RNACompress: Grammar-based compression and informational complexity measurement of RNA secondary structure

BMC Bioinformatics

Table 3 An example of compression

Step	Stack	Input buffer	Production Rules of G₂	Map to G₁	Huffman code
1	# S	(((...))).#	S:LS	S:LS	0
2	# S L	(((...))).#	L:(S)	S:gSu	01111
3	# S) S (	(((...))).#
4	# S) S	((...))).#	S:LS	S:LS	0
5	# S) S L	((...))).#	L:(S)	S:uSa	1110
6	# S) S) S (	((...))).#
7	# S) S) S	(...))).#	S:LS	S:LS	0
8	# S) S) S L	(...))).#	L:(S)	S:gSc	101
9	# S) S) S) S (	(...))).#
10	# S) S) S) S	...))).#	S:LS	S:LS	0
11	# S) S) S) S L	...))).#	L: •	L:a	00
12	# S) S) S) S .	...))).#
13	# S) S) S) S	..))).#	S:LS	S:LS	0
14	# S) S) S) S L	..))).#	L: •	L:g	010
15	# S) S) S) S .	..))).#
16	# S) S) S) S	.))).#	S:LS	S:LS	0
17	# S) S) S) S L	.))).#	L: •	L:c	1111
18	# S) S) S) S .	.))).#
19	# S) S) S) S	))).#	S:e	S:e	1
20	# S) S) S)	))).#
21	# S) S) S	)).#	S:e	S:e	1
22	# S) S)	)).#
23	# S) S	).#	S:e	S:e	1
24	# S)	).#
25	# S	.#	S:LS	S:LS	0
26	# S L	.#	L: •	L:g	010
27	# S .	.#
28	# S	#	S:e	S:e	1
29	#	#

ISSN: 1471-2105