NetBenchmark: a bioconductor package for reproducible benchmarks of gene regulatory network inference

Bellot, Pau; Olsen, Catharina; Salembier, Philippe; Oliveras-Vergés, Albert; Meyer, Patrick E.

doi:10.1186/s12859-015-0728-4

BMC Bioinformatics

Table 6 Results of the study on noise sensitivity. Mean AUPR in the top 20 % of the possible connetions with a undirected evaluation with respect to intensity (κ %) of Gaussian local noise (σ _{L
o
c
a
l(g);κ
%}). The best results are highlighted. Results obtained with current version (1.0) of the package and are updated online

From: NetBenchmark: a bioconductor package for reproducible benchmarks of gene regulatory network inference

Datasource	κ	ARACNE	C3NET	CLR	GeneNet	Genie3	MRNET	MutRank	MRNETB	PCIT	Zscore	Random
R1	0	0.008	0.004	0.010	0.140	0.025	0.010	0.040	0.010	0.174	0.133	0.001
	25	0.004	0.002	0.006	0.134	0.022	0.006	0.038	0.005	0.167	0.132	0.001
	50	0.002	0.001	0.003	0.121	0.020	0.003	0.031	0.003	0.150	0.130	0.001
	75	0.001	0.001	0.002	0.086	0.018	0.002	0.025	0.002	0.126	0.127	0.001
	100	0.001	0.001	0.001	0.006	0.015	0.001	0.017	0.001	0.097	0.125	0.001
S1	0	0.091	0.140	0.132	0.114	0.137	0.199	0.060	0.120	0.023	0.072	0.002
	25	0.040	0.033	0.140	0.059	0.133	0.112	0.062	0.126	0.059	0.035	0.002
	50	0.027	0.021	0.139	0.031	0.121	0.097	0.067	0.121	0.066	0.022	0.002
	75	0.021	0.014	0.126	0.024	0.104	0.076	0.066	0.098	0.063	0.011	0.003
	100	0.023	0.017	0.119	0.013	0.095	0.072	0.066	0.089	0.063	0.010	0.001
S2	0	0.014	0.039	0.046	0.025	0.044	0.060	0.021	0.039	0.008	0.001	0.001
	25	0.006	0.006	0.044	0.020	0.038	0.022	0.021	0.028	0.012	0.005	0.001
	50	0.004	0.003	0.044	0.016	0.033	0.016	0.020	0.026	0.012	0.002	0.001
	75	0.003	0.002	0.040	0.012	0.028	0.013	0.019	0.021	0.011	0.002	0.001
	100	0.003	0.002	0.034	0.008	0.022	0.011	0.017	0.015	0.010	0.001	0.001
G1	0	0.195	0.145	0.199	0.084	0.129	0.218	0.036	0.111	0.061	0.001	0.001
	25	0.113	0.107	0.144	0.082	0.111	0.142	0.035	0.086	0.060	<0.001	0.001
	50	0.069	0.065	0.115	0.074	0.091	0.096	0.031	0.073	0.057	0.001	0.001
	75	0.041	0.038	0.082	0.055	0.068	0.061	0.024	0.059	0.049	<0.001	0.001
	100	0.024	0.020	0.048	0.031	0.045	0.034	0.017	0.042	0.038	0.001	0.001
G2	0	0.163	0.147	0.131	0.038	0.077	0.177	0.025	0.062	0.045	0.002	0.001
	25	0.097	0.092	0.103	0.036	0.067	0.124	0.024	0.059	0.043	<0.001	0.001
	50	0.042	0.040	0.079	0.030	0.052	0.071	0.021	0.046	0.041	<0.001	<0.001
	75	0.019	0.018	0.054	0.019	0.038	0.038	0.016	0.034	0.034	<0.001	0.001
	100	0.011	0.009	0.032	0.008	0.025	0.021	0.011	0.026	0.025	<0.001	0.001

p < 0.05

Back to article page

ISSN: 1471-2105

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com