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Table 2 Sensitivity and specificity data

From: ComPath: comparative enzyme analysis and annotation in pathway/subsystem contexts

Species

Methods

E-value

Sensitivity

Specificity

S. typhi

FASTA

1e-30

0.9145

0.2121

  

1e-20

0.9153

0.1685

  

1e-15

0.9153

0.1238

  

1e-10

0.9310

0.1095

  

1e-5

0.9391

0.0721

 

Whole-HMM

1e-30

0.5726

0.4697

  

1e-20

0.6102

0.5393

  

1e-15

0.6187

0.5619

  

1e-10

0.6638

0.5839

  

1e-5

0.7652

0.5481

 

CSR-HMM

1e-30

0.7521

0.4091

  

1e-20

0.8136

0.4831

  

1e-15

0.822

0.4762

  

1e-10

0.8534

0.4672

  

1e-5

0.8783

0.4567

 

PDF-domain

1e-30

0.5812

0.4545

  

1e-20

0.6186

0.5281

  

1e-15

0.6271

0.5524

  

1e-10

0.6724

0.5328

  

1e-5

0.7739

0.4952

V. cholerae

FASTA

1e-30

0.7722

0.3934

  

1e-20

0.7901

0.25

  

1e-15

0.8293

0.2

  

1e-10

0.8974

0.1532

  

1e-5

0.9103

0.0914

 

Whole-HMM

1e-30

0.5316

0.401

  

1e-20

0.568

0.475

  

1e-15

0.561

0.51

  

1e-10

0.628

0.5484

  

1e-5

0.6923

0.5543

 

CSR-HMM

1e-30

0.7722

0.401

  

1e-20

0.8519

0.4625

  

1e-15

0.8415

0.5

  

1e-10

0.8974

0.4839

  

1e-5

0.7051

0.5829

 

PDF-domain

1e-30

0.5316

0.3934

  

1e-20

0.5680

0.4625

  

1e-15

0.561

0.51

  

1e-10

0.6282

0.4839

Y. pestis

FASTA

1e-30

0.7805

0.35

  

1e-20

0.8434

0.2553

  

1e-15

0.8537

0.2105

  

1e-10

0.8675

0.1579

  

1e-5

0.8675

0.1

 

Whole-HMM

1e-30

0.6098

0.65

  

1e-20

0.6265

0.6383

  

1e-15

0.6463

0.6667

  

1e-10

0.6988

0.6974

  

1e-5

0.7590

0.725

 

CSR-HMM

1e-30

0.8293

0.55

  

1e-20

0.8313

0.5745

  

1e-15

0.8049

0.6491

  

1e-10

0.8434

0.63158

  

1e-5

0.759

0.675

 

PDF-domain

1e-30

0.6098

0.525

  

1e-20

0.6265

0.5532

  

1e-15

0.6463

0.5439

  

1e-10

0.6988

0.5921

  

1e-5

0.759

0.6417