Skip to main content

Table 1 Related works

From: Data-intensive analysis of HIV mutations

Author Proteins Drugs Protein positions Mutation patterns Number of sequences Method
Liu et al. 2008 [7] Protease PI PR1 to PR99 (PR30 PR75 PR88), 7758+8761 (Subtype B and non-Subtype B) k-way clustering
     (PR1–PR9 PR12–PR15   
     PR17 PR19 PR20 PR22   
     PR25 PR26 PR28   
     PR31 PR35–PR42   
     PR45 PR49 PR52)   
     (PR56 PR57 PR59   
     PR61 PR65 PR68–PR70   
     PR77 PR83 PR87   
     PR89 PR96–PR99)   
     (PR1 PR2 PR9 PR26 PR30   
     PR40 PR45 PR56   
     PR59 PR75 PR81 PR88 PR98)   
     (PR13–PR15 PR20 PR35–PR38   
     PR41 PR42 PR49 PR57   
     PR69 PR70 PR77 PR83 PR89)   
     (PR10 PR23 PR24   
     PR27 PR32–PR34 PR43   
     PR46–PR48 PR50 PR53–PR55   
     PR58 PR71 PR76 PR80 PR82)   
     (PR30 PR75 PR88)   
     (PR1 PR2 PR9 PR26   
     PR40 PR45 PR59 PR87 PR98)   
     (PR13–PR15 PR20 PR35–PR38   
     PR41 PR49 PR57 PR69   
     PR70 PR77 PR83 PR89)   
     (PR10 PR23 PR24   
     PR27 PR32–PR34   
     PR42 PR43 PR46–PR48   
     PR50 PR53–PR55   
     PR58 PR71PR76 PR80 PR82)   
Reuman et al. 2010 [8] Reverse transcriptase NNRTI RT90, RT94, RT98, (RT101,RT181,RT190) 13039 Jaccard similarity
    RT100, RT101, RT102 (RT103,RT181,RT190) (10504 Subtype B, coefficient,
    RT103, RT105, RT106, (RT108,RT181,RT221) 747 Subtype C, Holm’s correction,
    RT108, RT138, (RT98,RT181,RT190) 363 (CRF) 01_AE, Poissoness plot
    RT139, RT178, RT179, (RT181,RT190,RT221) 210 Subtype A,  
    RT181, RT188, (RT103,RT181,RT221) 320 CRF 02_AG,  
    RT190, RT221, RT223, (RT103,RT108,RT221) 895 others)  
    RT225, RT227, (RT101,RT108,RT181)   
    RT230, RT232, (RT101,RT108,RT190)   
    RT234, RT236, (RT103,RT108,RT181)   
    RT237, RT238, (RT108,RT190,RT221)   
    RT241, RT242, RT318 (RT98,RT108,RT181)   
Wu et al. 2003 [10] Protease PI PR1 to PR99 (PR10 PR63 2244 (Subtype B) binomial correlation
     PR71 PR73 PR90)   coefficients, pca
     (PR10 PR63   
     PR71 PR90 PR93)   
     (PR10 PR62   
     PR63 PR90 PR93)   
     (PR10 PR62   
     PR63 PR73 PR90)   
     (PR10 PR20   
     PR71 PR73 PR90)   
     (PR10 PR20   
     PR62 PR73 PR90)   
     (PR10 PR46   
     PR71 PR90 PR93)   
     (PR10 (PR30)   
     PR73 PR84 PR90)   
     (PR10 (PR30)   
     PR46 PR84 PR90)   
     (PR10 PR71 PR73 PR84 PR90)   
     (PR10 PR46 PR71 PR84 PR90)   
     (PR10 PR24 PR46   
     PR10 PR46 PR90)   
     (PR10 (PR30)   
     PR46 PR54 PR82)   
     (PR10 PR48 PR54 PR82)   
     (PR10 PR24   
     PR46 PR54 PR82)   
     (PR32 PR46 PR82)   
     (PR10 PR46 PR53   
     PR54 PR71 PR82)   
     (PR30 (PR82) PR88)   
     (PR13 PR30 PR88)   
     (PR30 PR75 PR88)   
     (PR10 PR46   
     PR63 PR71 PR93)   
     (PR20 PR36 PR54)   
     (PR10 PR20 PR54 PR71)   
     (PR63 (PR64) PR71)   
     (PR10 PR77 PR93)   
     (PR20 PR36 PR62)   
     (PR20 PR35 PR36 (PR77))   
     (PR15 PR20 PR36 (PR77))   
     (PR10 PR24 PR89)   
     (PR10 PR20 PR73)   
     (PR10 PR73 PR77)   
  1. Protease positions are represented by the prefix PR and reverse transcriptase positions by the prefix RT.