TY - STD TI - Mpeak software[http://www.stat.ucla.edu/~zmdl/mpeak] UR - http://www.stat.ucla.edu/~zmdl/mpeak ID - ref1 ER - TY - STD TI - Python (v2.5.1)[http://www.python.org] UR - http://www.python.org ID - ref2 ER - TY - STD TI - Apache[http://www.apache.org] UR - http://www.apache.org ID - ref3 ER - TY - STD TI - PostgreSQL[http://www.postgresql.org] UR - http://www.postgresql.org ID - ref4 ER - TY - STD TI - PygreSQL[http://www.druid.net/pygresql] UR - http://www.druid.net/pygresql ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at UCSC JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 DO - 10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 ID - Kent2002 ER - TY - STD TI - Galaxy[http://main.g2.bx.psu.edu/] UR - http://main.g2.bx.psu.edu/ ID - ref7 ER - TY - STD TI - Biomart[http://www.biomart.org/] UR - http://www.biomart.org/ ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Ji, X. AU - Li, W. AU - Song, J. AU - Wei, L. AU - Liu, X. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - CEAS: cis-regulatory element annotation system JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl322 DO - 10.1093/nar/gkl322 ID - Ji2006 ER - TY - JOUR AU - Ji, H. AU - Jiang, H. AU - Ma, W. AU - Johnson, D. S. AU - Myers, R. M. AU - Wong, W. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1505 DO - 10.1038/nbt.1505 ID - Ji2008 ER - TY - STD TI - GFF Format[http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/GFF_Spec.shtml] UR - http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/GFF_Spec.shtml ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Su, A. I. AU - Wiltshire, T. AU - Batalov, S. AU - Lapp, H. AU - Ching, K. A. AU - Block, D. AU - Zhang, J. AU - Soden, R. AU - Hayakawa, M. AU - Kreiman, G. AU - Cooke, M. P. AU - Walker, J. R. AU - Hogenesch, J. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0400782101 DO - 10.1073/pnas.0400782101 ID - Su2004 ER - TY - JOUR AU - Perez-Iratxeta, C. AU - Palidwor, G. AU - Porter, C. J. AU - Sanche, N. A. AU - Huska, M. R. AU - Suomela, B. P. AU - Muro, E. M. AU - Krzyzanowski, P. M. AU - Hughes, E. AU - Campbell, P. A. AU - Rudnicki, M. A. AU - Andrade, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Study of stem cell function using microarray experiments JO - FEBS Lett VL - 579 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2005.02.020 DO - 10.1016/j.febslet.2005.02.020 ID - Perez-Iratxeta2005 ER - TY - JOUR AU - Furey, T. S. AU - Haussler, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Integration of the cytogenetic map with the draft human genome sequence JO - Hum Mol Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddg113 DO - 10.1093/hmg/ddg113 ID - Furey2003 ER - TY - STD TI - ENCODE Project[http://www.genome.gov/10005107] UR - http://www.genome.gov/10005107 ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Martianov, I. AU - Viville, S. AU - Davidson, I. PY - 2002 DA - 2002// TI - RNA polymerase II transcription in murine cells lacking the TATA binding protein JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1076327 DO - 10.1126/science.1076327 ID - Martianov2002 ER - TY - JOUR AU - Muller, F. AU - Tora, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - The multicoloured world of promoter recognition complexes JO - Embo J VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7600027 DO - 10.1038/sj.emboj.7600027 ID - Muller2004 ER -