A genetic approach for building different alphabets for peptide and protein classification

BMC Bioinformatics

Table 4 Error Rate in the 5 datasets.

Error Rate		N = 1, S = 20	N = 2, S = 20	N = 2, S = 8	N = 1, S = 8	N = 2, S = 4	N = 1, S = 4	FUS1	FUS2
HIV1	Baseline	0.133	0.105	0.187	0.295	0.211	0.339	0.153	0.156
	GA(5) _HP	0.133	0.105	0.117	0.165	0.117	0.21	0.105	0.100
HIV2	Baseline	0.145	0.054	0.107	0.219	0.179	0.219	0.153	0.157
	GA(5) _HP	0.145	0.054	0.137	0.24	0.208	0.24	0.147	0.149
PEP	Baseline	0.215	0.17	0.225	0.215	0.215	0.215	0.175	0.175
	GA(5) _HP	0.215	0.17	0.120	0.15	0.15	0.15	0.15	0.15
VAC1	Baseline	0.120	0.12	0.114	0.15	0.14	0.16	0.131	0.129
	GA(5) _HP	0.120	0.12	0.108	0.188	0.187	0.188	0.107	0.110
VAC2	Baseline	0.210	0.17	0.173	0.3	0.285	0.311	0.285	0.275
	GA(5) _HP	0.210	0.17	0.17	0.31	0.2515	0.310	0.15	0.15

ISSN: 1471-2105