TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Koonin, E. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - Who's your neighbor? New computational approaches for functional genomics JO - Nat Biotechnol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/76443 DO - 10.1038/76443 ID - Galperin2000 ER - TY - JOUR AU - Tong, A. H. Y. AU - Lesage, G. AU - Bader, G. D. AU - Ding, H. AU - Xu, H. AU - Xin, X. AU - Young, J. AU - Berriz, G. F. AU - Brost, R. L. AU - Chang, M. AU - Chen, Y. AU - Cheng, X. AU - Chua, G. AU - Friesen, H. AU - Goldberg, D. S. AU - Haynes, J. AU - Humphries, C. AU - He, G. AU - Hussein, S. AU - Ke, L. AU - Krogan, N. AU - Li, Z. AU - Levinson, J. N. AU - Lu, H. AU - Menard, P. AU - Munyana, C. AU - Parsons, A. B. AU - Ryan, O. AU - Tonikian, R. AU - Roberts, T. AU - Sdicu, A. M. AU - Shapiro, J. AU - Sheikh, B. AU - Suter, B. AU - Wong, S. L. AU - Zhang, L. V. AU - Zhu, H. AU - Burd, C. G. AU - Munro, S. AU - Sander, C. AU - Rine, J. AU - Greenblatt, J. AU - Peter, M. AU - Bretscher, A. AU - Bell, G. AU - Roth, F. P. AU - Brown, G. W. AU - Andrews, B. AU - Bussey, H. AU - Boone, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Global mapping of the yeast genetic interaction network JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1091317 DO - 10.1126/science.1091317 ID - Tong2004 ER - TY - JOUR AU - Pellegrini, M. AU - Marcotte, E. M. AU - Thompson, M. J. AU - Eisenberg, D. AU - Yeates, T. O. PY - 1999 DA - 1999// TI - Assigning protein functions by comparative genome analysis: protein phylogenetic profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.8.4285 DO - 10.1073/pnas.96.8.4285 ID - Pellegrini1999 ER - TY - JOUR AU - Sun, J. AU - Xu, J. AU - Liu, Z. AU - Liu, Q. AU - Zhao, A. AU - Shi, T. AU - Li, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Refined phylogenetic profiles method for predicting protein-protein interactions JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti532 DO - 10.1093/bioinformatics/bti532 ID - Sun2005 ER - TY - JOUR AU - Fraser, H. B. AU - Hirsh, A. E. AU - Wall, D. P. AU - Eisen, M. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Coevolution of gene expression among interacting proteins JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0402591101 DO - 10.1073/pnas.0402591101 ID - Fraser2004 ER - TY - JOUR AU - Keskin, O. AU - Tsai, C. J. AU - Wolfson, H. AU - Nussinov, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A new, structurally nonredundant, diverse data set of protein-protein interfaces and its implications JO - Protein Sci VL - 13 UR - https://doi.org/10.1110/ps.03484604 DO - 10.1110/ps.03484604 ID - Keskin2004 ER - TY - JOUR AU - Davis, F. P. AU - Sali, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - PIBASE: a comprehensive database of structurally defined protein interfaces JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti277 DO - 10.1093/bioinformatics/bti277 ID - Davis2005 ER - TY - JOUR AU - Stein, A. AU - Russell, R. B. AU - Aloy, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - 3DID: interacting protein domains of known three-dimensional structure JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki037 DO - 10.1093/nar/gki037 ID - Stein2005 ER - TY - JOUR AU - Aloy, P. AU - Russell, R. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Structural systems biology: modelling protein interactions JO - Nature Reviews Molecular Cell Biology VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrm1859 DO - 10.1038/nrm1859 ID - Aloy2006 ER - TY - JOUR AU - Lichtarge, O. AU - Sowa, M. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evolutionary predictions of binding surfaces and interactions JO - Curr Opin Struct Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-440X(02)00284-1 DO - 10.1016/S0959-440X(02)00284-1 ID - Lichtarge2002 ER - TY - JOUR AU - Bairoch, A. PY - 1992 DA - 1992// TI - PROSITE: a dictionary of sites and patterns in proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/nar/20.suppl.2013 DO - 10.1093/nar/20.suppl.2013 ID - Bairoch1992 ER - TY - JOUR AU - Espadaler, J. AU - Romero-Isart, O. AU - Jackson, R. M. AU - Oliva, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Prediction of protein-protein interactions using distant conservation of sequence patterns and structure relationships JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti522 DO - 10.1093/bioinformatics/bti522 ID - Espadaler2005 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Li, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Discovery of stable and significant binding motif pairs from PDB complexes and protein interaction datasets JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti019 DO - 10.1093/bioinformatics/bti019 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Bateman, A. AU - Haft, D. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - HMM-based databases in InterPro JO - Brief Bioinform VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/bib/3.3.236 DO - 10.1093/bib/3.3.236 ID - Bateman2002 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Profile hidden Markov models JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.755 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ID - Eddy1998 ER - TY - JOUR AU - Zdobnov, E. M. AU - Apweiler, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - InterProScan-an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.9.847 DO - 10.1093/bioinformatics/17.9.847 ID - Zdobnov2001 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Gribskov, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Combining evidence using p-values: application to sequence homology searches JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.1.48 DO - 10.1093/bioinformatics/14.1.48 ID - Bailey1998 ER - TY - JOUR AU - Caffrey, D. R. AU - Somaroo, S. AU - Hughes, J. D. AU - Mintseris, J. AU - Huang, E. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Are protein-protein interfaces more conserved in sequence than the rest of the protein surface? JO - Protein Sci VL - 13 UR - https://doi.org/10.1110/ps.03323604 DO - 10.1110/ps.03323604 ID - Caffrey2004 ER - TY - JOUR AU - Kim, W. K. AU - Ison, J. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Survey of the geometric association of domain-domain interfaces JO - Proteins VL - 61 UR - https://doi.org/10.1002/prot.20693 DO - 10.1002/prot.20693 ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Kim, W. K. AU - Henschel, A. AU - Winter, C. AU - Schroeder, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Many Faces of Protein-Protein Interactions: A Compendium of Interface Geometry JO - PLoS Computational Biology VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020124 DO - 10.1371/journal.pcbi.0020124 ID - Kim2006 ER - TY - JOUR AU - Koike, A. AU - Takagi, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Prediction of protein-protein interaction sites using support vector machines JO - Protein Eng Des Sel VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/protein/gzh020 DO - 10.1093/protein/gzh020 ID - Koike2004 ER - TY - JOUR AU - Bradford, J. R. AU - Westhead, D. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Improved prediction of protein-protein binding sites using a support vector machines approach JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti242 DO - 10.1093/bioinformatics/bti242 ID - Bradford2004 ER - TY - JOUR AU - Torrance, J. W. AU - Bartlett, G. J. AU - Porter, C. T. AU - Thornton, J. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Using a Library of Structural Templates to Recognise Catalytic Sites and Explore their Evolution in Homologous Families JO - J Mol Biol VL - 347 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2005.01.044 DO - 10.1016/j.jmb.2005.01.044 ID - Torrance2005 ER - TY - JOUR AU - Ofran, Y. AU - Rost, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Predicted protein-protein interaction sites from local sequence information JO - FEBS Lett VL - 544 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(03)00456-3 DO - 10.1016/S0014-5793(03)00456-3 ID - Ofran2003 ER - TY - JOUR AU - Obenauer, J. C. AU - Yaffe, M. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Computational prediction of protein-protein interactions JO - Methods Mol Biol VL - 261 ID - Obenauer2004 ER - TY - JOUR AU - Berman, H. M. AU - Westbrook, J. AU - Feng, Z. AU - Gilliland, G. AU - Bhat, T. N. AU - Weissig, H. AU - Shindyalov, I. N. AU - Bourne, P. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Protein Data Bank JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235 DO - 10.1093/nar/28.1.235 ID - Berman2000 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Bateman, A. AU - Birney, E. AU - Durbin, R. AU - Eddy, S. R. AU - Howe, K. L. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.263 DO - 10.1093/nar/28.1.263 ID - Bateman2000 ER - TY - JOUR AU - Murzin, A. G. AU - Brenner, S. E. AU - Hubbard, T. AU - Chothia, C. PY - 1995 DA - 1995// TI - SCOP: A Structural Classification of Proteins Database for the Investigation of Sequences and Structures JO - Journal of Molecular Biology VL - 247 ID - Murzin1995 ER - TY - STD TI - Winter C, Henschel A, Kim WK, Schroeder M: SCOPPI: A Structural Classification of Protein-Protein Interfaces.Nucleic Acids Res 2006, (34 Database):310–314. 10.1093/nar/gkj099 ID - ref30 ER - TY - JOUR AU - Sander, C. AU - Schneider, R. PY - 1991 DA - 1991// TI - Database of homology-derived protein structures and the structural meaning of sequence alignment JO - Proteins VL - 9 UR - https://doi.org/10.1002/prot.340090107 DO - 10.1002/prot.340090107 ID - Sander1991 ER - TY - JOUR AU - Scordis, P. AU - Flower, D. R. AU - Attwood, T. K. PY - 1999 DA - 1999// TI - FingerPRINTScan: intelligent searching of the PRINTS motif database JO - Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.10.799 DO - 10.1093/bioinformatics/15.10.799 ID - Scordis1999 ER - TY - JOUR AU - Grundy, W. N. AU - Bailey, T. L. AU - Elkan, C. P. AU - Baker, M. E. PY - 1997 DA - 1997// TI - Meta-MEME: motif-based hidden Markov models of protein families JO - Comput Appl Biosci VL - 13 ID - Grundy1997 ER - TY - STD TI - [http://www.molecularconnections.com] UR - http://www.molecularconnections.com ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Walhout, A. J. AU - Sordella, R. AU - Lu, X. AU - Hartley, J. L. AU - Temple, G. F. AU - Brasch, M. A. AU - Thierry-Mieg, N. AU - Vidal, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Protein interaction mapping in C. elegans using proteins involved in vulval development JO - Science VL - 287 UR - https://doi.org/10.1126/science.287.5450.116 DO - 10.1126/science.287.5450.116 ID - Walhout2000 ER - TY - JOUR AU - Aloy, P. AU - Russell, R. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Interrogating protein interaction networks through structural biology JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.092147999 DO - 10.1073/pnas.092147999 ID - Aloy2002 ER - TY - JOUR AU - Deane, C. M. AU - Salwinski, L. AU - Xenarios, I. AU - Eisenberg, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Protein interactions: two methods for assessment of the reliability of high throughput observations JO - Mol Cell Proteomics VL - 1 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M100037-MCP200 DO - 10.1074/mcp.M100037-MCP200 ID - Deane2002 ER - TY - CHAP AU - Aytuna, A. AU - Gursoy, A. AU - Keskin, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Prediction of protein-protein interactions by combining structure and sequence conservation in protein interfaces BT - Bioinformatics ID - Aytuna2005 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Crooks, G. E. AU - Hon, G. AU - Chandonia, J. M. AU - Brenner, S. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - WebLogo: a sequence logo generator JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.849004 DO - 10.1101/gr.849004 ID - Crooks2004 ER -