Skip to main content

Table 2 Correlation coefficients between predicted σ values and actual error, | d native d template |, are shown

From: Sigma-RF: prediction of the variability of spatial restraints in template-based modeling by random forest

Target Template CACA NO MS SS
   Modeller Sigma-RF Modeller Sigma-RF Modeller Sigma-RF Modeller Sigma-RF
T0517 2qs7A 0.2912 0.5622 0.2492 0.6013 0.2016 0.5217 0.2614 0.6158
T0523 1ew0A 0.3518 0.3923 0.3382 0.3621 0.2505 0.6017 0.1397 0.2932
T0527 3f1pA 0.2131 0.3402 0.1347 0.3309 0.3624 0.6456 0.4031 0.4859
T0536 1ew0A 0.1969 0.3138 0.2261 0.4194 0.4438 0.4754 0.1690 0.3075
T0538 2kruA 0.1363 0.2225 0.1573 0.2940 -0.0174 0.2370 0.1241 -0.1121
T0539 1x4jA 0.2608 0.5197 0.2179 0.5094 0.2578 0.3832 -0.0061 0.2398
T0545 1wywA 0.1998 0.3312 0.1969 0.3495 0.2351 0.5871 0.1435 -0.1385
T0552 2q0zX 0.1053 0.4061 0.1197 0.4386 -0.0547 0.5310 0.0830 0.5007
T0557 3lmmA 0.2984 0.4447 0.3258 0.4861 -0.0896 0.3577 0.4558 0.5855
T0559 1qbjA 0.1473 0.2589 0.0865 0.3176 0.2635 0.5315 -0.2199 0.1325
T0560 2fokA 0.2076 0.4392 0.1677 0.4554 0.3255 0.5524 -0.0587 0.1467
T0566 1usuB 0.3187 0.4536 0.3524 0.4407 0.2816 0.3639 0.3723 0.4313
T0567 1ny5A 0.2712 0.1997 0.2768 0.2678 0.0558 0.2472 0.1784 0.2378
T0580 1iibA 0.0710 0.2354 0.1195 0.3090 -0.0505 0.2871 0.1281 0.3200
T0586 3by6A 0.1282 0.3713 0.0724 0.3283 -0.0420 0.3020 -0.1258 -0.0214
T0590 1l0qA 0.1390 0.1218 0.1369 0.0431 0.3497 0.5478 0.3307 -0.0593
T0594 1x53A 0.1894 0.3364 0.2257 0.3768 0.2010 0.4539 0.2696 0.1527
T0598 2osoA 0.2631 0.3145 0.3188 0.3489 0.2556 0.4792 0.3168 0.3842
T0610 1wdjA 0.2421 0.2756 0.2517 0.3567 0.2707 0.5224 0.3233 0.4691
T0615 1vj7A 0.3285 0.4062 0.3407 0.5037 0.1585 0.4329 0.2142 0.3148
T0622 3c1aA 0.3945 0.5028 0.4249 0.4589 0.2729 0.5577 0.2606 0.4841
Average   0.2264 0.3547 0.2257 0.3809 0.1872 0.4580 0.1792 0.2748
  1. Better values are shown in bold face.