TY - JOUR AU - Wright, G. L. AU - Cazares, L. H. AU - Leung, S. M. AU - Nasim, S. AU - Adam, B. L. AU - Yip, T. T. AU - Schellhammer, P. F. AU - Gong, L. AU - Vlahou, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Proteinchip(R) surface enhanced laser desorption/ionization (SELDI) mass spectrometry: a novel protein biochip technology for detection of prostate cancer biomarkers in complex protein mixtures JO - Prostate Cancer Prostatic Dis VL - 2 ID - Wright1999 ER - TY - JOUR AU - Semmes, O. J. AU - Feng, Z. AU - Adam, B. L. AU - Banez, L. L. AU - Bigbee, W. L. AU - Campos, D. AU - Cazares, L. H. AU - Chan, D. W. AU - Grizzle, W. E. AU - Izbicka, E. AU - Kagan, J. AU - Malik, G. AU - McLerran, D. AU - Moul, J. W. AU - Partin, A. AU - Prasanna, P. AU - Rosenzweig, J. AU - Sokoll, L. J. AU - Srivastava, S. AU - Srivastava, S. AU - Thompson, I. AU - Welsh, M. J. AU - White, N. AU - Winget, M. AU - Yasui, Y. AU - Zhang, Z. AU - Zhu, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evaluation of Serum Protein Profiling by Surface-Enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry for the Detection of Prostate Cancer: I. Assessment of Platform Reproducibility JO - Clin Chem VL - 51 UR - https://doi.org/10.1373/clinchem.2005.053405 DO - 10.1373/clinchem.2005.053405 ID - Semmes2005 ER - TY - JOUR AU - Malyarenko, D. I. AU - Cooke, W. E. AU - Adam, B. L. AU - Malik, G. AU - Chen, H. AU - Tracy, E. R. AU - Trosset, M. W. AU - Sasinowski, M. AU - Semmes, O. J. AU - Manos, D. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Enhancement of sensitivity and resolution of surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometric records for serum peptides using time-series analysis techniques JO - Clin Chem VL - 51 UR - https://doi.org/10.1373/clinchem.2004.037283 DO - 10.1373/clinchem.2004.037283 ID - Malyarenko2005 ER - TY - JOUR AU - Morris, J. S. AU - Coombes, K. R. AU - Koomen, J. AU - Baggerly, K. A. AU - Kobayashi, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Feature extraction and quantification for mass spectrometry in biomedical applications using the mean spectrum JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti254 DO - 10.1093/bioinformatics/bti254 ID - Morris2005 ER - TY - JOUR AU - Baggerly, K. A. AU - Morris, J. S. AU - Coombes, K. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Reproducibility of SELDI-TOF protein patterns in serum: comparing datasets from different experiments JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg484 DO - 10.1093/bioinformatics/btg484 ID - Baggerly2004 ER - TY - JOUR AU - Hong, H. AU - Dragan, Y. AU - Epstein, J. AU - Teitel, C. AU - Chen, B. AU - Xie, Q. AU - Fang, H. AU - Shi, L. AU - Perkins, R. AU - Tong, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Quality control and quality assessment of data from surface-enhanced laser desorption/ionization (SELDI) time-of flight (TOF) mass spectrometry (MS) JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-S2-S5 DO - 10.1186/1471-2105-6-S2-S5 ID - Hong2005 ER - TY - CHAP AU - Dijkstra, M. AU - Vonk, R. J. AU - Jansen, R. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - SELDI-TOF mass spectra: A view on sources of variation BT - J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci ID - Dijkstra2006 ER - TY - JOUR AU - de Noo, M. AU - Tollenaar, R. AU - Ozalp, A. AU - Kuppen, P. AU - Bladergroen, M. AU - Eilers, P. AU - Deelder, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Reliability of Human Serum Protein Profiles Generated with C8 Magnetic Beads Assisted MALDI-TOF Mass Spectrometry JO - Anal Chem VL - 77 UR - https://doi.org/10.1021/ac050571f DO - 10.1021/ac050571f ID - de Noo2005 ER - TY - JOUR AU - Goeman, J. J. AU - van de Geer, S. A. AU - de Kort, F. AU - van Houwelingen, H. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - A global test for groups of genes: testing association with a clinical outcome JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg382 DO - 10.1093/bioinformatics/btg382 ID - Goeman2004 ER - TY - BOOK AU - Vapnik, V. N. PY - 1995 DA - 1995// TI - The nature of statistical learning theory PB - Springer-Verlag New York, Inc CY - New York, NY, USA UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4757-2440-0 DO - 10.1007/978-1-4757-2440-0 ID - Vapnik1995 ER - TY - BOOK AU - Breiman, L. AU - Friedman, J. AU - Olshen, R. AU - Stone, C. PY - 1984 DA - 1984// TI - Classification and regression trees PB - Brooks/Cole Advanced Book and Software CY - Pacific Grove, CA, USA ID - Breiman1984 ER - TY - JOUR AU - Engwegen, J. Y. M. N. AU - Helgason, H. H. AU - Cats, A. AU - Harris, N. AU - Bonfrer, J. M. G. AU - Schellens, J. H. M. AU - Beijnen, J. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification of serum proteins discriminating colorectal cancer patients and healthy controls using surface-enhanced laser desorption ionisation-time of flight mass spectrometry JO - World J Gastroenterol VL - 12 ID - Engwegen2006 ER - TY - STD TI - CAMDA2006 website[http://www.camda.duke.edu] UR - http://www.camda.duke.edu ID - ref13 ER - TY - STD TI - NKI Bioinformatics website[http://bioinformatics.nki.nl] UR - http://bioinformatics.nki.nl ID - ref14 ER - TY - CHAP AU - Fung, E. T. AU - Enderwick, C. PY - 2002 DA - 2002// TI - ProteinChip clinical proteomics: computational challenges and solutions BT - Biotechniques ID - Fung2002 ER - TY - CHAP AU - Sauve, A. C. AU - Speed, T. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Normalisation, baseline correction and alignment of high-througput mass spectrometry data BT - Proceedings Gensips ID - Sauve2004 ER - TY - JOUR AU - de Noo, M. E. AU - Mertens, B. J. A. AU - Ozalp, A. AU - Bladergroen, M. R. AU - van der Werff, M. P. J. AU - van de Velde, C. J. H. AU - Deelder, A. M. AU - Tollenaar, R. A. E. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Detection of colorectal cancer using MALDI-TOF serum protein profiling JO - Eur J Cancer VL - 42 UR - https://doi.org/10.1016/j.ejca.2005.12.023 DO - 10.1016/j.ejca.2005.12.023 ID - de Noo2006 ER - TY - JOUR AU - Petricoin, E. F. AU - Liotta, L. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - SELDI-TOF-based serum proteomic pattern diagnostics for early detection of cancer JO - Current Opinion in Biotechnology VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2004.01.005 DO - 10.1016/j.copbio.2004.01.005 ID - Petricoin2004 ER -