Skip to main content

Table 6 Results of the study on noise sensitivity. Mean AUPR in the top 20 % of the possible connetions with a undirected evaluation with respect to intensity (κ %) of Gaussian local noise (σ L o c a l(g);κ % ). The best results are highlighted. Results obtained with current version (1.0) of the package and are updated online

From: NetBenchmark: a bioconductor package for reproducible benchmarks of gene regulatory network inference

Datasource κ ARACNE C3NET CLR GeneNet Genie3 MRNET MutRank MRNETB PCIT Zscore Random
R1 0 0.008 0.004 0.010 0.140 0.025 0.010 0.040 0.010 0.174 0.133 0.001
  25 0.004 0.002 0.006 0.134 0.022 0.006 0.038 0.005 0.167 0.132 0.001
  50 0.002 0.001 0.003 0.121 0.020 0.003 0.031 0.003 0.150 0.130 0.001
  75 0.001 0.001 0.002 0.086 0.018 0.002 0.025 0.002 0.126 0.127 0.001
  100 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.017 0.001 0.097 0.125 0.001
S1 0 0.091 0.140 0.132 0.114 0.137 0.199 0.060 0.120 0.023 0.072 0.002
  25 0.040 0.033 0.140 0.059 0.133 0.112 0.062 0.126 0.059 0.035 0.002
  50 0.027 0.021 0.139 0.031 0.121 0.097 0.067 0.121 0.066 0.022 0.002
  75 0.021 0.014 0.126 0.024 0.104 0.076 0.066 0.098 0.063 0.011 0.003
  100 0.023 0.017 0.119 0.013 0.095 0.072 0.066 0.089 0.063 0.010 0.001
S2 0 0.014 0.039 0.046 0.025 0.044 0.060 0.021 0.039 0.008 0.001 0.001
  25 0.006 0.006 0.044 0.020 0.038 0.022 0.021 0.028 0.012 0.005 0.001
  50 0.004 0.003 0.044 0.016 0.033 0.016 0.020 0.026 0.012 0.002 0.001
  75 0.003 0.002 0.040 0.012 0.028 0.013 0.019 0.021 0.011 0.002 0.001
  100 0.003 0.002 0.034 0.008 0.022 0.011 0.017 0.015 0.010 0.001 0.001
G1 0 0.195 0.145 0.199 0.084 0.129 0.218 0.036 0.111 0.061 0.001 0.001
  25 0.113 0.107 0.144 0.082 0.111 0.142 0.035 0.086 0.060 <0.001 0.001
  50 0.069 0.065 0.115 0.074 0.091 0.096 0.031 0.073 0.057 0.001 0.001
  75 0.041 0.038 0.082 0.055 0.068 0.061 0.024 0.059 0.049 <0.001 0.001
  100 0.024 0.020 0.048 0.031 0.045 0.034 0.017 0.042 0.038 0.001 0.001
G2 0 0.163 0.147 0.131 0.038 0.077 0.177 0.025 0.062 0.045 0.002 0.001
  25 0.097 0.092 0.103 0.036 0.067 0.124 0.024 0.059 0.043 <0.001 0.001
  50 0.042 0.040 0.079 0.030 0.052 0.071 0.021 0.046 0.041 <0.001 <0.001
  75 0.019 0.018 0.054 0.019 0.038 0.038 0.016 0.034 0.034 <0.001 0.001
  100 0.011 0.009 0.032 0.008 0.025 0.021 0.011 0.026 0.025 <0.001 0.001
  1. p < 0.05