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Table 4 Corrected Rand index for different imputation methods (columns) and clustering methods (rows)

From: Impact of missing data imputation methods on gene expression clustering and classification

 

Datasets

Mean

Median

KNN

BPCA

LLS

k-medoids

alizadeh-2000-v1

0.5

0.5

0.5

0.5

0.5

 

alizadeh-2000-v2

0.89

0.89

0.84

0.89

0.84

 

alizadeh-2000-v3

0.65

0.65

0.65

0.65

0.65

 

bredel-2005

0.41

0.41

0.41

0.41

0.41

 

chen-2002

0.3

0.3

0.3

0.3

0.3

 

garber-2001

0.55

0.51

0.54

0.49

0.54

 

lapointe-2004-v1

0.42

0.47

0.47

0.44

0.47

 

lapointe-2004-v2

0.17

0.17

0.15

0.17

0.15

 

liang-2005

0.5

0.5

0.5

0.5

0.5

 

risinger-2003

0.45

0.45

0.45

0.47

0.45

 

tomlins-2006

0.39

0.39

0.4

0.39

0.4

 

tomlins-2006

0.51

0.51

0.51

0.51

0.51

HC-CL

alizadeh-2000-v1

0.04

0.04

0.13

0.13

0.13

 

alizadeh-2000-v2

0.54

0.54

0.52

0.40

0.52

 

alizadeh-2000-v3

0.38

0.38

0.39

0.47

0.39

 

bredel-2005

-0.03

0.07

0.03

0.07

0.03

 

chen-2002

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

 

garber-2001

0.55

0.55

0.55

0.55

0.55

 

lapointe-2004-v1

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

 

lapointe-2004-v2

0.04

0.04

0.04

0.04

0.04

 

liang-2005

0.12

0.12

0.12

0.12

0.12

 

risinger-2003

0.09

0.09

0.10

0.09

0.10

 

tomlins-2006

0.46

0.46

0.39

0.43

0.39

 

tomlins-2006

0.39

0.39

0.39

0.39

0.39

HC-AL

alizadeh-2000-v1

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

alizadeh-2000-v2

0.79

0.79

0.79

0.79

0.79

 

alizadeh-2000-v3

0.40

0.40

0.44

0.44

0.44

 

bredel-2005

-0.07

-0.08

-0.07

-0.05

-0.07

 

chen-2002

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

 

garber-2001

0.00

0.00

0.00

0.02

0.00

 

lapointe-2004-v1

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

-0.01

 

lapointe-2004-v2

0.04

0.04

0.04

0.04

0.04

 

liang-2005

0.12

0.12

0.12

0.12

0.12

 

risinger-2003

0.14

0.14

0.12

0.14

0.12

 

tomlins-2006

0.44

0.44

0.41

0.41

0.41

 

tomlins-2006

0.56

0.56

0.56

0.56

0.56