Skip to main content

Table 2 Correlation coefficients between predicted σ values and actual error, | d native − d template |, are shown

From: Sigma-RF: prediction of the variability of spatial restraints in template-based modeling by random forest

Target

Template

CACA

NO

MS

SS

  

Modeller

Sigma-RF

Modeller

Sigma-RF

Modeller

Sigma-RF

Modeller

Sigma-RF

T0517

2qs7A

0.2912

0.5622

0.2492

0.6013

0.2016

0.5217

0.2614

0.6158

T0523

1ew0A

0.3518

0.3923

0.3382

0.3621

0.2505

0.6017

0.1397

0.2932

T0527

3f1pA

0.2131

0.3402

0.1347

0.3309

0.3624

0.6456

0.4031

0.4859

T0536

1ew0A

0.1969

0.3138

0.2261

0.4194

0.4438

0.4754

0.1690

0.3075

T0538

2kruA

0.1363

0.2225

0.1573

0.2940

-0.0174

0.2370

0.1241

-0.1121

T0539

1x4jA

0.2608

0.5197

0.2179

0.5094

0.2578

0.3832

-0.0061

0.2398

T0545

1wywA

0.1998

0.3312

0.1969

0.3495

0.2351

0.5871

0.1435

-0.1385

T0552

2q0zX

0.1053

0.4061

0.1197

0.4386

-0.0547

0.5310

0.0830

0.5007

T0557

3lmmA

0.2984

0.4447

0.3258

0.4861

-0.0896

0.3577

0.4558

0.5855

T0559

1qbjA

0.1473

0.2589

0.0865

0.3176

0.2635

0.5315

-0.2199

0.1325

T0560

2fokA

0.2076

0.4392

0.1677

0.4554

0.3255

0.5524

-0.0587

0.1467

T0566

1usuB

0.3187

0.4536

0.3524

0.4407

0.2816

0.3639

0.3723

0.4313

T0567

1ny5A

0.2712

0.1997

0.2768

0.2678

0.0558

0.2472

0.1784

0.2378

T0580

1iibA

0.0710

0.2354

0.1195

0.3090

-0.0505

0.2871

0.1281

0.3200

T0586

3by6A

0.1282

0.3713

0.0724

0.3283

-0.0420

0.3020

-0.1258

-0.0214

T0590

1l0qA

0.1390

0.1218

0.1369

0.0431

0.3497

0.5478

0.3307

-0.0593

T0594

1x53A

0.1894

0.3364

0.2257

0.3768

0.2010

0.4539

0.2696

0.1527

T0598

2osoA

0.2631

0.3145

0.3188

0.3489

0.2556

0.4792

0.3168

0.3842

T0610

1wdjA

0.2421

0.2756

0.2517

0.3567

0.2707

0.5224

0.3233

0.4691

T0615

1vj7A

0.3285

0.4062

0.3407

0.5037

0.1585

0.4329

0.2142

0.3148

T0622

3c1aA

0.3945

0.5028

0.4249

0.4589

0.2729

0.5577

0.2606

0.4841

Average

 

0.2264

0.3547

0.2257

0.3809

0.1872

0.4580

0.1792

0.2748

  1. Better values are shown in bold face.