TY - STD TI - Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry[http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/] UR - http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/ ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Kotera, M. AU - Okuno, Y. AU - Hattori, M. AU - Goto, S. AU - Kanehisa, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Computational Assignment of the EC Numbers for Genomic-Scale Analysis of Enzymatic Reactions JO - Journal of the American Chemical Society VL - 126 UR - https://doi.org/10.1021/ja0466457 DO - 10.1021/ja0466457 ID - Kotera2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - BOOK AU - Durbin, R. AU - Eddy, S. R. AU - Krogh, A. AU - Mitcison, G. PY - 1998 DA - 1998// TI - Biological sequence analysis: probabilistic models of protein and nucleic acids UR - https://doi.org/10.1017/CBO9780511790492 DO - 10.1017/CBO9780511790492 ID - Durbin1998 ER - TY - JOUR AU - Papin, J. A. AU - Price, N. D. AU - Wiback, S. J. AU - Fell, D. A. AU - Palsson, B. O. PY - 2003 DA - 2003// TI - Towards quantitative biology: Integration of biological information to elucidate disease pathways and to guide drug discovery JO - Biotechnology Annual Review VL - 11 ID - Papin2003 ER - TY - JOUR AU - Fitch, W. M. PY - 1970 DA - 1970// TI - Distinguishing homologous from analogous proteins JO - Systematic Zoology VL - 19 UR - https://doi.org/10.2307/2412448 DO - 10.2307/2412448 ID - Fitch1970 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Walker, D. R. AU - Koonin, E. V. PY - 1998 DA - 1998// TI - Analogous enzymes: independent inventions in enzyme evolution JO - Genome Res VL - 8 ID - Galperin1998 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Koonin, E. V. PY - 1999 DA - 1999// TI - Functional genomics and enzyme evolution. Homologous and analogous enzymes encoded in microbial genomes JO - Genetica VL - 106 UR - https://doi.org/10.1023/A:1003705601428 DO - 10.1023/A:1003705601428 ID - Galperin1999 ER - TY - JOUR AU - Morett, E. AU - Korbel, J. O. AU - Rajan, E. AU - Saab-Rincon, G. AU - Olvera, L. AU - Olvera, M. AU - Schmidt, S. AU - Snel, B. AU - Bork, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Systematic discovery of analogous enzymes in thiamin biosynthesis JO - Nat Biotechnol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nbt834 DO - 10.1038/nbt834 ID - Morett2003 ER - TY - JOUR AU - Berriman, M. AU - Ghedin, E. AU - Hertz-Fowler, C. AU - Blandin, G. AU - Renauld, H. AU - Bartholomeu, D. C. AU - Lennard, N. J. AU - Caler, E. AU - Hamlin, N. E. AU - Haas, B. AU - Hannick, L. AU - Aslett, M. A. AU - Shallom, J. AU - Marcello, L. AU - Hou, L. AU - Wickstead, B. AU - Alsmark, U. C. M. AU - Arrowsmith, C. AU - Atkin, R. J. AU - Barron, A. J. AU - Bringaud, F. AU - Brooks, K. AU - Carrington, M. AU - Cherevach, I. AU - Chillingworth, T. J. AU - Churcher, C. AU - Clark, L. N. AU - Corton, C. H. AU - Cronin, A. AU - Aavies, R. M. AU - Doggett, J. AU - Djikeng, A. AU - Feldblyum, T. AU - Field, M. C. AU - Fraser, A. AU - Goodhead, I. AU - Hance, Z. AU - Harper, D. AU - Harris, B. R. AU - Hauser, H. AU - Hostetler, J. AU - Ivens, A. AU - Jagels, K. AU - Johnson, D. AU - Johnson, J. AU - Jones, K. AU - Kerhornou, A. X. AU - Koo, H. AU - Larke, N. AU - Landfear, S. AU - Larkin, C. AU - Leech, V. AU - Line, A. AU - Lord, A. AU - Macleod, A. AU - Mooney, P. J. AU - Moule, S. AU - Martin, D. M. A. AU - Morgan, G. W. AU - Mungall, K. AU - Norbertczak, H. AU - Ormond, D. AU - Pai, G. AU - Peacock, C. S. AU - Peterson, J. AU - Quail, M. A. AU - Rabbinowitsch, E. AU - Rajandream, M. A. AU - Reitter, C. AU - Salzberg, S. L. AU - Sanders, M. AU - Schobel, S. AU - Sharp, S. AU - Simmonds, M. AU - Simpson, A. J. AU - Tallon, L. AU - Turner, C. M. R. AU - Tait, A. AU - Tivey, A. R. AU - Aken, S. V. AU - Walker, D. AU - Wanless, D. AU - Wang, S. AU - White, B. AU - White, O. AU - Whitehead, S. AU - Woodward, J. AU - Wortman, J. AU - Adams, M. D. AU - Embley, T. M. AU - Gull, K. AU - Ullu, E. AU - Barry, J. D. AU - Fairlamb, A. H. AU - Opperdoes, F. AU - Barrell, B. G. AU - Donelson, J. E. AU - Hall, N. AU - Fraser, C. M. AU - Melville, S. E. AU - El-Sayed, N. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Genome of the African Trypanosome Trypanosoma brucei JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112642 DO - 10.1126/science.1112642 ID - Berriman2005 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. AU - Hattori, M. AU - Aoki-Kinoshita, K. F. AU - Itoh, M. AU - Kawashima, S. AU - Katayama, T. AU - Araki, M. AU - Hirakawa, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj102 DO - 10.1093/nar/gkj102 ID - Kanehisa2006 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Integrated pathway/genome databases and their role in drug discovery JO - Trends in Biotechnology VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-7799(99)01316-5 DO - 10.1016/S0167-7799(99)01316-5 ID - Karp1999 ER - TY - STD TI - Kegg ftp download[ftp://ftp.genome.ad.jp/pub/kegg/] UR - ftp://ftp.genome.ad.jp/pub/kegg/ ID - ref13 ER - TY - BOOK AU - Aho, A. V. AU - Hopcroft, J. E. AU - Ullman, J. D. PY - 1974 DA - 1974// TI - The Design and Analysis of Computer Algorithms. Addison-Wesley ID - Aho1974 ER - TY - BOOK AU - Cormen, T. T. AU - Leiserson, C. E. AU - Rivest, R. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Introduction to Algorithms ID - Cormen2001 ER - TY - STD TI - Color Objects in KEGG Pathways[http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html] UR - http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Clustal W: improving the sensitivity of progressive Multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and Weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Ivens, A. C. AU - Peacock, C. S. AU - Worthey, E. A. AU - Murphy, L. AU - Aggarwal, G. AU - Berriman, M. AU - Sisk, E. AU - Rajandream, M. A. AU - Adlem, E. AU - Aert, R. AU - Anupama, A. AU - Apostolou, Z. AU - Attipoe, P. AU - Bason, N. AU - Bauser, C. AU - Beck, A. AU - Beverley, S. M. AU - Bianchettin, G. AU - Borzym, K. AU - Bothe, G. AU - Bruschi, C. V. AU - Collins, M. AU - Cadag, E. AU - Ciarloni, L. AU - Clayton, C. AU - Coulson, R. M. R. AU - Cronin, A. AU - Cruz, A. K. AU - Davies, R. M. AU - Gaudenzi, J. D. AU - Dobson, D. E. AU - Duesterhoeft, A. AU - Fazelina, G. AU - Fosker, N. AU - Frasch, A. C. AU - Fraser, A. AU - Fuchs, M. AU - Gabel, C. AU - Goble, A. AU - Boffeau, A. AU - Harris, D. AU - Hertz-Fowler, C. AU - Hilbert, H. AU - Horn, D. AU - Huang, Y. AU - Klages, S. AU - Knights, A. AU - Kube, M. AU - Larke, N. AU - Litvin, L. AU - Lord, A. AU - Louie, T. AU - Marra, M. AU - Masuy, D. AU - Matthews, K. AU - Michaeli, S. AU - Mottram, J. C. AU - Muller-Auer, S. AU - Munden, H. AU - Nelson, S. AU - Norbertczak, H. AU - Oliver, K. AU - O'neil, S. AU - Pentony, M. AU - Pohl, T. M. AU - Price, C. AU - Purnelle, B. AU - Quail, M. A. AU - Rabbinowitsch, E. AU - Reinhardt, R. AU - Rieger, M. AU - Rinta, J. AU - Robben, J. AU - Robertson, L. AU - Ruiz, J. C. AU - Rutter, S. AU - Saunders, D. AU - Schr, M. AU - Schein, J. AU - Schwartz, D. C. AU - Seeger, K. AU - Seyler, A. AU - Sharp, S. AU - Shin, H. AU - Sivam, D. AU - Squares, R. AU - Squares, S. AU - Tosato, V. AU - Vogt, C. AU - Volckaert, G. AU - Wambutt, R. AU - Warren, T. AU - Wedler, H. AU - Woodward, J. AU - Zhou, S. AU - Zimmermann, W. AU - Smith, D. F. AU - Blackwell, J. M. AU - Stuart, K. D. AU - Barrell, B. AU - Myler, P. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the Kinetoplastid parasite, Leishmania major JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112680 DO - 10.1126/science.1112680 ID - Ivens2005 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Call for an enzyme genomics initiative JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-8-401 DO - 10.1186/gb-2004-5-8-401 ID - Karp2004 ER - TY - JOUR AU - Moriya, Y. AU - Itoh, M. AU - Okuda, S. AU - Yoshizawa, A. C. AU - Kanehisa, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - KAAS: an automatic genome annotation and Pathway reconstruction server JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm321 DO - 10.1093/nar/gkm321 ID - Moriya2007 ER - TY - JOUR AU - Wu, J. AU - Mao, X. AU - Cai, T. AU - Luo, J. AU - Wei, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - KOBAS server: a web-based platform for automated annotation And pathway identification JO - Nucleic Acids Res VL - 1 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl167 DO - 10.1093/nar/gkl167 ID - Wu2006 ER - TY - JOUR AU - Fischer, H. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Towards quantitative biology: Integration of biological information to elucidate Disease pathways and to guide drug discovery JO - Biotechnology Annual Review VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S1387-2656(05)11001-1 DO - 10.1016/S1387-2656(05)11001-1 ID - Fischer2005 ER - TY - JOUR AU - Stein, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome annotation: from sequence to biology JO - Nat Rev Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35080529 DO - 10.1038/35080529 ID - Stein2001 ER - TY - JOUR AU - Morett, E. AU - Korbel, J. O. AU - Rajan, E. AU - Saab-Rincon, G. AU - Olvera, L. AU - Olvera, M. AU - Schmidt, S. AU - Snel, B. AU - Bork, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Discovery of Analogous Enzymes in Thiamin Biosynthesis by Anticorrelation JO - Genome Informatics VL - 13 ID - Morett2002 ER - TY - JOUR AU - El-Sayed, N. M. AU - Myler, P. J. AU - Blandin, G. AU - Berriman, M. AU - Crabtree, J. AU - Aggarwal, G. AU - Caler, E. AU - Renauld, H. AU - Worthey, E. A. AU - Hertz-Fowler, C. AU - Ghedin, E. AU - Peacock, C. AU - Bartholomeu, D. C. AU - Haas, B. J. AU - Tran, A. N. AU - Wortman, J. R. AU - Alsmark, U. C. M. AU - Angiuoli, S. AU - Anupama, A. AU - Badger, J. AU - Bringaud, F. AU - Cadag, E. AU - Carlton, J. M. AU - Cerqueira, G. C. AU - Creasy, T. AU - Delcher, A. L. AU - Djikeng, A. AU - Embley, T. M. AU - Hauser, C. AU - Ivens, A. C. AU - Kummerfeld, S. K. AU - Pereira-Leal, J. B. AU - Nilsson, D. AU - Peterson, J. AU - Salzberg, S. L. AU - Shallom, J. AU - Silva, J. C. AU - Sundaram, J. AU - Westenberger, S. AU - White, O. AU - Melville, S. E. AU - Donelson, J. E. AU - Andersson, B. AU - Stuart, K. D. AU - Hall, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative Genomics of Trypanosomatid Parasitic Protozoa JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112181 DO - 10.1126/science.1112181 ID - El-Sayed2005 ER - TY - JOUR AU - Otto, T. D. AU - Catanho, M. AU - Degrave, W. AU - de Miranda, A. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - The PDTIS bioinformatics platform: from sequence to function JO - RECIIs VL - 1 ID - Otto2007 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, J. V. AU - Plaut, A. G. AU - Wright, A. PY - 1991 DA - 1991// TI - Analysis of the immunoglobulin A protease gene of Streptococcus sanguis JO - Infect Immun VL - 59 ID - Gilbert1991 ER - TY - JOUR AU - Dufresne, A. AU - Salanoubat, M. AU - Partensky, F. AU - Artiguenave, F. AU - Axmann, I. M. AU - Barbe, V. AU - Duprat, S. AU - Galperin, M. Y. AU - Koonin, E. V. AU - Gall, F. L. AU - Makarova, K. S. AU - Ostrowski, M. AU - Oztas, S. AU - Robert, C. AU - Rogozin, I. B. AU - Scanlan, D. J. AU - de Marsac, N. T. AU - Weissenbach, J. AU - Wincker, P. AU - Wolf, Y. I. AU - Hess, W. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome sequence of the cyanobacterium Prochlorococcus marinus ss120, a nearly minimal oxyphototrophic genome JO - PNAS VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1733211100 DO - 10.1073/pnas.1733211100 ID - Dufresne2003 ER - TY - JOUR AU - Reynolds, K. A. AU - Holland, K. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - The mechanistic and evolutionary basis of stereospecificity for hydrogen Transfers in enzyme-catalysed processes JO - Chemical Society Reviews VL - 26 UR - https://doi.org/10.1039/cs9972600337 DO - 10.1039/cs9972600337 ID - Reynolds1997 ER - TY - JOUR AU - Kukor, J. J. AU - Olsen, R. H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Catechol 2,3-dioxygenases functional in oxygen-limited (hypoxic) environments JO - Appl Environ Microbiol VL - 62 ID - Kukor1996 ER - TY - JOUR AU - Anderson, L. E. AU - Pacold, I. PY - 1970 DA - 1970// TI - Chloroplast and Cytoplasmic Enzymes: Three Distinct Isoenzymes Associated with the Reductive Pentose Phosphate Cycle JO - Plant Physiology VL - 45 UR - https://doi.org/10.1104/pp.45.5.583 DO - 10.1104/pp.45.5.583 ID - Anderson1970 ER -