Table 4 Comparison of the predictive performance of Pep-3D-Search with different distance parameters (CA).

CA (distance threshold = 6.5)

TP/PE

5/5

2/10

13/42

10/43

18/36*

7/31

2/10*

0/20

12/31

13/31

MCC

0.1119

-0.0014

0.1887

0.2033

0.1664

0.1015

0.019

-0.0367

0.262

0.1889

0.1204

Sensitivity

1.0

0.2

0.3095

0.2326

0.5

0.2258

0.2

0.0

0.3871

0.4194

0.3474

Precision

0.2381

0.1053

0.8667

0.9091

0.9

0.4375

0.1333

0.0

0.75

0.5417

0.4882

CA (distance threshold = 7)

TP/PE

19/40

7/13*

10/39

11/36

20/35*

6/47

10/25

12/36

10/39

13/39

MCC

0.3902

0.1442

0.1394

0.2285

0.1856

0.0356

0.1030

0.2153

0.1643

0.152

0.1758

Sensitivity

0.475

0.5833

0.2564

0.3056

0.5714

0.1277

0.4

0.3333

0.2564

0.3333

0.3642

Precision

0.9048

0.3684

0.6667

1.0

1.0

0.375

0.6667

0.8

0.625

0.5417

0.6948

CA (distance threshold = 7.5)

TP/PE

19/38

12/27*

10/45

9/33

18/40

0/36

7/25

12/36

9/37

9/36

MCC

0.3947

0.2349

0.1374

0.1812

0.1662

-0.0895

0.0704

0.2153

0.1332

0.0411

0.1485

Sensitivity

0.5

0.4444

0.2222

0.2727

0.45

0.0

0.28

0.3333

0.2432

0.25

0.2996

Precision

0.9048

0.6316

0.6667

0.8182

0.9

0.0

0.4667

0.8

0.5625

0.375

0.6126

CA (distance threshold = 8)

TP/PE

20/39

12/28*

10/40

10/35

17/36

0/37

5/26

13/35

8/39

5/32

MCC

0.4248

0.2309

0.1391

0.2047

0.1565

-0.1144

0.0484

0.2378

0.0822

-0.065

0.1345

Sensitivity

0.5128

0.4286

0.25

0.2857

0.4722

0.0

0.1923

0.3714

0.2051

0.1563

0.2874

Precision

0.9524

0.6316

0.6667

0.9091

0.85

0.0

0.3333

0.8667

0.5

0.2083

0.5918