Skip to main content

Table 2 Sensitivity and specificity data

From: ComPath: comparative enzyme analysis and annotation in pathway/subsystem contexts

Species Methods E-value Sensitivity Specificity
S. typhi FASTA 1e-30 0.9145 0.2121
   1e-20 0.9153 0.1685
   1e-15 0.9153 0.1238
   1e-10 0.9310 0.1095
   1e-5 0.9391 0.0721
  Whole-HMM 1e-30 0.5726 0.4697
   1e-20 0.6102 0.5393
   1e-15 0.6187 0.5619
   1e-10 0.6638 0.5839
   1e-5 0.7652 0.5481
  CSR-HMM 1e-30 0.7521 0.4091
   1e-20 0.8136 0.4831
   1e-15 0.822 0.4762
   1e-10 0.8534 0.4672
   1e-5 0.8783 0.4567
  PDF-domain 1e-30 0.5812 0.4545
   1e-20 0.6186 0.5281
   1e-15 0.6271 0.5524
   1e-10 0.6724 0.5328
   1e-5 0.7739 0.4952
V. cholerae FASTA 1e-30 0.7722 0.3934
   1e-20 0.7901 0.25
   1e-15 0.8293 0.2
   1e-10 0.8974 0.1532
   1e-5 0.9103 0.0914
  Whole-HMM 1e-30 0.5316 0.401
   1e-20 0.568 0.475
   1e-15 0.561 0.51
   1e-10 0.628 0.5484
   1e-5 0.6923 0.5543
  CSR-HMM 1e-30 0.7722 0.401
   1e-20 0.8519 0.4625
   1e-15 0.8415 0.5
   1e-10 0.8974 0.4839
   1e-5 0.7051 0.5829
  PDF-domain 1e-30 0.5316 0.3934
   1e-20 0.5680 0.4625
   1e-15 0.561 0.51
   1e-10 0.6282 0.4839
Y. pestis FASTA 1e-30 0.7805 0.35
   1e-20 0.8434 0.2553
   1e-15 0.8537 0.2105
   1e-10 0.8675 0.1579
   1e-5 0.8675 0.1
  Whole-HMM 1e-30 0.6098 0.65
   1e-20 0.6265 0.6383
   1e-15 0.6463 0.6667
   1e-10 0.6988 0.6974
   1e-5 0.7590 0.725
  CSR-HMM 1e-30 0.8293 0.55
   1e-20 0.8313 0.5745
   1e-15 0.8049 0.6491
   1e-10 0.8434 0.63158
   1e-5 0.759 0.675
  PDF-domain 1e-30 0.6098 0.525
   1e-20 0.6265 0.5532
   1e-15 0.6463 0.5439
   1e-10 0.6988 0.5921
   1e-5 0.759 0.6417