TY - CHAP PY - 2004 DA - 2004// BT - R: A Language and Environment for Statistical Computing ID - ref1 ER - TY - STD TI - GeneSpring GX Workgroup[http://www.chem.agilent.com/scripts/pds.asp?lpage=34668] UR - http://www.chem.agilent.com/scripts/pds.asp?lpage=34668 ID - ref2 ER - TY - STD TI - Resolver[http://www.rosettabio.com/products/resolver] UR - http://www.rosettabio.com/products/resolver ID - ref3 ER - TY - CHAP AU - Kapushesky, M. AU - Kemmeren, P. AU - Culhane, A. C. AU - Durinck, S. AU - Ihmels, J. AU - Krner, C. AU - Kull, M. AU - Torrente, A. AU - Sarkans, U. AU - Vilo, J. AU - Brazma, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Expression Profiler: next generation-an online platform for analysis of microarray data BT - Nucleic Acids Research ID - Kapushesky2004 ER - TY - JOUR AU - Reich, M. AU - Liefeld, T. AU - Gould, J. AU - Lerner, J. AU - Tamayo, P. AU - Mesirov, J. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - GenePattern 2.0 JO - Nature Genetics VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng0506-500 DO - 10.1038/ng0506-500 ID - Reich2006 ER - TY - JOUR AU - Theilhaber, J. AU - Ulyanov, A. AU - Malanthara, A. AU - Cole, J. AU - Xu, D. AU - Nahf, R. AU - Heuer, M. AU - Brockel, C. AU - Bushnell, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - GECKO: a complete large-scale gene expression analysis platform JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-195 DO - 10.1186/1471-2105-5-195 ID - Theilhaber2004 ER - TY - STD TI - OpenLaszlo[http://www.openlaszlo.org/] UR - http://www.openlaszlo.org/ ID - ref7 ER - TY - STD TI - Millward Brown Methodology for Adobe plug-in technology study[http://www.adobe.com/products/player_census/methodology/] UR - http://www.adobe.com/products/player_census/methodology/ ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biology VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - STD TI - Rserve[http://rosuda.org/Rserve/] UR - http://rosuda.org/Rserve/ ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Hull, D. AU - Wolstencroft, K. AU - Stevens, R. AU - Goble, C. AU - Pocock, M. R. AU - Li, P. AU - Oinn, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Taverna: a tool for building and running workflows of services JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl320 DO - 10.1093/nar/gkl320 ID - Hull2006 ER - TY - STD TI - PLR[http://joeconway.com/plr/] UR - http://joeconway.com/plr/ ID - ref12 ER - TY - STD TI - Affymetrix Power Tools[http://www.affymetrix.com/support/developer/powertools/changelog/index.html] UR - http://www.affymetrix.com/support/developer/powertools/changelog/index.html ID - ref13 ER - TY - STD TI - GridEngine[http://gridengine.sunsource.net/] UR - http://gridengine.sunsource.net/ ID - ref14 ER - TY - STD TI - Condor[http://www.cs.wisc.edu/condor/] UR - http://www.cs.wisc.edu/condor/ ID - ref15 ER - TY - STD TI - GridSAM[http://gridsam.sourceforge.net/] UR - http://gridsam.sourceforge.net/ ID - ref16 ER - TY - STD TI - OMII[http://www.omii.ac.uk/] UR - http://www.omii.ac.uk/ ID - ref17 ER - TY - STD TI - EVO[http://evo.caltech.edu] UR - http://evo.caltech.edu ID - ref18 ER - TY - STD TI - NetMeeting[http://www.microsoft.com/netmeeting] UR - http://www.microsoft.com/netmeeting ID - ref19 ER - TY - STD TI - VNC[http://www.realvnc.com] UR - http://www.realvnc.com ID - ref20 ER - TY - STD TI - VRVS[http://evo.caltech.edu/evoGate/] UR - http://evo.caltech.edu/evoGate/ ID - ref21 ER - TY - STD TI - WebEx[http://www.webex.com] UR - http://www.webex.com ID - ref22 ER - TY - STD TI - Copilot[https://www.copilot.com/] UR - https://www.copilot.com/ ID - ref23 ER - TY - STD TI - Red5[http://www.osflash.org/red5] UR - http://www.osflash.org/red5 ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Navarange, M. AU - Game, L. AU - Fowler, D. AU - Wadekar, V. AU - Banks, H. AU - Cooley, N. AU - Rahman, F. AU - Hinshelwood, J. AU - Broderick, P. AU - Causton, H. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - MiMiR: a comprehensive solution for storage, annotation and exchange of microarray data JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-268 DO - 10.1186/1471-2105-6-268 ID - Navarange2005 ER - TY - JOUR AU - Tomlinson, C. AU - Dennis, J. L. AU - Thimma, M. AU - Alexandrakis, S. AU - Castillo, T. AU - Brooks, A. AU - Bradley, T. AU - Turnbull, C. AU - Blaveri, E. AU - Barton, G. AU - Chiba, N. AU - Aitman, T. AU - Game, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - MiMiR – an integrated platform for microarray data sharing, mining and analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-379 DO - 10.1186/1471-2105-9-379 ID - Tomlinson2008 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. AU - Domrachev, M. AU - Lash, A. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.207 DO - 10.1093/nar/30.1.207 ID - Edgar2002 ER - TY - JOUR AU - Day, A. AU - Carlson, M. R. AU - Dong, J. AU - O'Connor, B. D. AU - Nelson, S. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Celsius: a community resource for Affymetrix microarray data JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-6-r112 DO - 10.1186/gb-2007-8-6-r112 ID - Day2007 ER - TY - STD TI - Parkinson H, Kapushesky M, Shojatalab M, Abeygunawardena N, Coulson R, Farne A, Holloway E, Kolesnykov N, Lilja P, Lukk M, Mani R, Rayner T, Sharma A, William E, Sarkans U, Brazma A: ArrayExpress – a public database of microarray experiments and gene expression profiles. Nucleic Acids Res 2007, (35 Database):D747–50. ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Wilson, C. L. AU - Miller, C. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Simpleaffy: a BioConductor package for Affymetrix Quality Control and data analysis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti605 DO - 10.1093/bioinformatics/bti605 ID - Wilson2005 ER - TY - JOUR AU - Raffelsberger, W. AU - Krause, Y. AU - Moulinier, L. AU - Kieffer, D. AU - Morand, A. -. L. AU - Brino, L. AU - Poch, O. PY - 2008 DA - 2008// TI - RReportGenerator: automatic reports from routine statistical analysis using R JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm556 DO - 10.1093/bioinformatics/btm556 ID - Raffelsberger2008 ER - TY - STD TI - Kauffmann A, Huber W: arrayQualityMetrics.[http://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/html/arrayQualityMetrics.html] UR - http://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/html/arrayQualityMetrics.html ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Hubbell, E. AU - Liu, W. M. AU - Mei, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Robust estimators for expression analysis JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.12.1585 DO - 10.1093/bioinformatics/18.12.1585 ID - Hubbell2002 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Hobbs, B. AU - Collin, F. AU - Beazer-Barclay, Y. D. AU - Antonellis, K. J. AU - Scherf, U. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data JO - Biostatistics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/4.2.249 DO - 10.1093/biostatistics/4.2.249 ID - Irizarry2003 ER - TY - CHAP PY - 2005 DA - 2005// TI - Guide to Probe Logarithmic Intensity Error (PLIER) Estimation BT - Affymetrix I PB - Santa Clara CY - CA ID - ref35 ER - TY - CHAP AU - Smyth, G. K. ED - Gentleman, R. ED - Carey, V. ED - Dudoit, S. ED - Irizarry, R. ED - Huber, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Limma: linear models for microarray data BT - Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-29362-0_23 DO - 10.1007/0-387-29362-0_23 ID - Smyth2005 ER - TY - JOUR AU - Okoniewski, M. J. AU - Yates, T. AU - Dibben, S. AU - Miller, C. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - An annotation infrastructure for the analysis and interpretation of Affymetrix exon array data JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-5-r79 DO - 10.1186/gb-2007-8-5-r79 ID - Okoniewski2007 ER - TY - JOUR AU - Safran, M. AU - Chalifa-Caspi, V. AU - Shmueli, O. AU - Olender, T. AU - Lapidot, M. AU - Rosen, N. AU - Shmoish, M. AU - Peter, Y. AU - Glusman, G. AU - Feldmesser, E. AU - Adato, A. AU - Peter, I. AU - Khen, M. AU - Atarot, T. AU - Groner, Y. AU - Lancet, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human Gene-Centric Databases at the Weizmann Institute of Science: GeneCards, UDB, CroW 21 and HORDE JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg050 DO - 10.1093/nar/gkg050 ID - Safran2003 ER - TY - JOUR AU - Durinck, S. AU - Moreau, Y. AU - Kasprzyk, A. AU - Davis, S. AU - De Moor, B. AU - Brazma, A. AU - Huber, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - BioMart and Bioconductor: a powerful link between biological databases and microarray data analysis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti525 DO - 10.1093/bioinformatics/bti525 ID - Durinck2005 ER - TY - STD TI - Affymetrix Exon Annotation Files[http://www.affymetrix.com/support/technical/annotationfilesmain.affx] UR - http://www.affymetrix.com/support/technical/annotationfilesmain.affx ID - ref40 ER - TY - STD TI - BASE[http://base.thep.lu.se/] UR - http://base.thep.lu.se/ ID - ref41 ER - TY - CHAP AU - Demeter, J. AU - Beauheim, C. AU - Gollub, J. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Jin, H. AU - Maier, D. AU - Matese, J. C. AU - Nitzberg, M. AU - Wymore, F. AU - Zachariah, Z. K. AU - Brown, P. O. AU - Sherlock, G. AU - Ball, C. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Stanford Microarray Database: implementation of new analysis tools and open source release of software BT - Nucleic Acids Res ID - Demeter2007 ER - TY - JOUR AU - Saeed, A. I. AU - Sharov, V. AU - White, J. AU - Li, J. AU - Liang, W. AU - Bhagabati, N. AU - Braisted, J. AU - Klapa, M. AU - Currier, T. AU - Thiagarajan, M. AU - Sturn, A. AU - Snuffin, M. AU - Rezantsev, A. AU - Popov, D. AU - Ryltsov, A. AU - Kostukovich, E. AU - Borisovsky, I. AU - Liu, Z. AU - Vinsavich, A. AU - Trush, V. AU - Quackenbush, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - TM4: a free, open-source system for microarray data management and analysis JO - Biotechniques VL - 34 ID - Saeed2003 ER -