Skip to main content

Table 1 Type I error rates for multivariate methods, α = 0.05

From: Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data

   p  = 16 p  = 60 p  = 100
   RPKM QQN TMM VOOM RPKM QQN TMM VOOM RPKM QQN TMM VOOM
N = 20 N-stat 0.060 0.062 0.038 0.038 0.054 0.062 0.058 0.035 0.052 0.050 0.049 0.047
WW 0.096 0.103 0.091 0.091 0.102 0.102 0.096 0.070 0.097 0.099 0.099 0.089
KS 0.104 0.090 0.083 0.082 0.102 0.088 0.077 0.076 0.080 0.077 0.072 0.092
ROAST   0.050   0.048   0.036
N = 40 N 0.053 0.048 0.049 0.048 0.058 0.052 0.035 0.048 0.054 0.047 0.039 0.051
WW 0.066 0.075 0.063 0.073 0.060 0.058 0.056 0.076 0.056 0.067 0.067 0.079
KS 0.069 0.071 0.072 0.073 0.068 0.079 0.059 0.059 0.055 0.066 0.081 0.065
ROAST   0.052   0.050   0.039
N = 60 N 0.052 0.054 0.060 0.067 0.051 0.040 0.053 0.055 0.046 0.054 0.059 0.044
WW 0.089 0.066 0.065 0.079 0.057 0.069 0.060 0.073 0.065 0.065 0.076 0.064
KS 0.061 0.073 0.055 0.060 0.052 0.059 0.061 0.070 0.053 0.051 0.068 0.047
ROAST   0.054   0.043   0.055