TY - JOUR AU - Glas, A. n. n. u. s. k. a. M. AU - Arno, F. l. o. o. r. e. AU - Delahaye, L. e. o. n. i. e. J. M. J. AU - Witteveen, A. n. k. e. T. AU - Pover, R. o. b. C. F. AU - Niels, B. a. k. x. AU - Lahti-Domenici, J. a. a. n. a. S. T. AU - Bruinsma, T. a. k. o. J. AU - Warmoes, M. a. r. c. O. AU - René, B. e. r. n. a. r. d. s. AU - Wessels, L. o. d. e. w. y. k. F. A. AU - Van 't Veer, L. a. u. r. a. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Converting a breast cancer microarray signature into a high-throughput diagnostic test JO - BioMed Central Genomics VL - 278 ID - Glas2006 ER - TY - JOUR AU - Kane, M. AU - Jatkoe, T. AU - Stumpf, C. AU - Lu, J. AU - Thomas, J. AU - Madore, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Assessment of the sensitivity and specificity of oligonucleo-tide (50 mer) microarrays JO - Nucleic Acid Research VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.22.4552 DO - 10.1093/nar/28.22.4552 ID - Kane2000 ER - TY - JOUR AU - Hughes, T. AU - Mao, M. AU - Jones, A. AU - Burchard, J. AU - Marton, M. AU - Shannon, K. AU - Lefkowitz, S. AU - Ziman, M. AU - Schelter, J. AU - Meyer, M. AU - Kobayashi, S. AU - Davis, C. AU - Dai, H. AU - He, Y. AU - Stephaniants, S. AU - Cavet, G. AU - Walker, W. AU - West, A. AU - Coffey, E. AU - Shoemaker, D. AU - Stoughton, R. AU - Blanchard, A. AU - Friend, S. AU - Linsley, P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Expression profiling using microarrays fabricated by an ink-jet oligonucleotide synthesizer JO - Nature Biotechnology VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/86730 DO - 10.1038/86730 ID - Hughes2001 ER - TY - JOUR AU - Yuen, T. AU - Wurmbach, E. AU - Pfeffer, R. L. AU - Ebersole, B. J. AU - Sealfon, S. C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays JO - Nucleic Acids Research VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.10.e48 DO - 10.1093/nar/30.10.e48 ID - Yuen2002 ER - TY - JOUR AU - Barczak, A. AU - Rodriguez, M. W. AU - Hanspers, K. AU - Koth, L. L. AU - Tai, Y. C. AU - Bolstad, B. M. AU - Speed, T. P. AU - Erle, D. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Spotted long oligonucleotide arrays for human gene expression analysis JO - Genome Research VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1048803 DO - 10.1101/gr.1048803 ID - Barczak2003 ER - TY - JOUR AU - Carter, M. AU - Hamatani, T. AU - Sharov, A. AU - Carmack, C. AU - Qian, Y. AU - Aiba, K. AU - Ko, N. AU - Dudekula, D. AU - Brzoska, P. AU - Hwang, S. AU - Ko, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - In situ-synthesized novel microarray optimized for mouse stem cell and early developmental expression profiling JO - Genome Research VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.878903 DO - 10.1101/gr.878903 ID - Carter2003 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Malek, R. AU - Kwitek, A. AU - Greene, A. AU - Luu, T. AU - Behbahani, B. AU - Frank, B. AU - Quackenbush, J. AU - Lee, N. PY - 2003 DA - 2003// TI - Assessing unmodified 70-mer oligonucleotide performance on glass-slide microarrays JO - Genome Biology VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-1-r5 DO - 10.1186/gb-2003-4-1-r5 ID - Wang2003 ER - TY - JOUR AU - Kuo, W. AU - Jenssen, T. AU - Butte, A. AU - Ohno-Machado, L. AU - Kohane, I. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analysis of mrna measurements from two different microarray technologies JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.3.405 DO - 10.1093/bioinformatics/18.3.405 ID - Kuo2002 ER - TY - JOUR AU - Kothapalli, R. AU - Yoder, S. AU - Mane, S. AU - L, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Microarray results: how accurate are they? JO - BMC Bioinformatics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-3-22 DO - 10.1186/1471-2105-3-22 ID - Kothapalli2002 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Pankratz, M. AU - Johnson, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Differential gene expression patterns revealed by oligo-nucleotide versus long cDNA arrays JO - Toxicological Sciences VL - 69 UR - https://doi.org/10.1093/toxsci/69.2.383 DO - 10.1093/toxsci/69.2.383 ID - Li2003 ER - TY - JOUR AU - Tan, P. AU - Downey, T. AU - Spitznagel, E. J. AU - Xu, P. AU - Fu, D. AU - Dimitrov, D. AU - Lempicki, R. AU - Raaka, B. AU - Cam, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evaluation of gene expression measurements from commercial platforms JO - Nucleic Acids Research VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg763 DO - 10.1093/nar/gkg763 ID - Tan2003 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Warren, D. AU - Spencer, F. AU - Kim, I. F. AU - Biswal, S. AU - Frank, B. C. AU - Gabrielson, E. AU - Garcia, J. G. AU - Geoghegan, J. AU - Germino, G. AU - Griffn, C. AU - Hilmer, S. C. AU - Hoffman, E. AU - Jedlicka, A. E. AU - Kawasaki, E. AU - Martinez-Murillo, F. AU - Morsberger, L. AU - Lee, H. AU - Petersen, D. AU - Quackenbush, J. AU - Scott, A. AU - Wilson, M. AU - Yang, Y. AU - Ye, S. Q. AU - Yu, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Multiple-laboratory comparison of microarray platforms JO - Nat Methods VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth756 DO - 10.1038/nmeth756 ID - Irizarry2005 ER - TY - JOUR AU - Rhodes, D. R. AU - Barrette, T. R. AU - Rubin, M. A. AU - Ghosh, D. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Meta-analysis of microarrays: interstudy validation of gene expression profiles reveals pathway dysregulation in prostate cancer JO - Cancer Res VL - 62 ID - Rhodes2002 ER - TY - JOUR AU - Parmigiani, G. AU - Garrett-Mayer, E. S. AU - Anbazhagan, R. AU - Gabrielson, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - A cross-study comparison of gene expression studies for the molecular classification of lung cancer JO - Clin Cancer Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-03-0490 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-03-0490 ID - Parmigiani2004 ER - TY - JOUR AU - Choi, J. K. AU - Yu, U. AU - Kim, S. AU - Yoo, O. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Combining multiple microarray studies and modeling interstudy variation JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg1010 DO - 10.1093/bioinformatics/btg1010 ID - Choi2003 ER - TY - CHAP AU - Hegdes, L. V. AU - Olkin, I. PY - 1987 DA - 1987// BT - Statistical Methods for Meta-analysis PB - Academic Press CY - Orlando, FL ID - Hegdes1987 ER - TY - STD TI - Hu P, Greenwood CM, Beyene J: Integrative analysis of multiple gene expression profiles with quality-adjusted effect size models. BMC Bioinformatics 6: 128. 2005 May 27; 10.1186/1471-2105-6-128 ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Dabney, A. R. AU - Storey, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Normalization of two-channel microarrays accounting for experimental design and intensity-dependent relationships JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-3-r44 DO - 10.1186/gb-2007-8-3-r44 ID - Dabney2007 ER - TY - JOUR AU - Shi, L. AU - Reid, L. H. AU - Jones, W. D. AU - Shippy, R. AU - Warrington, J. A. AU - Baker, S. C. AU - Collins, P. J. AU - de Longueville, F. AU - Kawasaki, E. S. AU - Lee, K. Y. AU - Luo, Y. AU - Sun, Y. A. AU - Willey, J. C. AU - Setterquist, R. A. AU - Fischer, G. M. AU - Tong, W. AU - Dragan, Y. P. AU - Dix, D. J. AU - Frueh, F. W. AU - Goodsaid, F. M. AU - Herman, D. AU - Jensen, R. V. AU - Johnson, C. D. AU - Lobenhofer, E. K. AU - Puri, R. K. AU - Schrf, U. AU - Thierry-Mieg, J. AU - Wang, C. AU - Wilson, M. AU - Slikker, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - The MicroArray Quality Control (MAQC) project shows inter- and intraplatform reproducibility of gene expression measurements JO - Nat Biotechnol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1239 DO - 10.1038/nbt1239 ID - Shi2006 ER - TY - CHAP AU - Gentlman, R. AU - Ruschaupt, M. AU - Huber, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - On the Synthesis of Microarray Experiments. Bioconductor Project Working Papers. Working Paper 8 BT - The Berkeley Electronic Press ID - Gentlman2005 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: Open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Gale, M. AU - Foy, E. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evasion of intracellular host defence by hepatitis C virus JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature04078 DO - 10.1038/nature04078 ID - Gale2005 ER - TY - JOUR AU - Ogata, H. AU - Goto, S. AU - Sato, K. AU - Fujibuchi, W. AU - Bono, H. AU - Kanehisa, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.29 DO - 10.1093/nar/27.1.29 ID - Ogata1999 ER - TY - JOUR AU - Bowen, D. G. AU - Walker, C. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Adaptive immune responses in acute and chronic hepatitis C virus infection JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature04079 DO - 10.1038/nature04079 ID - Bowen2005 ER - TY - JOUR AU - Pestova, T. V. AU - Shatsky, I. N. AU - Fletcher, S. P. AU - Jackson, R. J. AU - Hellen, C. U. T. PY - 1998 DA - 1998// TI - A prokaryotic-like mode of cytoplasmic eukaryotic ribosome binding to the initiation codon during internal translation initiation of hepatitis C and classical swine fever virus RNAs JO - Genes Dev VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gad.12.1.67 DO - 10.1101/gad.12.1.67 ID - Pestova1998 ER - TY - JOUR AU - Laletina, E. AU - Graifer, D. AU - Malygin, A. AU - Ivanov, A. AU - Shatsky, I. AU - Karpova, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteins surrounding hairpin IIIe of the hepatitis C virus internal ribosome entry site on the human 40S ribosomal subunit JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl155 DO - 10.1093/nar/gkl155 ID - Laletina2006 ER - TY - JOUR AU - Otto, G. A. AU - Lukavsky, P. J. AU - Lancaster, A. M. AU - Sarnow, P. AU - Puglisi, J. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Ribosomal proteins mediate the hepatitis C virus IRES-HeLa 40S interaction JO - RNA VL - 8 UR - https://doi.org/10.1017/S1355838202022057 DO - 10.1017/S1355838202022057 ID - Otto2002 ER - TY - JOUR AU - Bohning, D. AU - Malzahn, U. AU - Dietz, E. AU - Schlattmann, P. AU - Viwatwongkasem, C. AU - Biggeri, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Some general points in estimating heterogeneity variance with the DerSimonian-Laird estimator JO - Biostatistics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/3.4.445 DO - 10.1093/biostatistics/3.4.445 ID - Bohning2002 ER - TY - JOUR AU - DerSimonian, R. AU - Laird, N. M. PY - 1986 DA - 1986// TI - Meta-analysis in clinical trials JO - Controlled Clinincal Trials VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/0197-2456(86)90046-2 DO - 10.1016/0197-2456(86)90046-2 ID - DerSimonian1986 ER - TY - JOUR AU - Borozan, I. AU - Chen, L. AU - Sun, J. AU - Tannis, L. L. AU - Guindi, M. AU - Rotstein, O. D. AU - Heathcote, J. AU - Edwards, A. M. AU - Grant, D. AU - McGilvray, I. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene expression profiling of acute liver stress during living donor liver transplantation JO - Am J Transplant VL - 6 UR - https://doi.org/10.1111/j.1600-6143.2006.01254.x DO - 10.1111/j.1600-6143.2006.01254.x ID - Borozan2006 ER - TY - JOUR AU - Chen, L. AU - Borozan, I. AU - Feld, J. AU - Sun, J. AU - Tannis, L. L. AU - Coltescu, C. AU - Heathcote, J. AU - Edwards, A. M. AU - McGilvray, I. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Hepatic gene expression discriminates responders and nonresponders in treatment of chronic hepatitis C viral infection JO - Gastroenterology VL - 128 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2005.01.059 DO - 10.1053/j.gastro.2005.01.059 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Weng, L. AU - Dai, H. AU - Zhan, Y. AU - He, Y. AU - Stepaniants, S. B. AU - Bassett, D. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Rosetta error model for gene expression analysis JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl045 DO - 10.1093/bioinformatics/btl045 ID - Weng2006 ER - TY - JOUR AU - Storey, J. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - A direct approach to false discovery rates JO - Journal of the Royal Statistical Society VL - 64 UR - https://doi.org/10.1111/1467-9868.00346 DO - 10.1111/1467-9868.00346 ID - Storey2002 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J R Statist Soc B VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance Analysis of Microarrays Applied to the Ionizing Radiation Response JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - JOUR AU - Kim, K. Y. AU - Ki, D. H. AU - Jeong, H. J. AU - Jeung, H. C. AU - Chung, H. C. AU - Rha, S. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Novel and simple transformation algorithm for combining microarray data sets JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-218 DO - 10.1186/1471-2105-8-218 ID - Kim2007 ER - TY - CHAP AU - Chen, L. AU - Borozan, I. AU - Milkiewicz, P. AU - Sun, J. AU - Meng, X. AU - Coltescu, C. AU - Edwards, A. M. AU - Ostrowski, M. A. AU - Guindi, M. AU - Heathcote, E. J. AU - McGilvray, I. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene expression profiling of early primary biliary cirrhosis: possible insights into the mechanism of action of ursodeoxycholic acid BT - Liver Int ID - Chen2008 ER -