TY - STD TI - [http://cran.r-project.org/] UR - http://cran.r-project.org/ ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Cooper, D. N. AU - Krawczak, M. PY - 1989 DA - 1989// TI - Cytosine methylation and the fate of CpG dinucleotides in vertebrate genomes JO - Hum Genet VL - 83 UR - https://doi.org/10.1007/BF00286715 DO - 10.1007/BF00286715 ID - Cooper1989 ER - TY - JOUR AU - Bird, A. P. PY - 1986 DA - 1986// TI - CpG-rich islands and the function of DNA methylation JO - Nature VL - 321 UR - https://doi.org/10.1038/321209a0 DO - 10.1038/321209a0 ID - Bird1986 ER - TY - JOUR AU - Antequera, F. AU - Bird, A. PY - 1993 DA - 1993// TI - Number of CpG islands and genes in human and mouse JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 90 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.90.24.11995 DO - 10.1073/pnas.90.24.11995 ID - Antequera1993 ER - TY - JOUR AU - Huang, T. H. AU - Perry, M. R. AU - Laux, D. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Methylation profiling of CpG islands in human breast cancer cells JO - Hum Mol Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/8.3.459 DO - 10.1093/hmg/8.3.459 ID - Huang1999 ER - TY - JOUR AU - Yan, P. S. AU - Chen, C. M. AU - Shi, H. AU - Rahmatpanah, F. AU - Wei, S. H. AU - Caldwell, C. W. AU - Huang, T. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Dissecting complex epigenetic alterations in breast cancer using CpG island microarrays JO - Cancer Res VL - 61 ID - Yan2001 ER - TY - JOUR AU - Wei, S. H. AU - Chen, C. M. AU - Strathdee, G. AU - Harnsomburana, J. AU - Shyu, C. R. AU - Rahmatpanah, F. AU - Shi, H. AU - Ng, S. W. AU - Yan, P. S. AU - Nephew, K. P. AU - Brown, R. AU - Huang, T. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Methylation microarray analysis of late-stage ovarian carcinomas distinguishes progression-free survival in patients and identifies candidate epigenetic markers JO - Clin Cancer Res VL - 8 ID - Wei2002 ER - TY - JOUR AU - Yan, P. S. AU - Chen, C. M. AU - Shi, H. AU - Rahmatpanah, F. AU - Wei, S. H. AU - Huang, T. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Applications of CpG island microarrays for high-throughput analysis of DNA methylation JO - J Nutr VL - 132 ID - Yan2002 ER - TY - JOUR AU - Yan, P. S. AU - Efferth, T. AU - Chen, H. L. AU - Lin, J. AU - Rodel, F. AU - Fuzesi, L. AU - Huang, T. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Use of CpG island microarrays to identify colorectal tumors with a high degree of concurrent methylation JO - Methods VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/S1046-2023(02)00070-1 DO - 10.1016/S1046-2023(02)00070-1 ID - Yan2002 ER - TY - JOUR AU - Yan, P. S. AU - Wei, S. H. AU - Huang, T. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Differential methylation hybridization using CpG island arrays JO - Methods Mol Biol VL - 200 ID - Yan2002 ER - TY - JOUR AU - Rahmatpanah, F. B. AU - Carstens, S. AU - Guo, J. AU - Sjahputera, O. AU - Taylor, K. H. AU - Duff, D. AU - Shi, H. AU - Davis, J. W. AU - Hooshmand, S. I. AU - Chitma-Matsiga, R. AU - Caldwell, C. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Differential DNA methylation patterns of small B-cell lymphoma subclasses with different clinical behavior JO - Leukemia VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/sj.leu.2404345 DO - 10.1038/sj.leu.2404345 ID - Rahmatpanah2006 ER - TY - JOUR AU - Zighelboim, I. AU - Goodfellow, P. J. AU - Schmidt, A. P. AU - Walls, K. C. AU - Mallon, M. A. AU - Mutch, D. G. AU - Yan, P. S. AU - Huang, T. H. AU - Powell, M. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Differential methylation hybridization array of endometrial cancers reveals two novel cancer-specific methylation markers JO - Clin Cancer Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-06-2367 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-06-2367 ID - Zighelboim2007 ER - TY - JOUR AU - Nouzova, M. AU - Holtan, N. AU - Oshiro, M. M. AU - Isett, R. B. AU - Munoz-Rodriguez, J. L. AU - List, A. F. AU - Narro, M. L. AU - Miller, S. J. AU - Merchant, N. C. AU - Futscher, B. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Epigenomic changes during leukemia cell differentiation: analysis of histone acetylation and cytosine methylation using CpG island microarrays JO - J Pharmacol Exp Ther VL - 311 UR - https://doi.org/10.1124/jpet.104.072488 DO - 10.1124/jpet.104.072488 ID - Nouzova2004 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - JOUR AU - Tibshirani, R. AU - Hastie, T. AU - Narasimhan, B. AU - Chu, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Diagnosis of multiple cancer types by shrunken centroids of gene expression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.082099299 DO - 10.1073/pnas.082099299 ID - Tibshirani2002 ER - TY - JOUR AU - Leamey, C. A. AU - Glendining, K. A. AU - Kreiman, G. AU - Kang, N. D. AU - Wang, K. H. AU - Fassler, R. AU - Sawatari, A. AU - Tonegawa, S. AU - Sur, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Differential gene expression between sensory neocortical areas: potential roles for Ten_m3 and Bcl6 in patterning visual and somatosensory pathways JO - Cereb Cortex VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/cercor/bhm031 DO - 10.1093/cercor/bhm031 ID - Leamey2008 ER - TY - JOUR AU - Flavell, J. R. AU - Baumforth, K. R. AU - Wood, V. H. AU - Davies, G. L. AU - Wei, W. AU - Reynolds, G. M. AU - Morgan, S. AU - Boyce, A. AU - Kelly, G. L. AU - Young, L. S. AU - Murray, P. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Down-regulation of the TGF-beta target gene, PTPRK, by the Epstein-Barr virus encoded EBNA1 contributes to the growth and survival of Hodgkin lymphoma cells JO - Blood VL - 111 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2006-11-059881 DO - 10.1182/blood-2006-11-059881 ID - Flavell2008 ER - TY - JOUR AU - Lau, S. K. AU - Boutros, P. C. AU - Pintilie, M. AU - Blackhall, F. H. AU - Zhu, C. Q. AU - Strumpf, D. AU - Johnston, M. R. AU - Darling, G. AU - Keshavjee, S. AU - Waddell, T. K. AU - Liu, N. AU - Lau, D. AU - Penn, L. Z. AU - Shepherd, F. A. AU - Jurisica, I. AU - Der, S. D. AU - Tsao, M. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Three-gene prognostic classifier for early-stage non small-cell lung cancer JO - J Clin Oncol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2007.12.0352 DO - 10.1200/JCO.2007.12.0352 ID - Lau2007 ER - TY - JOUR AU - Lapointe, J. AU - Li, C. AU - Giacomini, C. P. AU - Salari, K. AU - Huang, S. AU - Wang, P. AU - Ferrari, M. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Brooks, J. D. AU - Pollack, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genomic profiling reveals alternative genetic pathways of prostate tumorigenesis JO - Cancer Res VL - 67 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-07-0673 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-07-0673 ID - Lapointe2007 ER - TY - JOUR AU - Goold, R. AU - Hubank, M. AU - Hunt, A. AU - Holton, J. AU - Menon, R. P. AU - Revesz, T. AU - Pandolfo, M. AU - Matilla-Duenas, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Down-regulation of the dopamine receptor D2 in mice lacking ataxin 1 JO - Hum Mol Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddm162 DO - 10.1093/hmg/ddm162 ID - Goold2007 ER - TY - JOUR AU - Cheishvili, D. AU - Maayan, C. AU - Smith, Y. AU - Ast, G. AU - Razin, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - IKAP/hELP1 deficiency in the cerebrum of familial dysautonomia patients results in down regulation of genes involved in oligodendrocyte differentiation and in myelination JO - Hum Mol Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddm157 DO - 10.1093/hmg/ddm157 ID - Cheishvili2007 ER - TY - JOUR AU - Wei, S. H. AU - Balch, C. AU - Paik, H. H. AU - Kim, Y. S. AU - Baldwin, R. L. AU - Liyanarachchi, S. AU - Li, L. AU - Wang, Z. AU - Wan, J. C. AU - Davuluri, R. V. AU - Karlan, B. Y. AU - Gifford, G. AU - Brown, R. AU - Kim, S. AU - Huang, T. H. AU - Nephew, K. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Prognostic DNA methylation biomarkers in ovarian cancer JO - Clin Cancer Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-05-1551 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-05-1551 ID - Wei2006 ER - TY - JOUR AU - Anthoney, D. A. AU - McIlwrath, A. J. AU - Gallagher, W. M. AU - Edlin, A. R. AU - Brown, R. PY - 1996 DA - 1996// TI - Microsatellite instability, apoptosis, and loss of p53 function in drug-resistant tumor cells JO - Cancer Res VL - 56 ID - Anthoney1996 ER - TY - JOUR AU - Maekawa, M. AU - Taniguchi, T. AU - Higashi, H. AU - Sugimura, H. AU - Sugano, K. AU - Kanno, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Methylation of mitochondrial DNA is not a useful marker for cancer detection JO - Clin Chem VL - 50 UR - https://doi.org/10.1373/clinchem.2004.035139 DO - 10.1373/clinchem.2004.035139 ID - Maekawa2004 ER - TY - CHAP AU - Simon, R. M. AU - Korn, E. L. AU - McShane, L. M. AU - Radmacher, M. D. AU - Wright, G. W. AU - Zhao, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Design and Analysis of DNA Microarray Investigations BT - Statistics for Biology and Health PB - Springer CY - New York ID - Simon2003 ER - TY - JOUR AU - Herman, J. G. AU - Graff, J. R. AU - Myohanen, S. AU - Nelkin, B. D. AU - Baylin, S. B. PY - 1996 DA - 1996// TI - Methylation-specific PCR: a novel PCR assay for methylation status of CpG islands JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.18.9821 DO - 10.1073/pnas.93.18.9821 ID - Herman1996 ER - TY - JOUR AU - Wei, S. H. AU - Brown, R. AU - Huang, T. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Aberrant DNA methylation in ovarian cancer: is there an epigenetic predisposition to drug response? JO - Ann N Y Acad Sci VL - 983 UR - https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2003.tb05979.x DO - 10.1111/j.1749-6632.2003.tb05979.x ID - Wei2003 ER - TY - CHAP AU - Tukey, J. W. PY - 1977 DA - 1977// BT - Exploratory Data Analysis PB - Addison-Wesley CY - Rading Massachusetts ID - Tukey1977 ER - TY - CHAP AU - Wilcox, R. R. ED - Holland, B. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Robust Regression BT - Robust Esitmation and Hypothesis Testing PB - Elsevier Academic Press CY - London ID - Wilcox2005 ER - TY - CHAP AU - Wilcox, R. R. ED - Holland, B. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Estimating Measures of Location and Scale BT - Robust Esitmation and Hypothesis Testing PB - Elsevier Academic Press CY - London ID - Wilcox2005 ER - TY - JOUR AU - Gardiner-Garden, M. AU - Frommer, M. PY - 1987 DA - 1987// TI - CpG islands in vertebrate genomes JO - J Mol Biol VL - 196 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(87)90689-9 DO - 10.1016/0022-2836(87)90689-9 ID - Gardiner-Garden1987 ER -