Light-weight reference-based compression of FASTQ data

BMC Bioinformatics

Table 4 Compression ratios of the compared methods on the eight FASTQ data sets

	quip	quip -a	DSRC	DSRC2	Fqzcomp	LW-FQZip	bzip2
ERR231645	0.139	0.123	0.164	0.160	0.136	0.127	0.208
ERR005143	0.154	0.154	0.179	0.176	0.156	0.151	0.211
SRR352384	0.115	0.115	0.145	0.144	0.126	0.111	0.183
SRR801793	0.184	0.184	0.235	0.234	0.202	0.176	0.268
SRR554369	0.194	0.194	0.243	0.232	0.201	0.182	0.262
ERR654984	0.188	0.188	0.235	0.236	0.204	0.140	0.262
ERR233152	0.129	0.128	0.153	0.147	0.128	0.126	0.177
SRR327342	0.189	0.189	0.242	0.241	0.202	0.201	0.271
Average	0.151	0.150	0.190	0.189	0.162	0.148	0.223

ISSN: 1471-2105