From: ComPath: comparative enzyme analysis and annotation in pathway/subsystem contexts
Species | Methods | E-value | Sensitivity | Specificity |
---|---|---|---|---|
S. typhi | FASTA | 1e-30 | 0.9145 | 0.2121 |
 |  | 1e-20 | 0.9153 | 0.1685 |
 |  | 1e-15 | 0.9153 | 0.1238 |
 |  | 1e-10 | 0.9310 | 0.1095 |
 |  | 1e-5 | 0.9391 | 0.0721 |
 | Whole-HMM | 1e-30 | 0.5726 | 0.4697 |
 |  | 1e-20 | 0.6102 | 0.5393 |
 |  | 1e-15 | 0.6187 | 0.5619 |
 |  | 1e-10 | 0.6638 | 0.5839 |
 |  | 1e-5 | 0.7652 | 0.5481 |
 | CSR-HMM | 1e-30 | 0.7521 | 0.4091 |
 |  | 1e-20 | 0.8136 | 0.4831 |
 |  | 1e-15 | 0.822 | 0.4762 |
 |  | 1e-10 | 0.8534 | 0.4672 |
 |  | 1e-5 | 0.8783 | 0.4567 |
 | PDF-domain | 1e-30 | 0.5812 | 0.4545 |
 |  | 1e-20 | 0.6186 | 0.5281 |
 |  | 1e-15 | 0.6271 | 0.5524 |
 |  | 1e-10 | 0.6724 | 0.5328 |
 |  | 1e-5 | 0.7739 | 0.4952 |
V. cholerae | FASTA | 1e-30 | 0.7722 | 0.3934 |
 |  | 1e-20 | 0.7901 | 0.25 |
 |  | 1e-15 | 0.8293 | 0.2 |
 |  | 1e-10 | 0.8974 | 0.1532 |
 |  | 1e-5 | 0.9103 | 0.0914 |
 | Whole-HMM | 1e-30 | 0.5316 | 0.401 |
 |  | 1e-20 | 0.568 | 0.475 |
 |  | 1e-15 | 0.561 | 0.51 |
 |  | 1e-10 | 0.628 | 0.5484 |
 |  | 1e-5 | 0.6923 | 0.5543 |
 | CSR-HMM | 1e-30 | 0.7722 | 0.401 |
 |  | 1e-20 | 0.8519 | 0.4625 |
 |  | 1e-15 | 0.8415 | 0.5 |
 |  | 1e-10 | 0.8974 | 0.4839 |
 |  | 1e-5 | 0.7051 | 0.5829 |
 | PDF-domain | 1e-30 | 0.5316 | 0.3934 |
 |  | 1e-20 | 0.5680 | 0.4625 |
 |  | 1e-15 | 0.561 | 0.51 |
 |  | 1e-10 | 0.6282 | 0.4839 |
Y. pestis | FASTA | 1e-30 | 0.7805 | 0.35 |
 |  | 1e-20 | 0.8434 | 0.2553 |
 |  | 1e-15 | 0.8537 | 0.2105 |
 |  | 1e-10 | 0.8675 | 0.1579 |
 |  | 1e-5 | 0.8675 | 0.1 |
 | Whole-HMM | 1e-30 | 0.6098 | 0.65 |
 |  | 1e-20 | 0.6265 | 0.6383 |
 |  | 1e-15 | 0.6463 | 0.6667 |
 |  | 1e-10 | 0.6988 | 0.6974 |
 |  | 1e-5 | 0.7590 | 0.725 |
 | CSR-HMM | 1e-30 | 0.8293 | 0.55 |
 |  | 1e-20 | 0.8313 | 0.5745 |
 |  | 1e-15 | 0.8049 | 0.6491 |
 |  | 1e-10 | 0.8434 | 0.63158 |
 |  | 1e-5 | 0.759 | 0.675 |
 | PDF-domain | 1e-30 | 0.6098 | 0.525 |
 |  | 1e-20 | 0.6265 | 0.5532 |
 |  | 1e-15 | 0.6463 | 0.5439 |
 |  | 1e-10 | 0.6988 | 0.5921 |
 |  | 1e-5 | 0.759 | 0.6417 |