BMC Bioinformatics

Table 1 Type I error rates for multivariate methods, α = 0.05

From: Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data

		p = 16				p = 60				p = 100
		RPKM	QQN	TMM	VOOM	RPKM	QQN	TMM	VOOM	RPKM	QQN	TMM	VOOM
N = 20	N-stat	0.060	0.062	0.038	0.038	0.054	0.062	0.058	0.035	0.052	0.050	0.049	0.047
	WW	0.096	0.103	0.091	0.091	0.102	0.102	0.096	0.070	0.097	0.099	0.099	0.089
	KS	0.104	0.090	0.083	0.082	0.102	0.088	0.077	0.076	0.080	0.077	0.072	0.092
	ROAST				0.050				0.048				0.036
N = 40	N	0.053	0.048	0.049	0.048	0.058	0.052	0.035	0.048	0.054	0.047	0.039	0.051
	WW	0.066	0.075	0.063	0.073	0.060	0.058	0.056	0.076	0.056	0.067	0.067	0.079
	KS	0.069	0.071	0.072	0.073	0.068	0.079	0.059	0.059	0.055	0.066	0.081	0.065
	ROAST				0.052				0.050				0.039
N = 60	N	0.052	0.054	0.060	0.067	0.051	0.040	0.053	0.055	0.046	0.054	0.059	0.044
	WW	0.089	0.066	0.065	0.079	0.057	0.069	0.060	0.073	0.065	0.065	0.076	0.064
	KS	0.061	0.073	0.055	0.060	0.052	0.059	0.061	0.070	0.053	0.051	0.068	0.047
	ROAST				0.054				0.043				0.055

Back to article page

ISSN: 1471-2105

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com