Table 3 Performance evaluation under Study II (Setting 1), (G=5000, 500 DE gene) #
Method | CDE | CCDE | CCEE | FNR | FPR | FDR | FNDR |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
twocri. (γ 0=0.4) | 785.1(8.3) | 465.6(2.5) | 4180.5(7.6) | 0.069(0.005) | 0.071(0.002) | 0.407(0.006) | 0.008 (0.001) |
(γ 0=0.6) | 509.4(6.8) | 421.3(4.6) | 4411.9(4.1) | 0.157(0.009) | 0.019(0.001) | 0.173(0.007) | 0.018(0.001) |
(ζ=0.05) | 344.2(8.2) | 328.8(6.3) | 4484.6(2.6) | 0.342(0.013) | 0.003(0.001) | 0.044(0.007) | 0.037(0.001) |
edgeR 1(ζ=0.05) | 289.7(17.6) | 278.1(16.5) | 4488.3(3.6) | 0.444(0.033) | 0.003(0.001) | 0.040(0.011) | 0.047(0.003) |
edgeR 2(ζ=0.05) | 290.6(18.1) | 276.4(16.8) | 4485.8(3.8) | 0.447(0.034) | 0.003(0.001) | 0.049(0.012) | 0.047(0.003) |
DESeq(ζ=0.05) | 297.2(21.3) | 265.9(18.4) | 4468.7(5.6) | 0.468(0.037) | 0.007(0.001) | 0.105(0.016) | 0.050(0.002) |
BaySeq(ζ=0.05) | 203.1(22.8) | 203.0(22.8) | 4499.9(0.2) | 0.594(0.046) | 0.000(0.000) | 0.000(0.001) | 0.062(0.004) |
NBPSeq(ζ=0.05) | 248.3(20.5) | 239.8(19.3) | 4491.5(4.0) | 0.520(0.039) | 0.002(0.001) | 0.034(0.015) | 0.055(0.004) |
EBSeq(ζ=0.05) | 303.7(18.8) | 257.7(14.9) | 4454.0(6.8) | 0.485(0.030) | 0.010(0.002) | 0.151(0.017) | 0.052(0.003) |
NOISeq(ζ=0.05) | 303.1(19.1) | 294.4(17.6) | 4491.3(3.2) | 0.411(0.035) | 0.002(0.001) | 0.028(0.010) | 0.044(0.004) |
SAMSeq(ζ=0.05) | 134.2(45.2) | 126.1(43.2) | 4491.9(3.4) | 0.748(0.086) | 0.002(0.001) | 0.061(0.022) | 0.077(0.008) |
TSPM(ζ=0.05) | 85.4 (19.2) | 58.7 (15.4) | 4473.3(6.5) | 0.883(0.031) | 0.006(0.001) | 0.316(0.056) | 0.090(0.003) |