet.2004.11.019 ID - Xu2004 ER - TY - JOUR AU - Battle, A. AU - Segal, E. AU - Koller, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Probabilistic discovery of overlapping cellular processes and their regulation JO - J Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2005.12.909 DO - 10.1089/cmb.2005.12.909 ID - Battle2005 ER - TY - JOUR AU - Basso, K. AU - Margolin, A. A. AU - Stolovitzky, G. AU - Klein, U. AU - Dalla-Favera, R. AU - Califano, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Reverse engineering of regulatory networks in human B cells JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1532 DO - 10.1038/ng1532 ID - Basso2005 ER - TY - JOUR AU - Garten, Y. AU - Kaplan, S. AU - Pilpel, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Extraction of transcription regulatory signals from genome-wide DNA-protein interaction data JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki166 DO - 10.1093/nar/gki166 ID - Garten2005 ER - TY - JOUR AU - Petti, A. A. AU - Church, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - A network of transcriptionally coordinated functional modules in Saccharomyces cerevisiae JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3847105 DO - 10.1101/gr.3847105 ID - Petti2005 ER - TY - JOUR AU - Lemmens, K. AU - Dhollander, T. AU - De Bie, T. AU - Monsieurs, P. AU - Engelen, K. AU - Smets, B. AU - Winderickx, J. AU - De Moor, B. AU - Marchal, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Inferring transcriptional modules from ChIP-chip, motif and microarray data JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-5-r37 DO - 10.1186/gb-2006-7-5-r37 ID - Lemmens2006 ER - TY - JOUR AU - Van den Bulcke, T. AU - Lemmens, K. AU - Van de Peer, Y. AU - Marchal, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Inferring transcriptional networks by mining 'omics' data JO - Current Bioinformatics VL - 1 UR - https://doi.org/10.2174/157489306777827991 DO - 10.2174/157489306777827991 ID - Van den Bulcke2006 ER - TY - JOUR AU - Hartwell, L. H. AU - Hopfield, J. J. AU - Leibler, S. AU - Murray, A. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - From molecular to modular cell biology JO - Nature VL - 402 UR - https://doi.org/10.1038/35011540 DO - 10.1038/35011540 ID - Hartwell1999 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Friedman, N. AU - Kaminski, N. AU - Regev, A. AU - Koller, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - From signatures to models: understanding cancer using microarrays JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1561 DO - 10.1038/ng1561 ID - Segal2005 ER - TY - JOUR AU - Van den Bulcke, T. AU - Van Leemput, K. AU - Naudts, B. AU - van Remortel, P. AU - Ma, H. AU - Verschoren, A. AU - De Moor, B. AU - Marchal, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - SynTReN: a generator of synthetic gene expression data for design and analysis of structure learning algorithms JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-43 DO - 10.1186/1471-2105-7-43 ID - Van den Bulcke2006 ER - TY - JOUR AU - Gasch, A. P. AU - Spellman, P. T. AU - Kao, C. M. AU - Carmel-Harel, O. AU - Eisen, M. B. AU - Storz, G. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genomic expression programs in the response of yeast cells to environmental changes JO - Mol Biol Cell VL - 11 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.11.12.4241 DO - 10.1091/mbc.11.12.4241 ID - Gasch2000 ER - TY - JOUR AU - Butte, A. J. AU - Kohane, I. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Mutual information relevance networks: functional genomic clustering using pairwise entropy measurements JO - Pac Symp Biocomput VL - 5 ID - Butte2000 ER - TY - JOUR AU - Butte, A. AU - Tamayo, P. AU - Slonim, D. AU - Golub, T. AU - Kohane, I. PY - 2000 DA - 2000// TI - Discovering functional relationships between RNA expression and chemotherapeutic susceptibility using relevance networks JO - PNAS VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.220392197 DO - 10.1073/pnas.220392197 ID - Butte2000 ER - TY - JOUR AU - Pe'er, D. AU - Regev, A. AU - A, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Minreg: Inferring an active regulator set JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S258 DO - 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S258 ID - Pe'er2002 ER - TY - JOUR AU - Sinkkonen, J. AU - Kaski, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Clustering based on conditional distributions in an auxiliary space JO - Neural Comput VL - 14 UR - https://doi.org/10.1162/089976602753284509 DO - 10.1162/089976602753284509 ID - Sinkkonen2002 ER - TY - JOUR AU - Kasturi, J. AU - Acharya, R. AU - Ramanathan, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - An information theoretic approach for analyzing temporal patterns of gene expression JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg020 DO - 10.1093/bioinformatics/btg020 ID - Kasturi2003 ER - TY - STD TI - Genomica[http://genomica.weizmann.ac.il] UR - http://genomica.weizmann.ac.il ID - ref27 ER - TY - STD TI - SaccharomycesGenome Database[http://www.yeastgenome.org/] UR - http://www.yeastgenome.org/ ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Ma, H. W. AU - Kumar, B. AU - Ditges, U. AU - Gunzer, F. AU - Buer, J. AU - Zeng, A. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - An extended transcriptional regulatory network of Escherichia coli and analysis of its hierarchical structure and network motifs JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh1009 DO - 10.1093/nar/gkh1009 ID - Ma2004 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Pe'er, D. AU - Regev, A. AU - Koller, D. AU - Friedman, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Learning module networks JO - Journal of Machine Learning Research VL - 6 ID - Segal2005 ER - TY - CHAP AU - Heller, K. A. AU - Ghahramani, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Bayesian hierarchical clustering BT - Proceedings of the twenty-second International Conference on Machine Learning ID - Heller2005 ER - TY - JOUR AU - Shannon, C. E. PY - 1948 DA - 1948// TI - A mathematical theory of communication JO - The Bell System Technical Journal VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x DO - 10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x ID - Shannon1948 ER - TY - JOUR AU - de Hoon, M. J. L. AU - Imoto, S. AU - Nolan, J. AU - Miyano, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Open source clustering software JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth078 DO - 10.1093/bioinformatics/bth078 ID - de Hoon2004 ER - TY - JOUR AU - Maere, S. AU - Heymans, K. AU - Kuiper, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - BiNGO: a Cytoscape plugin to assess overrepresentation of gene ontology categories in biological networks JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti551 DO - 10.1093/bioinformatics/bti551 ID - Maere2005 ER - TY - STD TI - SynTReN[http://homes.esat.kuleuven.be/~kmarchal/SynTReN] UR - http://homes.esat.kuleuven.be/~kmarchal/SynTReN ID - ref35 ER - TY - STD TI - LeMoNe[http://bioinformatics.psb.ugent.be/LeMoNe/download.htm] UR - http://bioinformatics.psb.ugent.be/LeMoNe/download.htm ID - ref36 ER -